回答情况：
提问时间：
问题标签：
蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌症相关蛋白来预测该
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
( PSP
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
2回答
我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
我在一个数据分析环境中处理蛋白质。任何给定蛋白质的可用数据都是可变的。我希望能够从更简单的父类构建蛋白质类。每个父类将特定于我可用的数据层。
不同的项目可能有不同的可用数据层。我想为蛋白质编写简单的类，这些类包含与特定数据层相关的所有变量和方法。然后，对于任何给定的项目，能够编译一个特定于项目的蛋白质类，该蛋白质类继承自相关的数据层特定蛋白质类。此外，每个特定于数据层的蛋白质类都需要类似的特定于数据层的链类、残基类和原子类。它们都是构建块。原子被用来构
浏览 3提问于2013-01-17得票数 1
Necrosis Factor Receptor Tumor Necrosis Factor Receptor 11A 11.5 5.1 130 166 25 1.9
第一列和第二列包含蛋白质名称，第八列包含每个蛋白质对之间的“距离”分数。我想删除包含重复蛋白质对的行，只保留距离最小的对(第8列中的最低值)。这意味着对于蛋白A-蛋白B对，除了距离得分最低的那一个之外，我想删除所有的出现。即使蛋白质名称被交换(在不同的列中)，这对蛋白质也被认为是重复的。这意味
浏览 0提问于2011-09-30得票数 1
回答已采纳
1回答
我想把肽序列和给定的蛋白质序列相匹配。我每种蛋白质都有很多肽，其中一些也是重叠的。对于输出，我想要一个新的文件，它也告诉我序列在蛋白质中的位置。蛋白质例子：
EHSSLGHADLDALQQNPQPLIFHMEMLKGELPDFQDGTKRVIQEGRGELPDFQDGTKVESPGTYQQDPWAMTDEEK
VL
浏览 4提问于2015-03-18得票数 0
1回答
我的数据是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据集与源蛋白节点，目标蛋白节点，蛋白质类型，蛋白质名称和蛋白质组。我想用蜂巢图来做一个网络可视化。
帮帮忙吧。我对编程很陌生。
浏览 2提问于2014-11-15得票数 1
回答已采纳
2回答
我正在使用随机森林的r包根据蛋白质对的氨基酸序列来预测它们之间的距离，主要关注的是距离较近(距离较小)的蛋白质。我的训练数据集由10k对蛋白质和它们之间的实际距离组成。然而，很少有蛋白质对(小于0.2%)之间的距离很小，问题是经过训练的随机森林在预测距离较大的蛋白质之间的距离时变得非常准确，而对于距离较小的蛋白质来说则非常糟糕。我试图在我的训练数据中对距离很大的蛋白质进行下采样，但结果仍然不好。我更感兴趣的是紧密的蛋白质(那些距离很小的蛋白</
浏览 0提问于2013-03-21得票数 2
回答已采纳
我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。这是很重要的，因为许多蛋白质和相互作用是没有标记的，因此，如果某个特定的标记蛋白在一个簇中，就可以推断它们的功能。与典型的有监督机器学习任务不同的是，标记数据集可以显示正确分组的数目，因此没有迹象表明蛋白</
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载蛋白质的PDB文件)
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？
我有几个序列如下。第一列是当前序列的编号。第二列是起始位置，第三列是当前序列在其初始蛋白质中的停止位置。，它们来自不同长度的蛋白质。考虑到蛋白质并不都有相同的长度，将这些序列映射到横坐标上，看看它们是更多地位于蛋白质的开头，还是更多地在蛋白质的末端，或者更多的在中间，最好的想法是什么？我写了一个算法，根据这些序列的起始和终止位置，将它们映射到横坐标上，但问题是，由于蛋白质具有不同的长度，因此无法
浏览 1修改于2014-04-03得票数 0
我正在使用正则化回归来选择几种最能区分健康状况的蛋白质(二元:要么有病，要么没有病)。使用它的目的是降低维度(变量选择)，以便我们可以拥有更小的蛋白质集，最好地区分两个组。结果，有16种蛋白质(在近500种蛋白质中)具有非零系数，我假设这些蛋白质是最好地“区分”两种情况的蛋白质:要么有病，要么没有病。为了可视化，我使用这些选定的蛋白质制作了框图。然而，我注意到有一种蛋白质(图中底部的TRAP1)在两组之间没有显示出任何明显的平均差异或分散。 ?
浏览 19提问于2020-12-02得票数 0
回答已采纳
；数字)’来消除所有的东西：
在所有生物中，从细菌到人类，DNA和染色质总是与结合蛋白联系在一起，这些结合蛋白组织着它们的结构。许多这些结构蛋白是分子桥梁，可以结合在两个或多个不同的DNA位点，形成循环
浏览 5提问于2017-03-30得票数 1
回答已采纳
2回答
我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列？我希望我能在NCBI的web浏览器
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
回答已采纳
我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。我的问题：是否可能只检索蛋白质序列，而不是整个XML？或者，考虑到XML文件的结构可能因蛋白质而异，我如何从XML文件中提取蛋白质序列？
谢谢
浏览 2修改于2013-11-25得票数 2
回答已采纳
我试图复制本教程：，但是有一种不同的蛋白质。任何帮助都是非常感谢的！原子..。分子；复合nmols蛋白1
索尔53832
浏览 0提问于2021-09-13得票数 1
目的是在Python中编码蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割。胰蛋白酶的切割(切割)规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。
浏览 40修改于2013-08-22得票数 2
回答已采纳
kegg_con.find('genes', 'b3640')
U‘’cnb：‘cnb 3640\胸腺肽蛋白；K06316寡糖易位蛋白RFT1\ncgi:CGB_B3640C\thypothetical蛋白\neco:b 3640\tdut；脱氧尿嘧啶三磷酸酶(EC:3.6.1.23)；K01520 dUTP焦磷酸酶EC:3.6.1.23\nsea:SeAg_B3640\tbfd；细菌铁蛋白相关铁氧还蛋白；K02192细菌铁蛋白相关铁氧
浏览 4修改于2016-08-16得票数 2
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号