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下面是示例：OBX|2|ST|EPSTEIN-BARR^ AB病毒衣壳蛋白AG (VCA) AB (IGM)
我需要的是替换措辞OBX3.1到EPSTEINBARRIGM任何时候EBV病毒衣壳AG (VCA) AB (IGM)出现在OBX3.2中我将在整个记录中有几个OBX片段，这不会总是出现在同一位置。
浏览 0修改于2017-10-30得票数 1
；数字)’来消除所有的东西：
在所有生物中，从细菌到人类，DNA和染色质总是与结合蛋白联系在一起，这些结合蛋白组织着它们的结构。许多这些结构蛋白
浏览 5提问于2017-03-30得票数 1
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我正在使用支持向量机解决蛋白质分类问题，因此我使用LibSVM处理字符串数据。定义到LibSVM中的字符串核是编辑距离核，它取决于参数gamma。
浏览 0修改于2014-06-24得票数 1
+$/o; my $header_sub = $1; print OUTFILE ">$key\n$seq\n"; }
closeYAL004W SGDID:S 000002136，C
浏览 0修改于2016-02-11得票数 0
让我们假设，我有一个vivado项目，设置如下：现在，我想在另一个vivado项目中使用这个打包的IP核，并将它显示在“用户”库下
浏览 3修改于2020-06-06得票数 0
我的数据库中有两个表，protein_complex表示一组蛋白质 ? 这是代表一组非蛋白质的nonprotein_complex。 ? 蛋白质和非蛋白质通过它们的密码来表示。我写的python程序，目的是从用户那里获取代码，它应该搜索两个数据库表，并判断是否属于蛋白质，非蛋白质或两者都不属于蛋白质。localhost", password="root",
database=
浏览 59提问于2021-04-25得票数 1
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当我从终端打开自动停靠工具(一个用于运行自动停靠的GUI，显示您的蛋白质的交互式图形)时，窗口会弹出，没有问题。然而，当我试图做任何导致蛋白质图形发生变化的事情时(例如，阅读蛋白质、去除水、添加氢、修复破碎的残余物，甚至简单地选择残基和/或配体并旋转蛋白质)，程序就会疯狂地滞后。例如，从.pdb文件中读取蛋白质可能需要5分钟以上。
当我查看CPU使用率(htop)时，它似乎并不特别紧张(可能是10%)。当我看GPU (radeontop)时，它基本上是100%的使用率。我倾向于责怪我的集成GPU
浏览 0提问于2023-04-07得票数 0
我想要自动化的一项常见任务是将药物治疗和蛋白质的组合列表转换为包含所有这些组合的格式。例如，如果我有一个包含一组给定组合的DataFrame：，我想将它转换为，以便将每个蛋白质(1、2和3)复制到输出DataFrame中n次，其中行数n是每个蛋白质的药物和药物浓度加1的非药物行。理想情况下，结合的程度将由其他指示关系的表格决定，例如，如果蛋白质1和2用药物1，2和3治疗，但蛋白质2不用任何药物治疗。
我在想可能需要某种嵌套的loop，但我不能完全理解如何启动它。
浏览 3修改于2013-09-08得票数 2
我尝试在Python中编写蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割代码。胰蛋白酶的切割规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。protein)
outfile.write(peptide) my_pro
浏览 0修改于2011-05-30得票数 7
我有一个蛋白质节点的加权图。我正在编写一个Perl程序，使用Dijkstra算法查找给定节点的最短路径。每个蛋白质(顶点)具有相同的重量。我的程序不会停止迭代，也不会给我任何输出。我的想法是从用户那里获取蛋白质节点的名称，并使用给定的蛋白质作为根节点来开始搜索最短路径。infinity) ||
浏览 2修改于2012-07-27得票数 1
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我正在做一个蛋白质相互作用网络集群项目。为了测试结果，我从DIP数据库中下载了数据集。它对每个蛋白质都有DIP-id，我想将该簇(DIP-id作为蛋白质名称)与黄金数据集CYC2008进行比较，后者在复杂定义中具有公共名称/开放源码名称作为蛋白质名称。例如，DIP-839N到Taf1p。
浏览 4提问于2015-02-01得票数 1
RRG6；谷氨酰-tRNA(Gln)酰胺基转移酶亚基HER2 (EC:6.3.5.7)；天冬氨酰-tRNA(Asn)/谷氨酰-tRNA(Gln)氨基转移酶A亚基A EC:6.3.5.6 6.3.5.7\nncal:ncal 19.11438\n可能与酿酒酵母YMR293C线粒体谷氨酰基-tRNA酰胺基转移酶相似:CaO19.3956类似于线粒体谷氨酰转移酶YMR293C推测的谷氨酰基-tRNA；K02433天冬氨酰-tRNA/谷氨酰-tRNA氨基转移酶亚基A EC:6.3.5.6 6.3.5.7\n‘
但是，当我运
浏览 4修改于2016-08-16得票数 2
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(问题在于生物信息学-将蛋白质序列归类为神经肽前体序列。如果有人感兴趣，，)。现在，分类器在10倍CV的训练集上具有大致相似的性能指标(83-94%的准确率/精度/等等)，所以我的“朴素”方法是简单地使用多个分类器(随机森林、ExtraTrees、支持向量机(线性核)、支持向量机(径向基核)和伽玛基)，并使用简单的多数投票。另一层过滤是“有多少分类器同意这种蛋白质的正分类”)。( 实现，我们在其中使用多个分类器- )
整个shebang是使用SciKit、learn和python实现的
浏览 2提问于2014-02-01得票数 8
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我有一个任务，需要创建一个新类，在这个类中有一个computeRatio()方法，它将变量低密度脂蛋白除以高密度脂蛋白并打印出比率。我似乎不能把计算结果打印出来。我将发布我得到的代码和输出。+ "Systolic: " + systolic + "\n" + "Diastolic: " + diastolic + "\n"
+ "LDL: " + ldl + "\n&quo
浏览 0提问于2017-04-24得票数 0
我有序列翻译器，和一个可以读取dna和蛋白质序列的python代码。代码读取dna序列并将其翻译为蛋白质序列，读取蛋白质序列，将其与翻译的蛋白质序列进行比较，并打印出存在于读取的蛋白质序列中的蛋白质序列的列表。我如何打印它们中都存在的蛋白质的列表？"TTA":"L", "TTG":"L", "CTT":"L", "CTC":&quo
浏览 2修改于2019-03-25得票数 0
有七个不同的蛋白质存储在一个文件中，根据它们的残基名称。每种蛋白质都有不同的序列长度。现在，我需要计算每个蛋白质的质量中心，生成一个时间序列数据，我知道如何处理单个蛋白质，但不需要多个蛋白质系统。resname ION"))protein = u1.select_atoms("protein")
arr = np.empty((protein.n_residues, u1.traject
浏览 6修改于2022-03-01得票数 2
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我使用了一个基于网络的生物信息学程序来评估某些蛋白质的亚细胞定位(包含在ORF中的蛋白质名称和序列)，我正在尝试解析结果(包含在targetp中)。我使用的基于web的程序截断了蛋白质的名称(不包括序列)，我想解析我的结果文件，以便以FASTA格式获得每个蛋白质的完整名称和序列(这需要在一行上有一个'>‘+蛋白质名称，在随后的一行上有蛋白质序列)。)，我只想返回57位带有'M‘(即不是'_')的条目，以及来自ORF(标题行)的蛋白</
浏览 0修改于2013-11-22得票数 1
我想将蛋白质数据库中的PDB文件与Cosmic或Uniprot中显示的蛋白质的标准AA序列进行匹配。具体地说，我需要做的是从pdb文件中提取主干中的碳α原子及其xyz位置。然而，对于其他一些蛋白质，我不知道这是如何实现的。对于大多数蛋白质，ResSeq数与来自COSMIC或UNIPROT等来源的实际氨基酸相匹配。然而，在位置711之后，它跳到位置730。<- 10^5positions = data.frame(Residue=rep(NA, N),AtomCoun
浏览 8修改于2012-05-29得票数 1
基本上，输入文件如下所示：
cds。#有些记录没有这一行(见下文)长度= 2575U51677人非组蛋白染色质蛋白HMG1 (HMG1)基因(一些案文)
regex = re.compile("^(>.*)\r\n.regex = re.compile("^(>.*)\r\n</e
浏览 4提问于2012-10-28得票数 9
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