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文章/答案/技术大牛

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分子动力学模拟

我正在寻找一些关于如何在我的C++代码中优化几个函数的新想法。我通过一个分析器运行代码，它显示了它们分别占用了20%和40%的时间。这些函数被多次调用，因为它们驻留在一个三重嵌套循环中(无法避免)。 void PairBlip::blip3_inner(int &i, int &j, int &k, int &e,double g[][2][3], double gp[][2][3] ,double &blip_ijk

浏览 0修改于2020-03-23得票数 3

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Python中的分子动力学模拟

我正在寻找一个python包，我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个装置，它可以以主要的动力学理论方式处理相当多的分子，并且可以处理固体表面的存在。关于表面，我需要能够创建任意形状，并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分。有没有人知道什么包可能是合适的？

浏览 1提问于2010-03-03得票数 9

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分子动力学-粒子相互作用

我试图模拟基于Lennar势的惰性气体相互作用。我遇到了这样的问题:粒子之间的相互作用显然是以离散的步骤计算出来的，所以加速度往往会跳到不合理的高值，或者当两个粒子相互接近时不会有明显的变化。我使用的检测算法如下所示： index = 0 index += 1 x_diff = (particle.r[0] - particle2.r[0])*S

浏览 2修改于2022-01-23得票数 0

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量子与分子动力学包与排队系统

从量子和分子动力学软件包的扩展列表中，哪些软件包可以轻松地“互连”到与排队系统PBS和Sun Grid Engine一起工作的集群？

浏览 0修改于2012-12-04得票数 0

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C++分子动力学模拟程序

我想知道是否有任何分子动力学模拟器已经编写，我可以去看看源代码，以了解我如何实现这样一个优先级队列。

浏览 9提问于2015-02-28得票数 0

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分子动力学模拟中的势能计算

背景我想计算系统的总势能。我实现了POT函数，它计算所有粒子的所有贡献，并给出正确的结果(这是经过测试的，可以假设为真)。目标问题有一件事真的很奇怪:如果我放入4个粒子，两个函数会得到相同的结果。如果我放入第五个，那么就会有偏差。然后对于6,7

浏览 0修改于2020-03-23得票数 0

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替代vpython的三维模拟(分子动力学)？

在一个简单的程序中模拟和可视化晶体振动和分子动力学。我不是一个非常有经验的程序员，所以我寻找一个易于使用的工具来使用，我发现 (现在的GlowScript显然)很简单，并且给出了很好的结果。

浏览 12提问于2017-10-11得票数 2

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分子动力学中如何检查颗粒间的重叠

假设我有10个粒子，每个粒子有三个协调点。我想把它们随机放置，这样两个粒子之间的距离总是大于某个值(比如说1)。知道怎么做吗。

浏览 2提问于2017-04-13得票数 0

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lammps分子动力学模拟薄膜沉积中均方根粗糙度计算问题？

在用分子动力学模拟薄膜沉积时，其中的均方根粗糙度计算的lammps代码如何编写呢？备注：Ta上沉积Cu。还请各位懂得的老师或同学们帮忙告诉一下吧，万分感谢！！！

浏览 777提问于2020-05-22

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分子动力学模拟:波动偶极子模型的实现

我在对二氧化硅进行分子动力学模拟。一段时间前，我转向了波动的偶极子模型，经过了很大的努力，我仍然难以实现它。

浏览 2修改于2013-05-26得票数 8

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分子动力学模拟中的距离和力计算

我正在编写一个类似MD的模拟程序，我在使代码运行得更快方面遇到了一些困难。我使用Call砂子和kcache差制对代码进行了剖析，我似乎用了大约30%的时间来计算距离，43%用于设置链接单元列表和计算我的力，20%用于malloc和free (我假设在创建新的向量时调用了这些代码)。在我的模拟中，我使用了两个类：“粒子”，包含两个STL矢量(位置和速度)；和“系统”，它包含粒子向量和我用来模拟的函数。几乎所有CPU时间都在使用的两个函数如下： bo

浏览 0修改于2017-03-27得票数 6

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