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我试图创建一个指数衰减的固定长度与预先确定的半衰期尽可能有效的列表。[1.0, 0.5, 0.25, 0.125, 0.0625]
浏览 12提问于2017-04-25得票数 0
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按照的说法，“被引用的半衰期是指从当年算起的年数，占当年期刊总引用量的50 %。”如何在Excel中编写一个公式，以这种方式使用上面的数据计算半衰期(即每一列都是一年)？
浏览 2修改于2014-05-22得票数 3
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我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
我正在使用Python 3，并试图绘制一个进程的半衰期。这个半衰期的公式是-ln(2)/(ln(1-f))。在这个公式中，f是一个极小的数，在大多数情况下是10^-17阶，甚至更少。我这样做是通过表达当我为f的许多值绘制半衰期时，我发现对于非常小的f值，Python开始将1-f舍入相同的数，尽管我输入了f的相同值。
浏览 0提问于2018-04-10得票数 1
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蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌症相关蛋白来预测该蛋白是否为癌症相关蛋白？
我不知道如何解决这个问题。
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我在一个数据分析环境中处理蛋白质。任何给定蛋白质的可用数据都是可变的。我希望能够从更简单的父类构建蛋白质类。每个父类将特定于我可用的数据层。
不同的项目可能有不同的可用数据层。我想为蛋白质编写简单的类，这些类包含与特定数据层相关的所有变量和方法。然后，对于任何给定的项目，能够编译一个特定于项目的蛋白质类，该蛋白质类继承自相关的数据层特定蛋白质类。此外，每个特定于数据层的蛋白质类都需要类似的特定于数据层的链类、残基类和原子类。它们都是构建块。原子被用来构
浏览 3提问于2013-01-17得票数 1
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我正在使用随机森林的r包根据蛋白质对的氨基酸序列来预测它们之间的距离，主要关注的是距离较近(距离较小)的蛋白质。我的训练数据集由10k对蛋白质和它们之间的实际距离组成。然而，很少有蛋白质对(小于0.2%)之间的距离很小，问题是经过训练的随机森林在预测距离较大的蛋白质之间的距离时变得非常准确，而对于距离较小的蛋白质来说则非常糟糕。我试图在我的训练数据中对距离很大的蛋白质进行下采样，但结果仍然不好。我更感兴趣的是紧密的蛋白质(那些距离很小的蛋白质<
浏览 0提问于2013-03-21得票数 2
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如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？
我有几个序列如下。第一列是当前序列的编号。第二列是起始位置，第三列是当前序列在其初始蛋白质中的停止位置。，它们来自不同长度的蛋白质。考虑到蛋白质并不都有相同的长度，将这些序列映射到横坐标上，看看它们是更多地位于蛋白质的开头，还是更多地在蛋白质的末端，或者更多的在中间，最好的想法是什么？我写了一个算法，根据这些序列的起始和终止位置，将它们映射到横坐标上，但问题是，由于蛋白质具有不同的长度，因此无法
浏览 1修改于2014-04-03得票数 0
我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
( PSPTOA )的假想蛋
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载蛋白质的PDB文件)
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
我正在尝试用PHP做一个药物半衰期计算器。我想在MG中传递每天服用的药物的量，并在半衰期小时内传递，然后它将计算在X个时间量之后还剩下多少药物，以及之前的剂量还剩下多少。HalfLifeChart( $day, 4.5));现在我有了一个很好的开始，但HalfLifeChart函数是我需要做更多工作的地方，现在它将对每天传递的数字运行半衰期计算例如，如果我前一天还剩下0.8043毫克，今天我服用了30毫克，那么计算应该在0.80
浏览 1提问于2012-02-16得票数 1
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辐射是两种不同的能量，留给我的是一个二阶指数衰变公式--类似于指数衰变的公式，但有两个项，它们是相同的，但对于不同的起始强度和不同同位素的半衰期，它们是相同的。(例如，以标准差的形式)拟合变量(半衰期和初始强度)？
浏览 3修改于2014-01-23得票数 2
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我正在使用正则化回归来选择几种最能区分健康状况的蛋白质(二元:要么有病，要么没有病)。使用它的目的是降低维度(变量选择)，以便我们可以拥有更小的蛋白质集，最好地区分两个组。结果，有16种蛋白质(在近500种蛋白质中)具有非零系数，我假设这些蛋白质是最好地“区分”两种情况的蛋白质:要么有病，要么没有病。为了可视化，我使用这些选定的蛋白质制作了框图。然而，我注意到有一种蛋白质(图中底部的TRAP1)在两组之间没有显示出任何明显的平均差异或分散。 ?
浏览 19提问于2020-12-02得票数 0
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列？我希望我能在NCBI的web浏览器
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
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我想把肽序列和给定的蛋白质序列相匹配。我每种蛋白质都有很多肽，其中一些也是重叠的。对于输出，我想要一个新的文件，它也告诉我序列在蛋白质中的位置。蛋白质例子：
EHSSLGHADLDALQQNPQPLIFHMEMLKGELPDFQDGTKRVIQEGRGELPDFQDGTKVESPGTYQQDPWAMTDEEK
VLELDPALAPV
浏览 4提问于2015-03-18得票数 0
我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。与典型的有监督机器学习任务不同的是，标记数据集可以显示正确分组的数目，因此没有迹象表明蛋白质的良好聚类及其相互作用，假设一个聚类中所有的蛋白质都在一个集群中，就像所有的蛋白质都在一个集群中一样好(尽
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
我的数据库中有两个表，protein_complex表示一组蛋白质 ? 这是代表一组非蛋白质的nonprotein_complex。 ? 蛋白质和非蛋白质通过它们的密码来表示。我写的python程序，目的是从用户那里获取代码，它应该搜索两个数据库表，并判断是否属于蛋白质，非蛋白质或两者都不属于蛋白质。print("Non protein") print("protein"
浏览 59提问于2021-04-25得票数 1
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我有大量fasta格式的蛋白质序列。R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？
浏览 0修改于2011-06-30得票数 7
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我有一堆蛋白质ID，我想获取相应的编码序列( CDSs )，而不丢失蛋白质ID。我已经下载了相应的CDSs，但不幸的是，CDSs ID与NCBI中的蛋白质ID有很大的不同。013359583.1")然后，我使用这个命令将蛋白质820968283"
[1] "861491027
浏览 6修改于2017-10-20得票数 1
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我有一个用蛋白质id填充的数组，并且我在字典中有蛋白质名称和id。我要打印出它在阵列上的每一个蛋白质。这是我用来做这件事的方法，但它不够快，不能做大量的蛋白质。
浏览 4修改于2016-09-11得票数 0
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