肽序列与蛋白质相匹配
肽序列与蛋白质相匹配
提问于 2015-03-18 11:33:08
我想把肽序列和给定的蛋白质序列相匹配。我每种蛋白质都有很多肽，其中一些也是重叠的。对于输出，我想要一个新的文件，它也告诉我序列在蛋白质中的位置。蛋白质例子：
AH受体相互作用蛋白: AHAAVWNAQEAQADFAK :AHAAVWNAQEAQADFAK
AVPLIHQEGNR
EHSSLGHADLDALQQNPQPLIFHMEMLK
GELPDFQDGTK
NIAVGKDPLEGQR
RVIQEGRGELPDFQDGTK
TLHSDDEGTVLDDSR
VESPGTYQQDPWAMTDEEK
VLELDPALAPVVSR
我想对很多蛋白质都这样做，有一个简单的解决办法吗？
非常感谢!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2015-03-18 11:53:21
不确定您使用的是哪种语言，但是循环中简单的字符串搜索有什么问题呢？
这是一个显而易见的解决方案，除非你必须在短时间内计算出一个淫秽的数字。(我猜想，如果你需要每秒超过200次，那么你可能需要考虑一种更优化的算法。)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/29120941
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