h5md组中的元数据和hdf5规范中定义的缺失属性有哪些？

Question

我有一个包含分子动力学模拟数据的hdf5格式文件Data File。为了进行快速检查，h5ls工具非常方便。例如：

h5ls -d xaa.h5/particles/lipids/positions/time | less

现在我的问题是基于我收到的关于数据格式的评论！根据hdf5规范和群组中的元数据，缺少哪些属性？

Answer 1

您是否正在尝试从数据集中获取时间属性的值？如果是这样，您需要使用h5dump，而不是h5ls。而且，属性附加到每个数据集，因此您必须在路径中包括数据集名称。最后，属性名称区分大小写；Time != time。以下是dataset_0000所需的命令(对0001到0074重复此命令)：

h5dump -d /particles/lipids/positions/dataset_0000/Time xaa.h5

您还可以使用Python代码获取属性。下面是一个简单示例：

import h5py 
with h5py.File('xaa.h5','r') as h5f:
    for ds, h5obj in h5f['/particles/lipids/positions'].items():
        print(f'For dataset={ds}; Time={h5obj.attrs["Time"]}')