如何建立一个木星笔记本页面来访问远程分子动力学结果？

Question

我想知道是否有可能，以及如何，在远程的某个地方(所以不是在我的机器上)托管一个木星笔记本页面，以便协作者可以在他们的web浏览器中加载查看结果？没有共享的机器，所有的文件都需要在一个中心位置，例如，托管在谷歌驱动器，和木星笔记本页面也必须是基于URL的访问。

首先，我使用Gromacs进行了MD模拟，文件目前在我的机器上是本地的。然后，我在我的机器上加载朱庇特笔记本，导入MDAnalysis Python包，并执行一些依赖于Gromacs生成的轨迹文件的分析(..trr/..xtc/..pdb)。我还包括一些使用NGLViewer的短期仿真轨迹，这样我就可以观察仿真的各个部分。

我面临的问题是，我希望我的合作者看到/与分析工作交互，并使用NGLViewer观察模拟。

其中涉及以下几项挑战：

(1)如何/在何处远程托管木星笔记本，以便我的合作者可以在浏览器窗口中查看进度？我不希望他们做编辑或运行代码，只是观察和复制文本和下载数字。这是为了使我免于包装(例如，作为某种类型的标记文档)的增量版本的分析和电子邮件。

(2)在这个远程朱庇特笔记本页面中，分析代码(用Python编写并使用MDAnalysis包)加载远程存储在Google上的数据文件需要什么？

(3)类似于(2)，NGLViewer是否可以加载一个远程文件，例如存储在Google上，并在站点上显示轨迹供合作者观察？

虽然我的问题与python包(如MDAnalysis、NGLViewer和第三方应用程序(Gromacs)的结果)有关，但我正在寻找一种新的方法，将来自多个项目的结果共享给不同国家的团队，以及我自己的团队，我目前无法亲自与他们见面。

Answer 1

您可以创建一个Google文件夹并将数据添加到其中。然后与所有需要访问数据的同事共享数据。

最后，创建一个Google笔记本并在那里添加代码。您可以选择允许用户编辑和运行笔记本，也可以只允许他们查看结果。如果你只给予他们阅读许可，他们将不得不保存一个副本从笔记本到他们自己的谷歌驱动器，以允许编辑笔记本。

这些选项都可以从Colab的菜单栏中获得。

您可以将google驱动器文件夹连接到Colab，如下所示：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')