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我在比较细菌代谢模型。每个模型都有一组代谢物(大约2000年左右)，它们的浓度为200个时间点。我正在比较这些模型，根据它们的相似性对它们进行聚类。我遵循的一种方法是，用欧几里德距离对两个模型中的每对代谢物对进行配对比较。下面是我的数据的样子。这是一个样本数据文件。📷
我计算了A模型的Met1和B模型的Met1之间的对欧几里德距离，同样计算了两个模型(模型A中的Met4和B模型中的Met4)之间的所有公共代谢物的距离，并总结出两个模型之间的距离(不同)。以前，我使用DWT作为DBSCAN的距离度量，根据<
浏览 0提问于2015-08-04得票数 1
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我正在研究比较细菌代谢模型。每个模型都有一组代谢物及其在200个时间点的浓度。我正在对这些模型进行比较，以便根据它们的相似性对它们进行聚类。我遵循的一种方法是使用欧几里德距离对两个模型中的每个代谢物对进行成对比较。下面是我的数据的样子。这是一个。我计算了模型A中的Met1和模型B中的Met1的成对欧几里德距离。同样，计算了两个模型(模型A中的Met4和模型B中的Met4)之间所有常见代谢物的距离，并将距离相加得到两个模型之间的距离(相异)。类似地，我计算了所有模型的相异矩阵，并使用层次聚类对它
浏览 4修改于2015-08-04得票数 0
我正在研究R中的代谢组学数据集。 我需要两件事的帮助: 1)将特定列(化合物/代谢物)中的每个NA值替换为代谢物的最低测量值(在同一列中)。2)找到每一列(化合物/代谢物)的中值，然后将同一列中的每个观察值除以该值。我们只需要对照7:10,的中位数，但最终将测量值除以列中所有观察的值，健康对照和疾病对照均除以该值。
浏览 8修改于2019-03-13得票数 0
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但每个配置文件都有两个参数，即:新陈代谢(有3个水平=3个值)和生殖能量(也有3个水平=3个值)。即： 新陈代谢：-level 1 -level 2 -level 3 繁殖能量：-level 1 -level 2 -level 3 因此，我希望31个海龟配置文件中的每一个都有这2个参数和这3个级别。例如： 简介1:新陈代谢：-level 1 -level 2 -level 3复制能量：-level 1 -level 2 -level 3 关键是，为了用这些值3创建2个参数，我创建了一个代码，如下所示3，2个具有新陈代谢
浏览 69提问于2021-11-22得票数 0
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NaturopathNo)问题是-
问题-显示详细的病人(如姓名，性别，地址，邮政编码，道布)谁吸烟和有最高(最严重)的代谢功能(吸烟的条件是习惯表中的H1 )(代谢功能在病人代谢表functionNo中)(要找出最严重的代谢功能，我们需要创建一个评分，以告诉谁的代谢功能最强)。
浏览 2修改于2014-05-18得票数 3
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也尝试了数据[‘代谢率’>2000]；数据‘代谢率’>2000TypeError：'>‘在'list’和'int
浏览 0修改于2020-03-18得票数 0
df["row"][0] values like
{‘加速度’：0，‘距离’：0.917，‘能量_成本’：4.644，‘估计能量’：76.323，‘一半’：1，‘代谢_能量’：17.043，'pos_x：-27.14，'pos_y'：50.03，‘速度’：3.67，‘视频_秒’：5.0}，{‘加速度’：0，‘距离’：0.848，‘能量_成本’：4.647，“估计能量”：70.546，‘一半’：1，‘代谢能力27.988，'pos_y'：50.022，‘速度’：3.39，‘视频_秒’：5.
浏览 8提问于2022-08-23得票数 1
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更新:我假设我必须添加类似于您在定制的type...is中添加代谢工具时的代谢量，这是我应该遵循的方向吗？
浏览 0修改于2014-01-15得票数 1
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C 62z B 82对于每一种代谢物换言之：我需要在R中执行Tukey‘Tukey ()，这将使每个治疗方法(A比B、A对C和C对B)成对比较
浏览 2提问于2014-05-07得票数 0
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by return: ")) # User input for metabolite names到目前为止，我们已经掌握了代谢物的数量、浓度和代谢物名称。separated by return: "))df = data.frame(conc=x,value=a)
此代码捕捉x种不同的代谢物浓度捕获y代谢物的x个concs数(不同代谢</em
浏览 2修改于2017-09-05得票数 0
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我确实考虑过基因组测序和预测代谢途径。我想知道其他人认为什么是最好的？或者，可能没有一种特定的语言，而是几种最适合生物信息学工作的语言，这些工作数学繁重，需要处理大量数据。
浏览 3提问于2010-06-08得票数 9
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Column1有组，column2有属于特定组的代谢途径的名称，column3对每个途径有一些值： group1 pathway6 1
浏览 10修改于2017-03-11得票数 0
我有三张表，分别是“代谢物”、“基因”和“反应”。null=True)
managed = False如您所见，“reaction”类还包括“代谢物一个典型的反应实际上涉及两种以上的代谢物。我想做的是，在管理页面(不是每个类的页面)上创建一个搜索栏，当我输入反应id时，搜索结果可以显示该反应和所有涉及的代谢物，当我输入代谢物时，搜索结果可以显示该代谢物的信
浏览 0修改于2018-03-16得票数 0
我想要将一个变量(比如酪氨酸)与R上的所有其他变量(大约200种其他代谢物，如尿素、葡萄糖、肌苷等)联系起来，但我不确定该怎么做。我是R的新手。我已经学习了配对函数，但它将每个代谢物配对在指定的范围内。
谢谢!
浏览 0提问于2013-12-06得票数 9
我有一个时间序列数据文件，有4种代谢产物A，B，AE和E的浓度随时间的变化。我有许多这种类型的数据文件(大约100个)。我想绘制一个图表中所有文件中所有四个代谢物的时间序列。每种代谢物都被指定为特定的颜色。
我编译了下面的代码，但是它只在一个文件(最后一个)中绘制数据。我认为这是因为当我调用ggplot()时，它会创建一个新的绘图。
浏览 3修改于2016-07-31得票数 0
我有571列，对应于571种不同的代谢物，还有一列具有参与者ID。使用下面的代码，我可以单独识别每个代谢物具有异常值的参与者(平均值+/- 3* sd)。3* sd(data$Met1, na.rm=T) ]
然而，我希望能够自动化这一点，所以输出是一个有572列的表，一列是ID编号，然后是571个代谢物的相应异常值，如果有的话，NAs填充了没有该ID异常值的代谢物的空白处。
浏览 14提问于2020-11-15得票数 0
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