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我有一张miRNAs和DNA (基因)表。每个miRNA调控许多不同的基因。我们的目标是列出10个共同调控基因最多的前10位miRNAS。正如你所看到的那样，每个miRNA调控多个基因。有1498个miRNAs调控~30-40个基因。目标是创建一组由每个miRNA调控的基因，然后以某种方式查看每个集合与其他集合共享的值，计数共享值，按计数排序共享数据，并选择前10位。编辑:我需要找到前10对miRN
浏览 6修改于2015-02-18得票数 1
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因此，我有一个非常长的转录因子数据框架( TF )和一长串必要的基因列表，到目前为止我所做的是确定一个由TF调控的基因是否是一个必需的基因。AcrR acrB - Weak No esencial5TF的调控。AidB 17 AllR 9
我现在要做的是，在一个新的专栏中，确定在给定的TF中，有多少<
浏览 1修改于2016-06-29得票数 0
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我正在用一种方法来找到甲基化调控的基因。该方法首先计算样品中每个基因甲基化与表达数据之间的相关系数。我应用这个第一个过滤器，我得到了418个基因的子集，其相关系数为显著(小于-0,3)。下一步是找出甲基化和每个基因表达的b样条三次回归系数。我的数据包含在一个包含两个矩阵的列表中，如下所示： AAAS ABCA7 ABCC12 ABCF10.06389504 0.045
浏览 1提问于2015-06-24得票数 1
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我正在设计一个细胞周期时间序列中高度调控基因的热图。"white", high = 结果是这样的，
我的值是日志转换的，我想知道是否有一种方法来排列我的行，使它们按它们在时间序列中的峰值位置排列(即，所有在0处表达最高的基因被聚在一起，在30处表达最高的基因被聚在一起，等等)。
浏览 5提问于2016-03-01得票数 0
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(mid是miRNA的ID，gid是基因的ID )。到目前为止，我有以下内容，但我不确定这是否是正确的方法。任何帮助都将不胜感激。
浏览 1修改于2015-02-18得票数 0
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1”：1，“遗传2”：1，“基因3”：7，“遗传4”：7，“遗传5”：1}{“基因1”：7，“基因2”：1，“基因3”：8，“遗传4”：5，“遗传5”：8}
{“基因1”：2，“遗传2”：4，“基因3”：6，“遗传4”：1，“遗传5<
浏览 3修改于2014-04-11得票数 2
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KEGG的pathway search result界面后面括号里的数字代表什么？
网站、search、搜索
自己输入基因在KEGG网站进行作图，在pathway search result界面，结果中后面括号里的数字代表什么？有人说是该通路中含有我们查询的基因的数量，可是点开那个数字，显示的我们的基因与这个数字并不相等啊。我自己输入5个基因，搜索结果有一个括号里是5，点开后只有4个基因显示，请问这是为什么呢？
浏览 274提问于2020-04-17
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我有两个数据格式如下： X <- data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=10))
其中行代表基因，列代表基因型。对于每一轮的引导(n=1000)，应随机选择基因型而不替换此数据集(X)，并形成两组数据集(X'应有5种基因型，Y'应有5种基因型)。基本上，最后我将拥有1000个这样的数据集-- X'和Y'，它们将包含来自完整表达式数据集的5个随机
浏览 2修改于2013-09-20得票数 0
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我有2个csv和文本文件，文件1有2列，一列是基因id，两列是基因名称，文件2有许多列，列中字符串的一部分是基因id，例如基因id(基因组)或伪基因id(基因组)。我想将文件1中的每个基因id与文件2中的每个基因id进行比较，并将文件2中的基因id替换为文件3中打印的文件1中的基因名称。文件1；
SPAR5_0024, coA binding domain protein
浏览 0修改于2019-05-23得票数 0
我有这样的基因列表，保存在一个变量上：NPPCNRG1NUDT19PAEPPCDHA4grep -w "^$genes$" list.txtNT5C1B-RDH14grep "^NT5
浏览 7修改于2020-10-16得票数 1
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我想知道如何使用t.test或pairwise.t.test对基因组合进行多重比较。首先，如何比较基因1与基因3、基因3与基因4等所有组合？第二，如何才能将基因1的组合与其他基因进行比较？Gene S1 S2 S3 S4 S5 S6 S7
1 20000 12032 23948 2794 5870
浏览 10修改于2017-09-20得票数 3
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我有5个不同的基因。每个基因都有一组与之相关的点。因此，我决定制作一个盒子和胡须图，比较这些基因之间的不同点。然而，对于每个基因，有一个特殊的价值与它有关。我们称它为基因的年龄。我想想象一下这个年龄值如何与每一个基因的其他点相比较。年龄比所有分数都高吗？低一点？在中间拍打？我如何才能最好地使用matplotlib来做到这一点？
浏览 1提问于2014-07-10得票数 0
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我有两个数据:一个是SNPs及其位置的列表，另一个是基因列表及其起始坐标和结束坐标。使用dplyr，我想添加一个列到SNP数据框中，该列具有每个SNP所在的基因的名称(即SNP的位置位于相同的染色体上，位于该基因的起始坐标/结束坐标之间)。如果一个SNP不属于任何基因坐标，它应该在基因列中得到"NA“。SNP与基因之间的染色体数目必须匹配。SNP数据文件：01 5 C T
01 10 G
浏览 2修改于2019-06-05得票数 2
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我(一个新手，R)分析了两个处理对基因表达的影响的随机研究。在基线和1年后，我们评估了5个不同的基因。基因折叠计算为1年时的值除以基线值。示例基因: IL10_BL IL10_1Y IL10_fold
基因表达是作为一个连续变量来测量的，通常在0.1到5.0之间。100名患者被随机分为他汀类药物或饮食疗法。我想做的是：-Y轴应该以95%的置信限显示基因的平均表达-X轴应该是绝对的，以基线、1年和折叠值为5个基因，按治疗分组。因此，两组
浏览 0修改于2014-08-11得票数 3
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我有一个包含数千行如下形式的csv文件：a b 5a d 7bd 1a d 7b c 8基于，我得到了部分我想要的结果，因为它没有同时测试第一列和第二列，而只测试了第一列。因此结果是不正确的，即它在检查b的最佳值时
浏览 29修改于2020-06-19得票数 4
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我有矩阵文件，基本上是跨不同细胞类型的基因之间的spearman相关矩阵。所以现在我试图找出哪一组基因或一组相关值大于0.6的基因，如果我设定这个阈值的话。我怎么能这么做？我在张贴我的数据子集。ACTL6B ACTR5 ACTR6ACTR5 0.4 1 -0.3所以我不想要同一组基因之间的相关性，那就是1，我想要另一种比较。比方
浏览 4修改于2017-08-01得票数 0
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这是我的大数据的一个子集：A anot 2A 3ss_B 5B anot 4C 3ss_B 8C 5ss_A 6
我想将每个基因中对应于3ss和5ss特征的读数划分为该基因的"anot“特征。我对每个<em
浏览 0修改于2016-04-16得票数 2
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