R中的for或foreach循环与Tukey的测试比较

Question

下面是我的数据的一个示例：

metabolite  treatment area
x           A         1
x           B         2
x           C         3
y           A         4
y           B         5
y           C         6
z           A         7
z           B         8
z           C         9
x           A         12
x           B         22
x           C         32
y           A         42
y           B         52
y           C         62
z           A         72
z           B         82
z           C         92

对于每一种代谢物，我想测试治疗的平均面积是否不同。换言之：

代谢物X:A对B，A对C，B对C代谢物Y:A对B，A对C，B对C代谢物Z:A对B，A对C，B对C

我需要在R中执行Tukey‘Tukey (test)，这将使每个治疗方法(A比B、A对C和C对B)成对比较。这是我想出来的，但不管用。

`for (i in levels(data$metabolite)) { 
tukey_part1 <- aov(data$area ~ data$treatment)
tukey_part2 <- TukeyHSD(x=tukey_part1, 'data$treatment', conf.level=0.95) 
                             } `

救命，拜托！

Answer 1

实际上，您从未尝试使用正在循环的i变量。我继续并将for循环改为使用lapply。这个怎么样？

res<-lapply(levels(data$metabolite), function(i) {
    met<-data[data$metabolite==i, ]  #subset for metabolite i
    part1<-with(met, aov(area ~ treatment))
    print(part1)
    list( 
        part1 = part1,
        part2 = TukeyHSD(x=part1, 'treatment', conf.level=0.95)
    )
})
names(res)<-levels(data$metabolite)

这将给你一个或多个列表，其中包含了你要找的零件。例如，您可以使用res[[_metabolite_]][[_part_]]提取结果，例如.

res[["x"]][["part1"]]
res[["y"]][["part2"]]