构建蛋白质数据库(PDB)文件

Question

我得模拟一种复杂的赖氨酸聚合物。它类似于一种蛋白质，除了赖氨酸并不总是与它们的α胺结合。我的目标是为进一步的计算生成一个蛋白质数据库。

你知道有什么模块可以让我制造分子吗？我有特殊的需求，比如：

• 我有氨基酸链
• 我需要在链条上再加一个
• 但是我必须能够指定这个n+1氨基酸与前一个氨基酸的界限是在哪里和怎样的。
• 最后，我必须能够生成一个PDB文件。

我的第一种方法是使用SMILES格式，我可以完美地完成所有的事情，但我不能在最后构建一个pdb，因为没有能够处理我的原子数的软件(> 15000)。

Answer 1

好吧，我终于找到了解决问题的办法，即使这与我的第一个问题无关。我遵循了我的第一种方法来生成我的聚合体:生成一个长长的微笑链的python脚本。然后，我终于找到了一个能够转换这么长链的软件: Discovery可视化器。

我认为这是因为这个软件不是基于openbabel的。它不是Python解决方案，但它可以完成这项工作。

不管怎样，谢谢你。

Answer 2

顺便说一下，我知道有两个比较好的模块：

pdb-tools

pdbTools是一组命令行python脚本，可以操作wwPDB蛋白和核酸结构文件。有许多程序，包括开源程序和专有程序，执行类似的任务；然而，大多数这些工具都隐藏在具有更大功能的程序中。因此，相对简单的计算通常涉及学习新程序、编译模块和安装库。为了填补空白(并完成我需要完成的任务)，我开始编写自己的工具集。这已经演变成了pdbTools套件。这套程序的特点是：

• 每个程序应该作为一个独立的应用程序运行，具有标准的GNU/POSIX风格的命令行接口。
• 每个程序都应该以这样的方式编写，以便将其作为一个函数库用于更复杂的程序。
• 程序应该要求最低限度的外部依赖。

biopython

Biopython项目是可免费获得的用于计算分子生物学的Python工具开发人员的国际协会。

Answer 3

你可以覆盖从氨基酸和蛋白质中选择的原子，在pymol-适合中形成人工键。

• 然后导出为.pdb

在配对之前，你可以先玩一下分子/s的位置。