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我正在尝试在我的机构的数据库中表示遗传变异数据。我们发现了与之相关的参考等位基因、突变等位基因、染色体、位置、名称、可能的效应、基因、基因中的位置等遗传变异。我可以将其表示为：
变体属于多对一关系中的基因。也就是说，一个基因可以有多个变体，但一个变体通常不能跨越多个基因。(然而，有时这可能发生在较大的CNV或两个基因重叠的地方，因此可能是多对多关系？)在个体中也发现了变异。个体有基因</em
浏览 0提问于2012-06-25得票数 3
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我对突变技术很熟悉，并且在我的项目中实现了一些，但是我从来不知道在实现一个突变算子时应该有多少基因发生突变。让我们以边界突变为例，我们随机选择一个基因，并将其替换为该基因的下界或上限。然而，我不确定我是否应该仅仅突变1基因，还是多变异一些基因。因此，我认为有两种方法是可行的：
给每个决定该基因是否会发生突变的基因分配一个随机概率。为每一个基因掷骰子，并在概率范围内变异它。随机挑选一个基因并进行突
浏览 1提问于2016-10-25得票数 1
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背景
我正在模拟一个基于冬眠的系统中的基因组特征(基因、转录本和外显子)和遗传变异。基因、转录本和外显子都是GenomicFeature的亚类，每个变体都可以有零到多个GenomicFeatures.反过来，基因有零对多的转录本--就像外显子一样--转录本也有零到多的基因和外显子。有时，我想获取一个变异体及其所有的基因组特征，以及从直接的基因组特征中连接的所有基因组特征。我想取一个特定的变体，与该变异</em
浏览 2提问于2016-09-01得票数 6
{ public int getPosition();}现在，我想对每个基因的进行分析。因此，我想对每个基因(gene1，gene2，.( geneN)对所有与一个基因相关的变异体做一些统计。
浏览 0修改于2017-10-11得票数 0
我有260种不同基因型的结果(4种不同的第一次重复)。我使用了增强型区块设计。我想添加一个新的列，表示检查或不检查基因型。我知道我必须结合使用if/if else语句和变异体命令。问题是，我不能集成变异命令和if命令？有没有人可以指导我如何将变易命令与if语句集成在一起
浏览 0提问于2019-03-26得票数 0
将均匀突变和非均匀突变解释为“类型”：
xi‘从下界、上界随机抽取(均匀)。它类似于二进制字符串的位翻转
浏览 3修改于2020-06-20得票数 4
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我正在研究2600+基因组，希望研究不同群体的基因组、基因和基因间的特征。如果分类组只有很少的代表，就没有问题。在分类组具有多个基因组的情况下，我应该在什么基础上删除相似的基因组，以便从每个分类组中只获得几个代表。我是否应该使用lenght或GC%或其他特征来删除基因组-例如，如果两个基因组的GC%变异小于1%，我将删除它。类似这样的事情。请建议接受的方式，并友好地解释原因以及。tuberculosis alone which hav
浏览 1提问于2013-09-27得票数 0
作为预处理步骤，我需要从大量的RNA-seq数据中选择前1000个高度可变的基因(行)，该数据包含100种不同样本的(列)中大约60k个基因。列值已经包含了三重值的平均值。，在这种情况下，选择前1000个可变基因的最佳方法是什么？我试着用rowSums()函数过滤掉这些基因(移除具有较低行和值的基因)，并将其从60k个基因缩小到10K个基因，但我不确定选择高变异基因的方法是否正确。如有任何意见，我们将不胜感激。
浏览 1修改于2021-06-17得票数 0
第一个数据帧是遗传变异、它们的标识符以及它们在染色体上的位置的列表。第二个是基因列表，其中每行中的列指定了基因在染色体上的起始和终止位置。我想看看哪些遗传变异属于由start_20和stop_20 cols表示的基因‘范围’。一个遗传变异可能落入一个以上的基因范围内。例如，这里的单核苷酸多态性"rs1“将映射到基因A和基因B。这就是我到目前为止所尝试的：chromosome<-c(&
浏览 0修改于2016-06-03得票数 0
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我有一个代表抗菌药耐药基因变异的data.table变量，所有这些变量都是为每个药物类连在一起的。我需要为每个基因变异产生一个单独的二进制列，如果某一特定药物类别的基因变异存在，而FALSE不存在，则标记为FALSE。(grepl(y[i], columnvector, fixed = TRUE), TRUE, FALSE)]该函数可以很好地创建新列并识别每个基因变异是否存在在第二种情况下，<em
浏览 0提问于2018-11-29得票数 1
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我编写了一个代码，初始化染色体，它们的第一个基因是一个浮动数，在0.012048范围内，他们的第二个基因又在0.0001，10之间浮动，最后三个基因是布尔的。现在，我想通过考虑基因类型和范围的差异，对我的染色体进行突变和杂交。目前，我有一个错误，因为在使用交叉和变异算子后，染色体的第一个基因产生了0值，这与我的评估函数是错误的。有人能帮助我使用DEAP工具箱进行代码选择、变异和交叉，在最初定义的范围内生成新的种群吗？
浏览 6提问于2017-12-08得票数 5
1000基因组计划为我们提供了数千人的DNA序列相对于人类参考DNA序列“变异”的信息。变体存储在文件中。我的问题是:它是否已经存在，有些工具可以很好地执行任务，或者我必须自己编写脚本。
浏览 7修改于2020-10-05得票数 4
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当我尝试进行"vote“变异时，得到了下面的错误。我的其他基因突变工作正常。当我尝试进行"vote“变异时，得到了下面的错误。我的其他基因突变工作正常。当我尝试进行"vote“变异时，得到了下面的错误。我的其他基因突变工作正常。
浏览 12提问于2019-10-10得票数 0
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人口规模: 100突变率:5激活功能:乙状结肠变异算法我真的需要你的帮助，谢谢。实际上，问题是在权值初始化和变异方法上。对于突变，我尝试了两种方法(随机选择一个基因突变)：
->在-0.1之间加入随机扰动，突变率为5% .这样，我
浏览 1修改于2015-02-24得票数 2
在正常状态下，我们有许多组生物复制的基因表达数据：gene replicate 1 replicate2 gene10.724579 gene6 -0.815476 -0.737112 .... gene 20000 我的问题是，我如何将那些真正受影响的基因与那些仅仅是生物变异(复制之间的差异)的基因区分开来？训练数据是我的复制数
浏览 2提问于2017-05-15得票数 1
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对于我试图创建的遗传算法，我实现了一种变异机制，但它相当粗糙：{ }它有效地创造了1/ 20的机会在我的个体中突变其中一个“基因”，这些基因都是双倍的。例如，我有一个具有双值-6.57885的基因，一个转换网站告诉我
浏览 2修改于2016-05-06得票数 2
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每个基因有不同类型的多个变体。我需要建立一个堆叠的top10基因的条形图，与每种变异类型的数量成正比的每一个酒吧的填充数量最多的毒株。我已经成功地建立了“正常的酒吧”，但我无法填补这个障碍。
浏览 8修改于2022-02-21得票数 0
我有一个脚本，目的是检测沿着染色体的基因之间的差距，这些间隙的坐标，并为这个缺口指定一个类别。当输入数据按start排序时，下面的输入无法正确工作，因此它无法检测到第三个基因重叠于第一个基因，只有当基因2和3重叠时才进行检查。2899 -chrII 5790 6125 +期望的输出是系统检测基因1-3相互重叠，从而忽略它们-
浏览 4修改于2015-06-17得票数 1
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总括而言，我有：
我知道做交叉的概念(产生随机数，概率…)。(等等)但是哪些父母和他们中有多少人将被选中进行交叉或变异？
浏览 4修改于2015-12-16得票数 4
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