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我感兴趣的是使用Spearman相关系数分析来关联两个变量，如基因表达(基因符号和折叠变化)和蛋白质表达(基因符号和折叠变化)，如图所示。A(内部J. Mol.Sci。我在网上搜索了相关的代码，但这些代码给出了与Spearman相关的热图，具有相同的X和Y轴变量，如图所示。B. ( ggplot2 :快速相关矩阵热图-R软件和数据可视化-简易指南-维基- STHDA.我需要一个热图，显示来自1个轴上的基因表达数据(var 1)和其他轴上的蛋白质表达(var 2)的变量。
浏览 76提问于2021-03-31得票数 0
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我有一个文本文件，下面显示了文件内容的示例：
1234一个新的同源结构域编码基因与一个大的CpG岛有关，该岛被肌营养不良不稳定(CTG)n重复序列所打断。肌营养不良(DM)与蛋白激酶编码基因DMPK的( CTG )n三核苷酸重复扩增有关，该基因位于19q13染色体上。3.这种基因在病人组织中表达的特征，迄今产生了关于DMPK mRNA稳态水平的变化和在存在扩张时的最终DMPK蛋白水平的相互矛盾的数据。我们已经在DMPK的3端寻找与CpG岛相关的基因。该区域的序列显示，该岛屿延伸超过3个。
浏览 0修改于2013-11-07得票数 0
我正在编写一个android应用程序，它将碳水化合物、蛋白质和脂肪的特定价值发送给服务器。我的数据库中包含食物项目，其中还提到了这些食品中所含的碳水化合物、蛋白质和脂肪含量。我想知道如何查询数据库，以返回与应用程序发送的值类似的食品项目。食物表有食物清单，列有碳水化合
浏览 1修改于2017-01-28得票数 0
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蛋白质 ( Protein，CO)是残基间接触的局部性.CO也与蛋白质的折叠速度有关。较高的接触级数表明折叠时间较长，而低接触序被认为是潜在的下坡折叠或无自由能垒发生的蛋白质折叠的预测因子。有一个内联the服务器和一个perl脚本来计算CO 。
有没有方法计算蟒蛇的CO？
浏览 2提问于2016-06-03得票数 4
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
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基本上，输入文件如下所示：
cds。#有些记录没有这一行(见下文)长度= 2575U51677人非组蛋白染色质蛋白HMG1 (HMG1)基因(一些案文)
现在我写了这个来提取以>开头的行和长度的数字因此，问题是如何创建与记录匹配的正则表达式并返回所需的组，而不管记录中是否有额外的行。如果有人也能在re.VERBOSE中展示这一点，那就太好了。很抱歉给你这么长的邮件，
浏览 4提问于2012-10-28得票数 9
我使用的是名为summernote的wysiwyg，它是我发送给服务器的值，在那里我使用HTML净化器来净化它。之后，我将其保存到DB (mysql)中。然后，我需要将纯化的html显示在wysiwyg中，因此将其写为textarea值( textarea在js中与summernote链接)。但它显示的是转义的html，而不是格式化的文本。
浏览 2提问于2015-11-12得票数 5
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背景
** TOMTOM是一个将DNA主题与已知主题数据库进行比较的工具。有关更多信息，请参见。，它可以定义为：
位置权重矩阵(PWM)或类PWM模型被广泛用于表达蛋白质的DNA结合偏好(Stormo，2000)。结合这些DNA形状特征的TF-DNA结合特异性模型取得了与包含高阶k-mer特征的模型相当的性能水平，同时需要更少的
浏览 4修改于2021-06-18得票数 55
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近年来的研究表明，组蛋白修饰是高血糖条件下调节炎症细胞因子基因表达的机制之一。然而，在高糖(HG)条件下，组蛋白甲基化是如何启动和参与炎症细胞因子基因表达变化的，目前尚不清楚。根据人细胞因子抗体阵列分析结果，采用H3K9me3法检测HG下白细胞介素-6 (IL-6)、白细胞介素-12p40、巨噬细胞炎症蛋白-1α(MIP-1α)和MIP-1β4种炎症细胞因子基因的α水平。与正常葡萄糖(NG)培养的巨噬细胞相比，在HG条件下培养的巨噬细胞表达增加，炎性细胞因子基因H3K9
浏览 2修改于2015-11-04得票数 0
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我的问题是：在我看来，在Protege中给出的表现力和OWL2建议之间的对应是不清楚的。而且，它似乎与我在这里获得的信息相冲突：。
浏览 5提问于2018-06-04得票数 3
给定一个对象列表，我试图根据给定的属性和基于该属性的表达式按降序对对象进行排序。向我的函数传递了一个参数，该参数将是我将用于比较的属性。我想要计算所选营养属性与卡路里属性的比率，例如(x.nutrient / x.calorie)。现在有几个我不得不厌倦的边缘案例。第一个x.calorie可能为零。例如，营养素可以是脂肪、碳水化合物、蛋白质，如果我的函数传递给nutrient=fat，x.nutrient != x.fat。食品类数据成员，名称，蛋白质，碳水化合物，脂肪，卡路里，派别，protein_calori
浏览 19修改于2019-06-04得票数 1
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我正在学习一些R和它在数据分析中的应用，所以很抱歉我的问题很愚蠢…… p_value = cor.test(rel_IC50_uM, level, method = "Kendall")$p.value)
据我所知，问题与结肠的数据数
浏览 3提问于2017-09-07得票数 1
我正在对人类蛋白质组进行硅化消化，这意味着我试图在某一特定位置切割每一种蛋白质的氨基酸序列。我在我创建的一个更大的函数中使用Pyteomics解析器函数。我得到了这个错误：PyteomicsError: Pyteomics错误，消息："Not序列：{'sequence'：'AKDEVQKN'}"根据我对这个正则表达式的理解，它应该找到不以(-)开头的字符串，并且后面是一系列字母字符
浏览 4修改于2021-03-05得票数 2
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我们的染色程序使表达特定蛋白质的细胞类型在其质膜上在光学显微镜下可见色素，我们用来拍摄这些图像。原始图像的屏幕截图：
B-细胞层显示：
在这一点上，我想计算B细胞与未染色组织的面积之比。此操作提示根据颜色范围提取背景单元格层：
显然，这些结果仍有许多有待改进之处。
浏览 2提问于2015-08-31得票数 0
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如果我有一个带有缺失值(NA)的基因/蛋白质表达数据，那么limma包的lmFit如何处理这些值？注意，缺少的值不是在设计矩阵中，而是在数据矩阵中。my_genes, my_design)plot(fit$logFC, -log10(fit$p.value))
如果你找到任何可以帮助你的网站/帖子，可以随时与别人分享或评论
浏览 1修改于2017-01-26得票数 1
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我正在PostgreSQL中寻找对蛋白质序列处理的支持，因为这些任务似乎是通用的或足够常见的，因此我怀疑我没有使用正确的谷歌查询术语，也没有以最好的方式定义问题。一个优雅的表达与unnest和array_agg (请概述)？PostgreSQL中的数组对我来说是新的，但我正在了解到，使用例如perl，数据库内部的处理通常比外部处理要快。这方面的应用将是蛋白质序列A对齐结构Z，那么A的特征'x‘在Z上出现在哪里？
浏览 2提问于2014-06-18得票数 0
我有来自850种蛋白质的一些蛋白质表达数据，我想将数据规范化为参考蛋白。这是纠正技术错误的好方法。我是R的新手，我刚刚想出了一个整洁的数据集。但是，当我搜索规范化时-它主要是缩放数据。3 ACP1 D 1 1266.6我想我可以使用变异变换或临时转换，但是我缺少一些东西来修正这个比率的分母与相同的
浏览 0提问于2015-02-05得票数 1
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