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它类似于一种蛋白质，除了赖氨酸并不总是与它们的α胺结合。我的目标是为进一步的计算生成一个。
你知道有什么模块可以让我制造分子吗？我的第一种方法是使用SMILES格式，我可以完美地完成所有的事情，但我不能在最后构建一个pdb，因为没有能够处理我的原子数的软件(> 15000)。
浏览 6修改于2014-04-29得票数 0
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我在一个数据分析环境中处理蛋白质。任何给定蛋白质的可用数据都是可变的。我希望能够从更简单的父类构建蛋白质类。每个父类将特定于我可用的数据层。
不同的项目可能有不同的可用数据层。我想为蛋白质编写简单的类，这些类包含与特定数据层相关的所有变量和方法。然后，对于任何给定的项目，能够编译一个特定于项目的蛋白质类，该蛋白质类继承自相关的数据层特定蛋白质类。此外，每个特定于数据层的蛋白质类都需要类似的特定于数据层的链类、残基类和原子类。它们都是<
浏览 3提问于2013-01-17得票数 1
我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，这是我从blastp搜索得到的。从这些序列中，我需要有蛋白质名称、有机体、Uniprot ID，如果可能的话，还要有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息构建一个表。
有没有什么办法可以用python做到这一点？
浏览 2提问于2013-02-13得票数 1
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我有一个蛋白质组数据集，所有的蛋白质都在集合A中，其中一些属于集合B、C和D。使用r包，我能够构造一个维恩图来可视化这些集合的交集。然而，在我看来，用于生成集B、C和D的“滤波器”可能优先过滤出低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个，其中每个点代表一个蛋白质的颜色，它的强度。这样的阴谋在R中有可能吗？
浏览 15提问于2022-10-15得票数 4
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我正在构建一个使用Cytoscape.js可视化蛋白质交互数据的web应用程序。
蛋白质(节点)需要ID对应于代表其染色体位置的字符串，因为这是普遍的。
浏览 0修改于2019-02-21得票数 5
我用python实现了一个从protein fasta文件构建一些数据库的程序。fasta文件是包含一些大分子序列的文本文件。你可以阅读更多关于的内容。我的程序从每种蛋白质中生成一个肽的列表，它们是蛋白质的片段。出于我的目的，该程序在SQLite中构建和查询一个数据库。
您知道在python中是否有许多技巧可以更快地填充或查询sqlite数据库吗？
浏览 0提问于2011-09-23得票数 4
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有七个不同的蛋白质存储在一个文件中，根据它们的残基名称。每种蛋白质都有不同的序列长度。现在，我需要计算每个蛋白质的质量中心，生成一个时间序列数据，我知道如何处理单个蛋白质，但不需要多个蛋白质系统。对于单一蛋白质，我可以这样做：import numpy as np
u1 =--
1016LEU SC112660 50.716 14.69
浏览 6修改于2022-03-01得票数 2
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我目前正在构建一个应用程序，它可以解码DNA序列并输出RNA和蛋白质序列。我正在尝试扩展它，以便能够基于needleman wunsch算法对两个蛋白质序列进行比对；但不幸的是，在"Visual Basic“中无法做到这一点。
浏览 1修改于2012-10-02得票数 0
蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌症相关蛋白来预测该
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
( PSP
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
我正在开发一个简单的应用程序，可以帮助你跟踪卡路里、碳水化合物、蛋白质等。你可以从食物及其价值的基本列表开始，也可以添加你自己的食物。我更希望当应用程序第一次加载时，它不需要经历核心数据从pList或SQL文件构建食物的初始数据库的过程。有没有一种方法可以用CoreData预先构建一个数据库，这样用户的iPhone就不需要做这项工作了？
Objective C是我的第一语言，我从来没有学过SQ
浏览 3提问于2011-01-09得票数 0
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我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT我想循环通过FASTA，在它遇到的所有'R‘处分割蛋白质序列从blastp获取结果，并将blastp结果存储在fasta文件中每个蛋白质ID的单独文件中。我对使用什么语言并不挑剔。我想学习如何做到这一点，这样我就可以在它上面构建更多的功能。谢谢!
浏览 1提问于2013-06-08得票数 1
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Necrosis Factor Receptor Tumor Necrosis Factor Receptor 11A 11.5 5.1 130 166 25 1.9
第一列和第二列包含蛋白质名称，第八列包含每个蛋白质对之间的“距离”分数。我想删除包含重复蛋白质对的行，只保留距离最小的对(第8列中的最低值)。这意味着对于蛋白A-蛋白B对，除了距离得分最低的那一个之外，我想删除所有的出现。即使蛋白质名称被交换(在不同的列中)，这对蛋白质也被认为是重复的。这意味
浏览 0提问于2011-09-30得票数 1
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我想把肽序列和给定的蛋白质序列相匹配。我每种蛋白质都有很多肽，其中一些也是重叠的。对于输出，我想要一个新的文件，它也告诉我序列在蛋白质中的位置。蛋白质例子：
EHSSLGHADLDALQQNPQPLIFHMEMLKGELPDFQDGTKRVIQEGRGELPDFQDGTKVESPGTYQQDPWAMTDEEK
VL
浏览 4提问于2015-03-18得票数 0
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我的数据是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据集与源蛋白节点，目标蛋白节点，蛋白质类型，蛋白质名称和蛋白质组。我想用蜂巢图来做一个网络可视化。
帮帮忙吧。我对编程很陌生。
浏览 2提问于2014-11-15得票数 1
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我正在使用随机森林的r包根据蛋白质对的氨基酸序列来预测它们之间的距离，主要关注的是距离较近(距离较小)的蛋白质。我的训练数据集由10k对蛋白质和它们之间的实际距离组成。然而，很少有蛋白质对(小于0.2%)之间的距离很小，问题是经过训练的随机森林在预测距离较大的蛋白质之间的距离时变得非常准确，而对于距离较小的蛋白质来说则非常糟糕。我试图在我的训练数据中对距离很大的蛋白质进行下采样，但结果仍然不好。我更感兴趣的是紧密的蛋白质(那些距离很小的蛋白</
浏览 0提问于2013-03-21得票数 2
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我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。这是很重要的，因为许多蛋白质和相互作用是没有标记的，因此，如果某个特定的标记蛋白在一个簇中，就可以推断它们的功能。与典型的有监督机器学习任务不同的是，标记数据集可以显示正确分组的数目，因此没有迹象表明蛋白</
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
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