来自DMwR包的时间错误:无效的‘knnImputer’参数

Question

我正在尝试在基因组数据集上运行DMwR包中的knnImputer。数据集有两列-一列用于染色体上的位置(数字，整数)，另一列用于甲基化值(也是数字，双精度)，许多甲基化值缺失。这个想法是，距离应该基于染色体上的位置。我还有其他几个功能，但我选择不包括这些功能)。然而，当我运行下面的代码行时，我得到了一个错误。

reg.knn <- knnImputation(as.matrix(testp), k=2, meth="median")
#ERROR:
#Error in rep(1, ncol(dist)) : nvalid 'times' argument

有没有想过这是什么原因造成的？如果这不起作用，有没有人知道在R包中还有其他好的KNN输入器？我已经尝试了几个，但每个都返回了某种类型的错误。

Answer 1

我今天收到了一个类似的错误：

rep(1，ncol(dist))中的时间错误:无效的‘

’参数

我在网上找不到解决方案，但根据一些尝试和错误，我认为问题出在no。data frame中的列数

尝试传递至少“%3”列并执行KNNimputation

我创建了一个虚拟列，它给出了观察的行数(作为第三列)。

它对我起作用了！

供您参考的示例：

示例1 -

temp <- data.frame(X = c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10), Y = c(T, T, F, F,F,F,NA,NA,T,T))
temp7<-NULL temp7 <-knnImputation(temp,scale=T,k=3, meth='median', distData = NULL)

rep(1，ncol(dist))中出错:无效的'times‘参数

示例2 -

temp <- data.frame(X = 1:10, Y = c(T, T, F, F,F,F,NA,T,T,T), Z = c(NA,NA,7,8,9,5,11,9,9,4)) 
temp7<-NULL temp7 <-knnImputation(temp,scale=T,k=3, meth='median', distData = NULL) 

这里传递的列数是3。没有收到任何错误！

Answer 2

当我阅读代码时，我找到了问题所在，如果列小于3，那么在这个过程中，它降级到不是数据帧的东西，因此基于数据帧结构的操作都失败了，我认为作者应该处理这种情况。

是的，最后一个答案也是通过试验找到的，不同的道路，相同的答案

Answer 3

今天，我遇到了同样的错误。我的df比3列大得多，所以这似乎不是(唯一的？)问题来了。

我发现有太多NAs的行导致了这个问题(在我的例子中，超过95%的给定行是NA)。过滤掉这一行就解决了问题。

带回家的信息:不仅要在列上过滤NAs (我就是这么做的)，还要检查行(当然，如果您不能准确地定义什么是最近邻居，就不可能通过kNN来推断)。

如果这个包能提供一个可读的错误消息，那就更好了！