相互作用蛋白质数据库

Question

我正在做一个蛋白质相互作用网络集群项目。为了测试结果，我从DIP数据库中下载了数据集。它对每个蛋白质都有DIP-id，我想将该簇(DIP-id作为蛋白质名称)与黄金数据集CYC2008进行比较，后者在复杂定义中具有公共名称/开放源码名称作为蛋白质名称。有人能帮我把DIP-id转换成基因名吗？例如，DIP-839N到Taf1p。

Answer 1

最明显和最简单的方法是让数据库管理人员为您做这件事。承包商可以非常便宜地做到这一点，但如果数据库是SQL数据库，则只需使用

SELECT * FROM protein WHERE DIP-id='DIP-839N'

在那之后，你会想要

UPDATE table_name
SET column1=value1,column2=value2,...
WHERE some_column=some_value;

你可以把它和下面的东西放在一起

update
    Table
set
    Table.example = a.value
from
    TableExample a
where
    Table.field = "key value"

如果你把数据库发给我，我也许能做一个精确的查询。

此外，使用某些数据库工具，您可以将其插入到Access、Excel、Google Docs或类似的东西中。不过我对这个数据库并不熟悉。