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生物:智人类型:通过高通量测序平台进行表达谱分析: GPL24676 11样例下载: GEO (MTX，TSV) SRA Run Selector：系列加入: GSE152999 ID: 200152999
浏览 4修改于2021-03-22得票数 0
这些文件在blocks中记录高通量的测序数据(我们称之为测序reads)，而每个read包含4行(name、sequence、n、quality)。read记录在两个文件中的顺序相同。下面是我目前的解决方案(它可以工作，但肯定不是最好的)然后，将这些函数并行地应用于8个小文件(大约需要1小时)。
浏览 2修改于2018-11-06得票数 2
假设有一系列的观测，例如[1,2,3,5,5,5,2,3,2,3, ..., 3, 4]。我试图在Scikit中使用HMM的当前实现--学习预测这个观察序列的下一个值。关于这个我有两个问题。给定n个观测序列和这些序列的n+1观测序列，HMM能用来预测一个新的n观测序列的(n+1)th观测吗？如果是的话，怎么做？
从文档中我无法很好地理解这一点。我找到了一个可能的，但它没有指定如何在Scikit中使用HMM --学习预测序列中的下一个值。
浏览 5修改于2017-05-23得票数 1
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观测序列的长度不是固定的。我尝试了一些HMM包，如Matlab的HMM工具箱和Kevin的库。它们似乎都要求用户指定转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小。我知道，对于隐马尔可夫模型(HMM)，转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小取决于隐态数和观测序列的长度。例如，如果：observations = ('walk', 'shop', 'clean')
状态数为2，观察长度为3，则跃迁概率为2x2矩
浏览 0修改于2018-07-20得票数 1
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我的数据帧来自高通量测序实验，如下所示： chr pos orient weight in_nucleosome in_subtelo2 NC_001133 1505 - 14 FALSE TRUE5 NC_001134 509 + 2 FALSE TR
浏览 2修改于2015-03-31得票数 0
我正在使用cummeRbund，这是一个用于袖扣高通量测序数据的R可视化包。
我想创建一个基因集，以便能够分析我感兴趣的差异表达的基因。
浏览 0修改于2016-06-02得票数 1
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如下所示：通过合并元素的索引，将可观测序列的每个元素投影到新的可观测序列序列中，然后将可观测序列的可观测序列转换为仅从最新的可观测序列产生值的可观测序列
浏览 5提问于2016-08-05得票数 25
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我需要建立一个数据库来保存从DNA测序实验中获得的数据。2)有几个数据点为空专栏: bed1，bed2...bed10000..。
行: sample1，sample2..。
浏览 0修改于2020-05-10得票数 1
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例如，我有两个可观测序列，"data1“和"data2”，我希望将它们合并成一个可观测序列，同时保持初始顺序。当两个可观测序列没有异步工作时--这里用一个小延迟建模--这在Rx.Observable.merge中是很容易做到的。但是，使用这种方法，任何异步工作都会破坏顺序。是否有可能合并可观测序列，传递值，如果他们的已知值和等待值还不知道，使用内置运算符？如果没有，我应该建造哪种类型的操作员？});
eventEmitter.emit('data1', '1')
浏览 1修改于2015-05-19得票数 3
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Sequence where Iterator.Element : ObservableType where E : MyType {
在上述伪代码(不起作用)中，意图是：
此扩展应适用于可观测序列，其中可观测序列是MyType类型的可观测序列，例如，可观测序列
浏览 3提问于2017-01-17得票数 5
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我有一个DNA测序信息的dataframe aSNPst.df，有些点在测序过程中没有被读取。|Vol|Sex|Ethnicity|SNP1|SNP2|SNP3|SNP4|SNP5||002| M | European
浏览 4提问于2021-02-07得票数 1
我们希望移动到Binance智能链或TRON区块链，因为它提供高通量和较低的tx费用。如何将现有的ERC20移动到另一个链，特别是平衡
浏览 0提问于2021-05-19得票数 0
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我研究的是生物学，特别是DNA，通常是基因组测序所产生的数据大小有问题。我知道在不同的计算机上，整数的大小是不同的，但它仍然比四种选择具有更多的信息存储可能性。有没有办法定义一个类型/方式来定义一个只占用2到3位的“基”？我已经搜索了定义一个结构，但恐怕这不是我要找的。谢谢。
另外，这在其他语言(可能是更高级别的java)中也能更好地工作吗？
浏览 3提问于2014-06-25得票数 4
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对于双哈希实现的探测序列，下列哪一项不是正确的？两个键可以有相同的探针序列C.探测序列的元素是哈希表的可能键我相信A，B和D是正确的，所以我认为C是正确的答案。
浏览 1修改于2016-11-23得票数 2
我似乎记得在C++11中，他们对测序行为做了一些更改，现在i++和++i有不同的测序需求。
f(++i, ++i)是否仍未定义行为？f(i++, i++)和f(++i, ++i)有什么区别？
浏览 0修改于2015-03-28得票数 2
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当我阅读Araki的AFL16论文时，每个参与者的份额都添加了一个相关的随机性，比如r1 = (a1b1−x1y1+α)/3，r2 = (a2b2−x2y2+β)/3，r3 = (a3b3−x3y3+γ)/3 withα+β+γ=0，并使用AES来生成这一点。另外，在ABY3论文中，它们在算术运算中对每一方都增加了相似的随机性。我想知道为什么这是必要的。我注意到，即使没有这种随机性，协议仍然是正确的。这有
浏览 0提问于2020-11-11得票数 1
我给一家商业机构送了一些Sanger测序的样本。我可以使用下面的命令读取他们发送的文件 from Bio import SeqIOrec = SeqIO.read("isolation-round4/3dr23_Forward.ab1",'abi-trim').seq 但最近，由于搬家，我们不得不把样本送到其他地方进行测序。现在，如果我尝试在输出上运行相同的命令，我会得到一个错误： File "C:\Users\Anaconda3<
浏览 27提问于2020-08-15得票数 0
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