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我正在寻找一些关于如何在我的C++代码中优化几个函数的新想法。我通过一个分析器运行代码，它显示了它们分别占用了20%和40%的时间。这些函数被多次调用，因为它们驻留在一个三重嵌套循环中(无法避免)。 void PairBlip::blip3_inner(int &i, int &j, int &k, int &e,double g[][2][3],
double gp[][2][3] ,double &blip_ijk
浏览 0修改于2020-03-23得票数 3
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我正在寻找一个python包，我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个装置，它可以以主要的动力学理论方式处理相当多的分子，并且可以处理固体表面的存在。关于表面，我需要能够创建任意形状，并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分。
有没有人知道什么包可能是合适的？
浏览 1提问于2010-03-03得票数 9
背景我想计算系统的总势能。我实现了POT函数，它计算所有粒子的所有贡献，并给出正确的结果(这是经过测试的，可以假设为真)。目标问题
有一件事真的很奇怪:如果我放入4个粒子，两个函数会得到相同的结果。如果我放入第五个，那么就会有偏差。然后对于6,7
浏览 0修改于2020-03-23得票数 0
在用分子动力学模拟薄膜沉积时，其中的均方根粗糙度计算的lammps代码如何编写呢？备注：Ta上沉积Cu。
还请各位懂得的老师或同学们帮忙告诉一下吧，万分感谢！！！
浏览 777提问于2020-05-22
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我正在做一个模拟气体硬球模型的项目。(类似于理想气体模型)有些模拟器是不适合的，因为它们为不同的模型做了计算，例如，除了能量守恒的东西，硬球模型和弹性碰撞。
浏览 9提问于2015-02-28得票数 0
我在对二氧化硅进行分子动力学模拟。一段时间前，我转向了波动的偶极子模型，经过了很大的努力，我仍然难以实现它。为了分析这种情况，我建立了一个由两个原子组成的系统的模拟: Si和O，它们有相反的电荷，所以它们振荡。
浏览 2修改于2013-05-26得票数 8
我正在编写一个类似MD的模拟程序，我在使代码运行得更快方面遇到了一些困难。在我的模拟中，我使用了两个类：“粒子”，包含两个STL矢量(位置和速度)；和“系统”，它包含粒子向量和我用来模拟的函数。
浏览 0修改于2017-03-27得票数 6
在一个简单的程序中模拟和可视化晶体振动和分子动力学。 - vpython中的一个类似于我想要实现的例子
浏览 12提问于2017-10-11得票数 2
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我正在尝试写一个分子动力学模拟的lennard-jones流体在二维箱中，无论是周期边界条件还是反射边界条件。模拟似乎在反射边界下运行得很好，但由于某些原因，周期框中的粒子在几百个积分步骤后开始获得额外的速度，最终没有粒子留在框中。谢谢
浏览 6修改于2012-04-24得票数 2
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我需要造一个重型分子动力学模拟器。我想知道python+numpy是不是一个好的选择。这将在生产中使用，所以我想从一种好的语言开始。我想知道我是否应该从像eg.scala这样的函数式语言开始。
浏览 2提问于2011-08-05得票数 4
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我正在写一份报告，我想知道，在你看来，哪些开源的物理模拟方法(如分子动力学，布朗动力学等)，还没有移植，将值得移植到GPU或其他特殊硬件，可以潜在地加速计算。提前感谢
浏览 2修改于2010-03-15得票数 0
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想利用分子动力学方法模拟Ta上Cu薄膜的电沉积，但lammps的input文件不太会编写，还望做过或懂得的大神帮助一下，万分感谢！急需！！！可以有偿！
浏览 327提问于2020-05-25
LAMMPS是一个分子动力学模拟软件。我下载了这个软件，但是我无法安装LAMMPS。我在Windows中搜索像.exe这样的文件，但是我找不到它。
浏览 0修改于2016-08-27得票数 0
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我有一个包含分子动力学模拟数据的hdf5格式文件Data File。为了进行快速检查，h5ls工具非常方便。
浏览 17提问于2021-09-16得票数 0
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我用它同时用16个核进行分子动力学模拟。由于计算的性质，我需要连续运行几天。在运行这种类型的作业一两天之后，我的工作站经常会以未知的原因崩溃。如果我升级到Ubuntu 14，这种不稳定会消失吗？
浏览 0提问于2014-10-03得票数 2
我有一大堆来自分子动力学模拟的POV-RAY文件，通用名称为"frameXX.pov“，其中"XX”是帧的编号。我想把它们都渲染出来，但是我有500个，所以我真的不想手工完成。
浏览 2修改于2019-03-19得票数 1
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我目前正在使用Ubuntu10.04LTS在一台pc上连接到一台用于运行分子动力学和使用LAMMPS进行蒙特卡罗模拟的服务器。
浏览 0提问于2016-05-26得票数 0
我有一个分子动力学模拟数据。该体系有254个溶质分子和近12000个水分子。仿真有近4700帧。我提取了H键数据。数据显示，如果任何一个溶质分子与水分子都有H键，它就会显示1，否则0。
浏览 11提问于2022-03-15得票数 0
我是OpenMM的新手，我希望就以下问题提供一些指导：最好我想用python来实现这一点。
任何具体的例子或指导都是非常感谢的。
浏览 14提问于2020-07-29得票数 1
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