AutoDockTools图形滞后

Question

这是我第一次使用askUbuntu，所以我希望我做得对(如果我没有，请告诉我！)

我最近买了一台迷你电脑，在家里做了一些受体配体对接实验.我已经成功地在我的系统上安装了相关的程序(autodock4、autogrid4和mgltools)。当我从终端打开自动停靠工具(一个用于运行自动停靠的GUI，显示您的蛋白质的交互式图形)时，窗口会弹出，没有问题。然而，当我试图做任何导致蛋白质图形发生变化的事情时(例如，阅读蛋白质、去除水、添加氢、修复破碎的残余物，甚至简单地选择残基和/或配体并旋转蛋白质)，程序就会疯狂地滞后。有时它会崩溃，但大多数时候，做任何事情都需要很长时间。例如，从.pdb文件中读取蛋白质可能需要5分钟以上。

当我查看CPU使用率(htop)时，它似乎并不特别紧张(可能是10%)。当我看GPU (radeontop)时，它基本上是100%的使用率。底层的自动停靠程序似乎很好，因为我能够通过命令行运行，没有问题。我在其他机器上运行了自动对接工具，这些机器看起来并不比我拥有的更强大，而且程序运行得很好。此外，pymol在我的迷你计算机上工作就像预期的那样，没有任何重大问题或减速，并且具有合理的GPU和CPU使用(我不知道这是否是一个公平的比较)。我倾向于责怪我的集成GPU，但据说它能够运行现代a游戏(不是我试过的)，所以我认为显示一种蛋白质的能力很强。至于它的价值，我已经接触了自动码头的人，以及AMD，以提高我的机会，学习一些有用的东西。

你对这个问题有什么想法吗？我的GPU还不够好吗？如果是这样的话，我能降低图形质量来简化GPU上的操作吗？难道自动对接工具在某种程度上没有正确地使用我的GPU吗？我怎么查？我有司机问题吗？对于这一切，我是个新手，所以如果我遗漏了什么，或者有什么不清楚的地方，我很抱歉。如果有更多的细节是有用的，请告诉我！

技术规格: MoreFine S500+ AMD 9 5900HX (8核，16线程) w/集成Radeon图形(8核，2100 MHz) 1 TB SSD 64 GB 64位Ubuntu 22.04.2 LTS X11窗口MGLTools 1.5.7，修补(我尝试了1.5.6，修补和每个未修补版本，都会出现相同的问题)

谢谢各位！-Triazine

Answer 1

我想出来了！我在这里回答，以防其他人也有同样的问题。我会尽我最大的努力说明我做了什么来修复它，但我可能无法解释为什么它工作得很好。我还引用并链接到其他各种AskUbuntu答案，所以希望这是可以的。来了..。

在Ubuntu22.04和AMD的GPU驱动程序中显然存在一个未满足的依赖关系，这会导致python出现问题。似乎有一些争论的AMD是否已经修复了它，但它肯定不是为我修复。如果你想从比我了解得更多的人那里读到更多关于它的信息，请到这里来：未满足的依赖型ubuntu 22.04 & amdgpu髋关节支架

我接着下载了非HWE驱动程序(https://www.amd.com/en/support/linux-drivers).

然后按照安装说明(https://amdgpu-install.readthedocs.io/en/latest/)执行，直到使用amdgpu命令。这时，我收到了一个与xorg视频ABI-24有关的错误。

然后，我从先前链接的AskUbuntu页面中执行了cloudqq和Bengt的建议，其中将两个文件中的“焦点”改为"jammy“。在这样做之前，有必要让用户可以编辑这两个文件(请参阅Drew的答案：如何修改根用户拥有的文件？)

现在AutoDockTools工作得很好！我希望这能帮助其他遇到这个问题的人！

谢谢，-Triazine