sqlite和python...快速而狂暴

Question

我用python实现了一个从protein fasta文件构建一些数据库的程序。fasta文件是包含一些大分子序列的文本文件。你可以阅读更多关于here的内容。我的程序从每种蛋白质中生成一个肽的列表，它们是蛋白质的片段。出于我的目的，该程序在SQLite中构建和查询一个数据库。

您知道在python中是否有许多技巧可以更快地填充或查询sqlite数据库吗？如果我使用像SQLAlchemy这样的层或or，我能提高性能吗？

Answer 1

您不会提高性能，ORM层会增加一些开销，但是您可能可以更容易地进行实验。考虑到您的数据的大小，您可以使用create the database in memory，这样会更快。或者，您可能希望查看不同类型的数据库，例如redis。