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我有一个数据矩阵，其中包含100,000行的值，这些值对应于几种细胞类型的甲基化值。我想在集群热图中直观地显示甲基化的变化。为了使数据更易于管理，我正在考虑每10行左右创建一个新的数据矩阵。
浏览 0修改于2013-06-11得票数 0
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我有一个数据表，列名为单元格类型(20种细胞类型)，然后是每种细胞类型的23000个基因的行名及其甲基化值(介于0到1之间)。确定甲基化值在以下范围内的基因数目: 0-0.0999，0.1-0.1999，0.2-0.29999等，每种细胞类型的甲基化值为0.9-1。我还想对整个数据表进行类似的分析(即甲基化值在上述范围内的基因数目)。
浏览 1修改于2017-09-10得票数 2
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我有两个数据，一个是病人样本的协变量，另一个是样本的甲基化数据。我需要做t检验来比较按性别划分的甲基化数据。caucasiansample6 p6 1 caucasian甲基化因此，如果我想对前8个样本的甲基化数据和性别进行一系列的t检验，我是否可以指定：t.test(t(methylation[,1:8]) ~ covariates$sex)？
浏览 0修改于2018-10-17得票数 0
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Matrix Expr包含每个基因和样本的基因表达；Matrix Methyl包含每个样本的这些基因的甲基化状态。是否有可能同时基于表达和甲基化信息对基因和/或样本进行聚类？
浏览 3修改于2016-05-27得票数 0
数据集有两列-一列用于染色体上的位置(数字，整数)，另一列用于甲基化值(也是数字，双精度)，许多甲基化值缺失。这个想法是，距离应该基于染色体上的位置。我还有其他几个功能，但我选择不包括这些功能)。
浏览 66提问于2016-03-27得票数 3
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<path stroke-linecap="round" stroke-linejoin="round" stroke-width="2" d="M11 19l-7-7 7-7m8 14l-7-7 7-currentColor">
<path stroke-linecap="round" stroke-linejoin="round" stroke-width="2" d="M13 5l
浏览 4修改于2021-01-23得票数 1
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我正在用一种方法来找到甲基化调控的基因。该方法首先计算样品中每个基因甲基化与表达数据之间的相关系数。我应用这个第一个过滤器，我得到了418个基因的子集，其相关系数为显著(小于-0,3)。下一步是找出甲基化和每个基因表达的b样条三次回归系数。
浏览 1提问于2015-06-24得票数 1
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以下是一个例子-
CIMP - CpG岛甲基化表型
问题是，我已经能够使用re.findall('(\(.*?
浏览 2修改于2020-06-20得票数 1
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我有一个β甲基化值矩阵，维度如下:485577x894。
我想确定哪些β甲基化值> 0.5，这样我就可以从进一步的分析中排除它们。在这样做的时候，我需要数据保持矩阵格式。
浏览 2提问于2014-01-24得票数 0
DIFF-IO 测试200 500 -300 考试2 3-1 最终2 1 邮件4 2 2 共计208 506 -298 表参考-选择头-选择DIFF-选择测试5 7-2 游戏3 3 0 考试0 7-7 最后12 6 总计20 23 -3 表REF-IO头-IO引用-选择头-选择DIFF-选择测试200 500 -300 5 7-2 考试2 3 -1 0 7-7 考试最后2
浏览 0修改于2015-07-14得票数 5
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我在人类样本上进行了450K Illumina甲基化芯片，并想要寻找连续变量和β之间的关联，并对其他协变量进行了调整。为此，我使用了R中的CpGassoc包。我还想根据重要的CpG站点搜索差异甲基化区域。然而，Champ软件包和其他用于450K DMR分析的软件包中的探头套索函数总是假设需要找到DMR的2组。我没有两组，而是这个连续变量。
浏览 2提问于2015-09-25得票数 0
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CEE 3-3-4-7 Example1 WEMEA 1 7-Americas 1-6 Example1 WEMEA 1 7-
浏览 2修改于2017-11-01得票数 0
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我正在学习上的bash脚本材料，并停留在示例7-7中：
有一个${filename##*.} != "gz"，这可能意味着$filename没有以.gz结尾，但我在这里不知道##的含义。
浏览 5修改于2017-07-21得票数 3
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A = [1 2 3; 7 6 5]A-B = [1-3 2-3 3-3; 7-7 6-7 5-7];这就是我想要做的操作。
浏览 2提问于2012-11-16得票数 1
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我有一个Pandas，包含以下列:位置、控制、病人、REFGENE、REFGROUP和非常多的数据行(甲基化数据)。REFGENE REFGROUP
我想调查对照和病人在甲基化方面的差异
浏览 2修改于2020-10-20得票数 0
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