如何设置函数以明智地使用fastq机箱修改fastq文件

Question

我正在学习锈菌，我有一个简单的程序，我希望用它来做一个学习练习。我在这里的目标是更好地了解正确的做事方法。

我试图使用fastq箱对fastq文件进行一些操作--这些是用于存储高通量DNA/RNA测序数据的简单文本文件。我想要做的是修改条目的子集，并将修改后的条目写入文件。

现在，我有了下面概念的初步证明，它可以修改每个质量值的第一个字节。我想确定我做的事情是否明智。我的一般思维过程：

1. 使用fastq::RefRecord::to_owned_record()创建我将拥有的记录的副本
2. 从quality字段字节片创建一个字节：：BytesMut
3. 修改BytesMut的字节
4. 从修改后的OwnedRecord中设置my BytesMut中的quality字段
5. 验证是否设置了

上面的过程和下面的代码看起来合理吗？你会有不同的做法吗?为什么？由于我对锈菌如此陌生，我觉得我可能是以一种天真和不太理想的方式看待事物。告诉我你的大致想法。

依赖关系：

• 字节数
• fastq

下面是我的示例代码：

use bytes::BytesMut;
use fastq::{Parser, parse_path, Record, RefRecord};
use std::env::args;

const READS: &str = r#"@read1/ENST00000266263.10;mate1:84-183;mate2:264-363
GACAGCCAGGGGCCAGCGGGTGGCAGTGCCCAGGACATAGAGAGAGGCAGCACACACGCGGTTGATGGTGAAGCCCGGAATGGCCACAGAGGCTAGAGCC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read2/ENST00000266263.10;mate1:163-262;mate2:283-382
GATGCCATTGACAAAGGCAAGAAGGCTGGAGAGGTGCCCAGCCCTGAAGCAGGCCGCAGCGCCAGGGTGACTGTGGCTGTGGTGGACACCTTTGTATGGC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read3/ENST00000266263.10;mate1:86-185;mate2:265-364
GGACAGCCAGGGGCCAGCGGGTGGCAGTGCCCAGGACATAGAGAGAGGCAGCANACACACGGTTGATGGTGAAGCCCGGAATGGCCACAGAGGCTAGAGC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII!IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read4/ENST00000266263.10;mate1:297-396;mate2:401-500
CAGGAGGAGCTGGGCTTCCCCACTGTTAGGTAGAGCTTGCGCAGGCTGGAGTCCAGGAGGAAATCCACCGACCTGTCAATGGGGTGGATAATGATGGGGA
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
"#;

fn main() {

    let mut total: usize = 0;

    let parser = Parser::new(READS.as_bytes());
    parser.each(|record| {
        println!("Before mod");
        println!("{}", String::from_utf8_lossy(record.qual()));
        let mut owned_rec = RefRecord::to_owned_record(&record);
        let mut curr_bytes = BytesMut::from(owned_rec.qual());
        curr_bytes[0] = b'$';
        owned_rec.qual = curr_bytes.to_vec();
        println!("After mod");
        println!("{}", String::from_utf8_lossy(owned_rec.qual()));
        total += 1;
        true
    }).expect("Invalid fastq file");
    println!("{}", total);
}

另外，我希望把这个过程变成一个函数，所以我想知道做这个的最佳过程。我正在考虑一个函数modify_qual，它可以为我执行这个任务。对于这种情况，您的函数签名是什么样子的？也许某种东西会消耗记录并返回修改过的记录？还有别的吗？我理解易变性的概念，在表面上通过参考，但没有一个好的心理模型，什么时候去做某些事情。

提前感谢您的帮助！

Answer 1

关于你的“你的函数签名看起来像什么”的问题，这些东西在发展过程中会发生变化，所以不需要花太多的时间在它上，

我在下面做了两个方法代码，

use bytes::BytesMut;
use fastq::{Parser, Record, RefRecord};

const READS: &str = r#"@read1/ENST00000266263.10;mate1:84-183;mate2:264-363
GACAGCCAGGGGCCAGCGGGTGGCAGTGCCCAGGACATAGAGAGAGGCAGCACACACGCGGTTGATGGTGAAGCCCGGAATGGCCACAGAGGCTAGAGCC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read2/ENST00000266263.10;mate1:163-262;mate2:283-382
GATGCCATTGACAAAGGCAAGAAGGCTGGAGAGGTGCCCAGCCCTGAAGCAGGCCGCAGCGCCAGGGTGACTGTGGCTGTGGTGGACACCTTTGTATGGC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read3/ENST00000266263.10;mate1:86-185;mate2:265-364
GGACAGCCAGGGGCCAGCGGGTGGCAGTGCCCAGGACATAGAGAGAGGCAGCANACACACGGTTGATGGTGAAGCCCGGAATGGCCACAGAGGCTAGAGC
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII!IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
@read4/ENST00000266263.10;mate1:297-396;mate2:401-500
CAGGAGGAGCTGGGCTTCCCCACTGTTAGGTAGAGCTTGCGCAGGCTGGAGTCCAGGAGGAAATCCACCGACCTGTCAATGGGGTGGATAATGATGGGGA
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII
"#;

fn main() {
    let mut total: usize = 0;

    let parser = Parser::new(READS.as_bytes());
    parser
        .each(|record| {
            // modify_qual1(record, &mut total)
            println!("Before mod");
            println!("{}", String::from_utf8_lossy(record.qual()));
            let owned_rec = modify_qual(record);
            println!("After mod");
            println!("{}", String::from_utf8_lossy(owned_rec.qual()));
            total += 1;
            true
        })
        .expect("Invalid fastq file");
    println!("{}", total);
}

fn modify_qual(record: RefRecord) -> fastq::OwnedRecord {
    let mut owned_rec = RefRecord::to_owned_record(&record);
    let mut curr_bytes = BytesMut::from(owned_rec.qual());
    curr_bytes[0] = b'$';
    owned_rec.qual = curr_bytes.to_vec();
    owned_rec
}

fn modify_qual1(record: RefRecord, total: &mut usize) -> bool {
    println!("Before mod");
    println!("{}", String::from_utf8_lossy(record.qual()));
    let mut owned_rec = RefRecord::to_owned_record(&record);
    let mut curr_bytes = BytesMut::from(owned_rec.qual());
    curr_bytes[0] = b'$';
    owned_rec.qual = curr_bytes.to_vec();
    println!("After mod");
    println!("{}", String::from_utf8_lossy(owned_rec.qual()));
    *total += 1;
    true
}