分子动力学中如何检查颗粒间的重叠

Question

假设我有10个粒子，每个粒子有三个协调点。我想把它们随机放置，这样两个粒子之间的距离总是大于某个值(比如说1)。知道怎么做吗。

Answer 1

因为你没有提到粒子被限制在某个体积，也就是说，它们可以在R^3中的任何地方，所以你只需要引入随机数

n = 10
pos = np.random.random(3*n).reshape(n,3)

然后计算所有成对距离，请参阅this question关于如何有效地做到这一点，然后用最小距离对整个数组pos进行除法(如果您使用的值1是任何两个粒子都不应该小于的距离)。