从列表中提取组件和元素，然后合并它们

Question

我已经列出了一个列表，并且只想提取该列表中的某些组件和元素，并将其保存为一个数据框架。但是，当使用sapply函数时，它会为某些元素提取正确的数据，而对于其他元素则不会。

下面是一个可重复的例子：

#创建示例列表

library(KEGGREST)
chem_info <- keggGet(dbentries = c("C01546", "C05984"))

#从chem_info列表中提取我需要的内容。我需要提取化合物，配方和路径域。我遵循了这里列出的这一步的部分方向：How to extract elements from a list with mixed elements

a <- as.list(t(sapply(chem_info, '[', c(1,3))))
b <- sapply(chem_info, '[[', 7)
cbind(a, Pathway = b)

#我的结果&问题=有一个‘字符，3’，而不是列表的路径元素的列表。

入口公式通道

1，"C01546“"C5H4O3”字符，3

2，"C05984“"C4H8O3”“丙酸盐代谢”

我的目标是让每一个条目都列在路径元素下面，每个条目都列在路径栏下。例如，第一次进入，C01546有3种元素在途径下，糠醛降解，代谢途径，和微生物代谢在不同的环境。我需要这个列在通道栏下面。下面是我希望达到的目标的一个示例输出。

我的目标是：

入口公式通道

1，C01546 C5H4O3糠醛降解、代谢途径和微生物在不同环境中的代谢

2，C05984 C4H8O3“丙酸盐代谢”

任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

这最后一行应该能行。在正确地与cbind()组合之前，您只需要折叠任何一个条目，其中任何条目都是向量而不是单个元素。

cbind(a, Pathway = lapply(b, function(x) paste(x, collapse = ", ")))

     ENTRY    FORMULA  Pathway                                                                                 
[1,] "C01546" "C5H4O3" "Furfural degradation, Metabolic pathways, Microbial metabolism in diverse environments"
[2,] "C05984" "C4H8O3" "Propanoate metabolism"