R蛋白质组学:输入文件"ExpressionSet“的问题:处理信息: msmsTest包

Question

更新的问题：

我想使用msmsTest包来统计我的蛋白质组学数据(这是光谱计数类型)。

但是，当使用以下命令导入文件时，我看到一条消息错误：

e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet".

我认为我的问题来自上一步，当我试图以适当的格式生成文件时，它应该是一个ExpressionSet文件。为此，我尝试一步一步地遵循ExpressionSetIntroduction手册，这对我来说似乎是可以的，但每当我在msmsTest包中使用命令"e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)“时，都会收到错误消息。

请帮帮我，我被卡住了几个星期，这可能是一个非常愚蠢的东西，我错过了。

您可以在以下位置获取示例数据集(原始数据和phenodata)：https://www.dropbox.com/s/o9ts4k5qrnyem6d/rawdata.txt?dl=0 https://www.dropbox.com/s/3oy6n6y5hfq30ee/pdata.txt?dl=0

下面是允许我从头开始构建ExpressionSet文件的代码：

library(limma)
library(MSnbase)
library(msmsEDA)
library(msmsTests)
library(edgeR)


# creation of the file "assay data" in the correct format :

dataDirectory<- setwd(".../msmsTest-essai - stkvflw")
exprsFile <- file.path(dataDirectory, "rawdata.txt")
exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE,     sep="\t",row.names=1))

# creation of the phenotypic data file:

pDataFile <- file.path(dataDirectory, "pdata.txt")
pData <- read.table(pDataFile,row.names=1, header=TRUE, sep="\t")  
head(pData)

all(rownames(pData)==colnames(exprs)) # verification that rows and names of both files match

metadata <- data.frame(labelDescription= c("molecule treatment",  
                                           "number of years", 
                                           "tissues from Velpeau Hospital patients", 
                                           "in cm", 
                                           "in kg"), 
                       row.names=c("treat", "age", "tissue", "height", "weight"))

phenoData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metadata)

experimentData <- new("MIAME",
                      name="Mickael Jordan",
                      lab="Chicago Bulls",
                      contact="mjordan@lab.not.exist",
                      title="Basket-ball Research Institute",
                      abstract="An example ExpressionSet",
                      url="www.lab.not.exist",
                      other=list(
                        notes="Created from text files"
                      ))

myStackoverflowexample <- ExpressionSet(assayData=exprs,  
                                        phenoData=phenoData,
                                        experimentData=experimentData,
                                        annotation="blablabla")



myStackoverflowexample

ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 8 features, 208 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: A1 A2 ... C64 (208 total)
  varLabels: treat age ... weight (5 total)
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: blablabla 

summary(myStackoverflowexample)
 Length         Class          Mode 
        1 ExpressionSet            S4

因此，在这段代码之后，我不得不使用msmsTest包：

e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet"

如果我们看一下这个手册示例，我们会看到一行“正在处理信息”，在键入myStackoverflowexample时没有出现

data(msms.dataset) # example given in the manual
msms.dataset

MSnSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 697 features, 14 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: U2.2502.1 U2.2502.2 ... U6.0302.3 (14 total)
  varLabels: treat batch
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
  pubMedIds: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22588121 
Annotation:  
- - - **Processing information** - - -
 MSnbase version: 1.8.0 

有没有关于这个问题的线索，并最终能够通过统计分析来处理我的文件？

非常感谢您的帮助。

初始问题(以及之前的问题)：

我想试试msmsTest包。

但是，当我用我的示例数据集尝试手册中的代码时，我得到了以下错误消息：

b<-read.delim("example.data.set.txt")

head(b)

 name condition tissue    LogFC
1         kjhss1   control  brain 7.129283
2          sdth2   control  brain 7.179909
3     sgdhstjh20   control  brain 9.353147
4 jdygfjgdkydg21   control  brain 6.459432
5  shfjdfyjydg22   control  brain 9.372865
6      jdyjkdg23   control  brain 9.541097

str(b)
'data.frame':   4461 obs. of  4 variables:
 $ name     : Factor w/ 1131 levels "dghwg1041","dghwg1086",..: 480 761 787      360 863 385 133 888 563 738 ...
 $ condition: Factor w/ 5 levels "control","treatmentA",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1     1 ...
 $ tissue   : Factor w/ 2 levels "brain","heart": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ LogFC    : num  7.13 7.18 9.35 6.46 9.37 ...

e <- pp.msms.data(b)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature     ‘"data.frame"’

所以我被困在那里了，我不能再往前走了。

我试图定义我的dataset as.data.frame()或as.matrix()，但我得到了相同的错误消息。

我读过关于biobase中的exprs()函数的信息：“这些泛型函数访问存储在从eSet类派生的对象中的分析数据的表达式和误差度量。”

但这对我帮助不大。我读过一些关于基因组数据的类似exprs()问题的帖子，但对我来说，这听起来像是“胡言乱语”。显然，可能是我的data.frame的eSet类结构有问题，但我不明白这意味着什么，也不知道如何解决它。

有没有人知道如何解决这个问题以及如何继续？

在此之前我要感谢你，

致以亲切的问候，

SkyR

Answer 1

查看msmsTests vignette和pp.msms.data函数here，该函数仅接受以下内容作为其参数：

msnset:在表达式矩阵中具有谱计数的MSnSet。

vignette的第2节( LC-MS/MS数据集示例)向您展示了一个示例。您必须将您的数据放入pp.msms.data可接受的类中-这既不是简单的数据帧，也不是矩阵。

此MSnSet对象在assayData插槽中包含光谱计数(SpC)矩阵，在phenoData插槽中包含因子处理。(另请参阅vignette的expressionSet vignette(“ExpressionSetIntroduction”，package=“Biobase”) 10)