FastQ编程误差

Question

所以我试图解析一个FastQ序列，但是我是Python的初学者，我对为什么我的代码不能工作感到有点困惑。这是该方案应开展的工作：

如果我输入FASTQ seqname行..。

@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393

...then程序应该输出：

Instrument = EAS139
Run ID = 136
Flow Cell ID = FC706VJ
Flow Cell Lane = 2
Tile Number = 2104
X-coord = 15343
Y-coord = 197393 

以下是我迄今未完成的代码：

class fastq:
    def __init__(self,str):
        self.str = inStr.replace ('@',' ').split (':')
    def lists (self,parameters):
        self.parameters = ("Instrument","Run ID","Flow Cell ID","Flow Cell Lane","Tile     Number","X-coordinates","y-coordinates")
    def zip (self,myZip,zippedTuple):
        self.Zip = zip(self.parameters,self.transform)
        self.zippedTuple = tuple(myZip)
        print (tuple(myZip))

def main():
    seq = input('Enter FastQ sequence:')
    new_fastq = fastq(str)
    new_fastq.lists()
    new_fastq.zip()

main()

Answer 1

您的代码不能工作的原因是它或多或少完全错误。为了解决您的错误，在尝试运行程序时，我们会按照它们的顺序进行处理：

1. main：
   1. new_fastq = fastq(str)不传递我们输入的seq，它传递内置的字符串类型；

​

1. __init__：
   1. 把这个论点称为fastq.__init__ str是个坏主意，因为它掩盖了我们刚刚试图传递给它的内置内容；
   2. 但是不管你叫它什么，函数定义和它里面的什么是一致的--你认为inStr是从哪里来的？

​

1. lists：
   1. 为什么这是单独的，甚至没有被__init__调用
   2. 你为什么不提出任何论点呢？
   3. parameters的论点到底是为了什么？

​

1. zip：
   1. 与其定义打印对象的方法，不如定义返回字符串表示的fastq.__str__。然后你就可以print(str(new_fastq))了。话虽如此；
   2. 再一次，你掩盖了一个内置的东西。在这种情况下，这是一个更大的问题，因为您实际上尝试使用内置的方法来掩盖它。管它叫别的什么；
   3. 再说一遍，你在定义中加入了不必要的参数，然后无论如何也不用去传递它们；
   4. self.transform应该是什么？在其他地方从来没有提到过。您的意思是self.str (同样，它应该被称为其他东西，因为它掩盖了一个内置的，而实际上不是一个字符串)？
   5. myZip是你从未通过过的论点之一，我认为你实际上想要self.Zip；但是
   6. 为什么要在下一行x = tuple(y)上创建print(tuple(y))？print(x)！

​

解决这些问题，加上一些额外的PEP-008整理：

class FastQ:

    def __init__(self, seq):
        self.elements = seq.replace ('@',' ').split (':')
        self.parameters = ("Instrument", "Run ID", "Flow Cell ID",
                           "Flow Cell Lane", "Tile Number",
                           "X-coordinates", "y-coordinates")

    def __str__(self):
        """A rough idea to get you started."""
        return "\n".join(map(str, zip(self.parameters, self.elements)))


def main():
    seq = input('Enter FastQ sequence: ')
    new_fastq = FastQ(seq)
    print(str(new_fastq))

main()