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我有一个数据矩阵，其中包含100,000行的值，这些值对应于几种细胞类型的甲基化值。我想在集群热图中直观地显示甲基化的变化。为了使数据更易于管理，我正在考虑每10行左右创建一个新的数据矩阵。
浏览 0修改于2013-06-11得票数 0
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我有两个数据，一个是病人样本的协变量，另一个是样本的甲基化数据。我需要做t检验来比较按性别划分的甲基化数据。我的数据看起来有点像--协变量：sample1 p1 0 caucasiansample6 p6 1 caucasian
并继续到samp
浏览 0修改于2018-10-17得票数 0
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我有一个数据表，列名为单元格类型(20种细胞类型)，然后是每种细胞类型的23000个基因的行名及其甲基化值(介于0到1之间)。确定甲基化值在以下范围内的基因数目: 0-0.0999，0.1-0.1999，0.2-0.29999等，每种细胞类型的甲基化值为0.9-1。我还想对整个数据表进行类似的分析(即甲基化值在上述范围内的基因数目)。
浏览 1修改于2017-09-10得票数 2
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数据集有两列-一列用于染色体上的位置(数字，整数)，另一列用于甲基化值(也是数字，双精度)，许多甲基化值缺失。这个想法是，距离应该基于染色体上的位置。我还有其他几个功能，但我选择不包括这些功能)。reg.knn <- knnImputation(as.matrix(testp), k=2, meth="median")#Error in rep(1, ncol(dist)) :
浏览 66提问于2016-03-27得票数 3
我正在用一种方法来找到甲基化调控的基因。该方法首先计算样品中每个基因甲基化与表达数据之间的相关系数。我应用这个第一个过滤器，我得到了418个基因的子集，其相关系数为显著(小于-0,3)。下一步是找出甲基化和每个基因表达的b样条三次回归系数。ABCA7 ABCC12 ABCF1 ACN9paciente2] ~ bs(met.spl[,1]), data = Lshape.spline)$co
浏览 1提问于2015-06-24得票数 1
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Matrix Expr包含每个基因和样本的基因表达；Matrix Methyl包含每个样本的这些基因的甲基化状态。是否有可能同时基于表达和甲基化信息对基因和/或样本进行聚类？
浏览 3修改于2016-05-27得票数 0
我在人类样本上进行了450K Illumina甲基化芯片，并想要寻找连续变量和β之间的关联，并对其他协变量进行了调整。为此，我使用了R中的CpGassoc包。我还想根据重要的CpG站点搜索差异甲基化区域。然而，Champ软件包和其他用于450K DMR分析的软件包中的探头套索函数总是假设需要找到DMR的2组。我没有两组，而是这个连续变量。
浏览 2提问于2015-09-25得票数 0
以下是一个例子-
CIMP - CpG岛甲基化表型
问题是，我已经能够使用re.findall('(\(.*?
浏览 2修改于2020-06-20得票数 1
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我有一个β甲基化值矩阵，维度如下:485577x894。
我想确定哪些β甲基化值> 0.5，这样我就可以从进一步的分析中排除它们。在这样做的时候，我需要数据保持矩阵格式。
浏览 2提问于2014-01-24得票数 0
我有一个Pandas，包含以下列:位置、控制、病人、REFGENE、REFGROUP和非常多的数据行(甲基化数据)。REFGENE REFGROUP
我想调查对照和病人在甲基化方面的差异
浏览 2修改于2020-10-20得票数 0
我有一个包含百分比( DNA甲基化数据)的列的文件。我想绘制分布频率图(可能使用10的柱状图)来显示数据。有没有办法在python中做到这一点。
浏览 2提问于2013-05-25得票数 0
2)空闲MongoDB数据库的设计标准是什么？在设计MongoDB数据库时，我应该记住什么？例如，MongoDB schema对于任何MySQL数据库都会有很大帮助。3) database的去甲基化有多大帮助？
4)是否有任何现有的开源应用/工具可以帮助自动化过程？
浏览 0提问于2014-03-13得票数 0
我有一个甲基化数组数据框架的列表，如下所示，名为betatable0.5 0.3 chr175939...
浏览 3修改于2017-11-24得票数 0
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目前的数据如下：1 Asthma 1 Anemia2 HBPID Disease1Disease2 Disease32 Asthma HBP <NULL or Blankrow_number函数，并尝试了如下所示的自联接：
case when rownum = 1 then Disease e
浏览 1提问于2014-09-19得票数 0
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我从Gene Expression Omnibus (GEO)下载了一些Illumina 450k甲基化数据集
R Bioconductor包minfi和ChAMP似乎需要一种叫做“样本表”的东西。
浏览 0提问于2015-08-02得票数 2
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mRNA也可以在细胞中的腺嘌呤(A)特定序列上甲基化。在人类中，甲基化发生在序列"DR_A_CH"，中，其中"D“可以表示字母A/G/U、"R"=A/G和"H"=U/A/C，如果我的数学是正确的，这将给出总共的3x2x3=18潜在字母组合。
浏览 2修改于2022-06-20得票数 1
这些文件在去甲基化前每个大约有10 are。每一行大约有1000个字符。去甲基化后，大约是原来的三倍。在成功加载到BigQuery中之后，我不需要保留非规范化文件。
浏览 3提问于2020-01-07得票数 0
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