回答情况：
提问时间：
问题标签：
1回答
我已经生成了已被放入fastq格式的contigs。我在想，是否有人知道我怎样才能抓住两个字符之间的核苷酸序列，产生一个长的连体？我正在使用Python2.6.6。
浏览 0修改于2017-07-10得票数 0
1回答
所以我试图解析一个FastQ序列，但是我是Python的初学者，我对为什么我的代码不能工作感到有点困惑。这是该方案应开展的工作：Flow Cell Lane = 2X-coord = 15343以下是我迄今未完成的代码： print (tuple(myZip))
seq
浏览 1修改于2015-03-20得票数 1
回答已采纳
我确实有这样的fastq文件名：我希望它们都能以fastq.gz格式压缩，请建议我如何使用一个命令来完成这一任务。
浏览 0提问于2019-06-24得票数 1
回答已采纳
我试图使用fastq箱对fastq文件进行一些操作--这些是用于存储高吞吐量DNA/RNA测序数据的简单文本文件。我想要做的是修改条目的子集，并将修改后的条目写入文件。我的一般思维过程：从quality字段字节片创建一个字节：：BytesMut字节数下面是我的示例代码：use fastq::{Par
浏览 0修改于2022-05-26得票数 1
我正在尝试写一段代码，它将打开一个fasta文件，并从一个不同的fastq文件中提取读取名称(标题)、序列(seq)和质量分数(qual)，然后将该fastq信息写入一个新的fastq文件中。Bio.SeqIO.QualityIO import FastqGeneralIterator
merged_from_raw = "merged_only.fastqread_name = line.split()[0][1:]
浏览 2修改于2015-03-20得票数 1
在执行以下规则之前，我正在拼命尝试让一个规则下载我的fastq文件。", singleEndName = single_samples)
output: params:
outputdirectory = config["rawdata"]["fastqrootfolder&q
浏览 11提问于2020-03-17得票数 0
回答已采纳
我想知道如何通过请求发布fastq文件/python对象。from Bio import SeqIO我使用Bio来解码fastq文件。我希望发送整个fastq文件，然后在服务器端创建对象，或者在服务器端发布对象并解码对象。最好是发送整个fastq文件，我知道对于一个文本文件您会这样做：
files =
浏览 5提问于2020-05-11得票数 0
1回答
fastq文件大约为3 is。有什么合理的方法可以让这一切变得更快吗？open(FILE,$file); $seq=<FILE>; $nothing=<FILE>; $fastq\n";
@elm=split("",$
浏览 0修改于2015-03-20得票数 1
回答已采纳
我被要求读取两个文件(左读和右读) Aip02.R1.fastq和Aip02.R2.fastq，并使用zip函数获得一个交错的fasta文件。左边和右边的文件都是fastq文件，但是当我把它们压缩在一起生成一个新的fastq文件时，writer函数就不再起作用了。它给出错误"SeqRecord (id=)有一个无效的序列“。 from Bio.Seq import Seq
leftReads = SeqIO.parse("&#
浏览 10修改于2020-02-16得票数 1
我有两个fastq文件(正和反向)，我想要处理前/反向对读。对于这一点，从前读开始，我得到了相应的反向，并应用了一个函数，其中包含多个参数。以下是代码： """ rec_itr = SeqIO.parse(open(f_fastq
浏览 2修改于2019-12-31得票数 0
回答已采纳
2回答
我正在尝试使用读取fastq格式的文本文件。f = 'Undetermined_S0_L001_I1_001.fastq' else:这里的大部分时间都是在读取文件时使用的：f = 'Undetermined_S0_L001
浏览 5修改于2017-06-23得票数 3
回答已采纳
我将为文件夹中的多个fastq文件运行以下代码。在一个文件夹中，我有不同的fastq文件；首先，我必须读取一个文件并执行所需的操作，然后将结果存储在一个单独的文件中。fastq，然后读取第二个文件，执行相同的操作，并将结果保存到新的第二个file.fastq中。对文件夹中的所有文件重复相同的过程。fout=open("prova_FiltraN_CE_filt.fas
浏览 2修改于2015-10-14得票数 1
回答已采纳
1回答
我的目标是比较读取从两个不同的fastq文件。作为参考，这是fastq文件所包含的内容：*这一行包含读取ID
@SRR1174213.1 HWI-1116:69:D0JBGACXXDDDDDFFF>2AFFFFBFGEE@AHH
浏览 2提问于2022-10-17得票数 0
2回答
我有这样一个fastq文件(文件的一部分)：AAAACATCAGTATCCATCAGGATCAGTTTGGAAAGGGAGAGGCAATTTTTCCTAAACATGTGTTCAAATGGTCTGAGACAGACGTTAAAATGAAAAGGGGdeeee`bbcddddad\bbbbeee\ecYZcc^dd^ddd\\`]``L`ccabaVJ`MZ^aaYMbbb__PYWY]RWNUUab`Y`BBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
FASTQ我想将fastq文
浏览 3修改于2015-03-20得票数 1
回答已采纳
我有一个大约80 of大小的fastq文件(file.fastq)，它有一个标题行和三个后续的信息行。我需要在匹配头信息的头行中匹配/1和/2，并将它们放在一个按/1和/2 (交织)排序的文件中。我在想这样的事情，但不知道怎么做这个cat file.fastq | grep -A3 --no-group-separator ...@HS2000-1015_160:5:1114
浏览 0修改于2020-11-05得票数 1
回答已采纳
如何将简单的字符序列转换为FASTQ格式(如上面的示例所示)？
如果没有，我如何在FASTQ中编码字符序列？这种格式意味着什么?
浏览 2修改于2015-03-20得票数 1
回答已采纳
你如何循环一个配对结束的fastq文件？对于单端读取，可以执行以下操作strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") fq <- yield(strm) break
#do things
浏览 2提问于2017-02-17得票数 0
回答已采纳
我使用这个脚本连接从Samples.Each子目录读取的数据，其中有某些R1.fastq.gz文件和R2.fastq.gz，我想将它们合并成一个R1.fastq.gz和R2.fastq.gz文件。| gzip >$destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz
zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip >$destdir/"$fbase"_R2.fastq.
浏览 8修改于2017-05-23得票数 2
回答已采纳
我试图使用对fastq文件进行一些操作--这些是用于存储高通量DNA/RNA测序数据的简单文本文件。我想要做的是修改条目的子集，并将修改后的条目写入文件。我的一般思维过程：
use bytes::BytesMut;
use fastq::{Parser,
浏览 10提问于2022-05-05得票数 0
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号