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新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以新加坡团队做这方面科研探索是情理之中。 不同注释软件的比较（上）：安装及使用 （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件 （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 肿瘤外显子队列和拷贝数芯片的突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在 6个通路容易发生突变，包括点突变和拷贝数变异，所以一个全景图就足以展示了： 鼻咽癌在6个通路容易发生突变 文献在附件也给出来了这些突变位点， 当然了如果有服务器也可以自行下载这个肿瘤外显子队列的fastq
65020编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以中山大学团队做这方面科研探索是情理之中。 主要是因为前面已经有了新加坡和香港的鼻咽癌肿瘤外显子队列做了一些描述性研究，所以本文只能是落脚在预后才有可能异军突起。 详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 本次要分享的中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列这个研究的肿瘤外显子队列是 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 这两个队列都是很容易下载fastq测序数据，走fastq数据文件的找变异流程。 肿瘤somatic突变全景图 因为前面已经是有3个鼻咽癌肿瘤外显子队列秀了全景图， 所以本次文章并没有在全景图方面过多描述，仅仅是一个点突变瀑布图： 点突变瀑布图 也有拷贝数变异的全景图。
64840编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
NPC的突变特性（逆向收费读文献2019-13）
当中，因鼻咽癌病发逝世的男性，占所有因癌症病逝的男性当中的4.6%，女性方面则是1.7%。 在新加坡的三大种族当中，华族的鼻咽癌病发率最高，之后是马来族，印族则鲜少患上鼻咽癌。 来自中国香港或中国南部的华人是患上鼻咽癌的最高风险群。别的地区的华人，或从这中国香港、中国南部等地区移民到较低风险区的华人，患上鼻咽癌的风险也较高。来自北非和中东国家的人，也有患上鼻咽癌的中等风险。 在新加坡，男性患上鼻咽癌的几率比女性高出三倍。 虽然鼻咽癌的确切导因至今未找出，但EBV人类疱疹病毒感染被发现是诱发鼻咽癌的重要原因。 一些导致鼻咽癌的风险因素，包括从小开始大量吃咸鱼、吃很多防腐腌制或发酵食物以及抽烟。家族中若有近亲患有鼻咽癌，患上鼻咽癌的几率会比家族中没人患上鼻咽癌的人高。 不过，里面的确是有鼻咽癌数据的，如果要做鼻咽癌的整合分析，这个数据集，仍然是可以使用起来。
1.6K31发布于 2019-07-05 - 来自专栏生信技能树
香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以香港大学团队做这方面科研探索是情理之中。 不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 文章的《肿瘤外显子》数据分析策略其实比较旧了，毕竟是2016年发表的，如下所示： 数据分析策略 肿瘤somatic突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在
40940编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路
肿瘤外显子这个技术随着TCGA大计划的名声鹊起，基本上它已经很快就被应用于各个癌症队列，鼻咽癌虽然小众，但是也有了两个队列，详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 所以后面想继续做同样的技术同样的癌症，就必须要有新颖之处了，比如于 2017年发表在 NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志的文章 各种分组比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱，同样的也纳入了在它前面发表的两个鼻咽癌肿瘤外显子队列 ： 比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱 可以看到： 肿瘤突变负荷较高的鼻咽癌病人生存会比较差 NPC observed, but infrequently, in agreement with a previous study.这两个队列详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 如下所示的 PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路： PI3K/MAPK 和 chromatin
62830编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
基于肿瘤外显子数据看复发鼻咽癌的特异性突变
GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 普通的肿瘤外显子队列在这个鼻咽癌领域既然已经被相继发表了，后面的类似的肿瘤外显子研究就必然加入全新元素 ，比如聚集到生存意义： 2017， NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志，中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2019， Cancer Medicine 杂志，肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路 复发的鼻咽癌队列肿瘤突变负荷大 这里结合了两个鼻咽癌的肿瘤外显子队列： Singapore (n = 55) ，SRA035573 Hong Kong (n = 49) ，SRA288429 这两个队列详见 这里作者也是拿这些基因的突变与否，去跟比较原发肿瘤和复发鼻咽癌的突变差异。 ERBB-PI3K 信号激活突变，详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 所以，本文也会把这样的重点通路
73420编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
鼻咽癌患者肿瘤部位和外周血的单细胞组成差异
在单细胞大行其道的近两年，我也安排了学徒们做了几百个有表达量矩阵可以下载的单细胞转录组文献图表复现，挑选其中100个成功的案例，提供代码给大家，希望对大家有帮助！
1.2K40发布于 2021-04-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
Cell research | 单细胞测序技术高逼格研究思路
挖掘了鼻咽癌预后相关分析特征和治疗靶点，为鼻咽癌的精准治疗提供了新的思路！ 鼻咽癌的发病从病因上与EB病毒（EBV）感染高度相关，并且病理学特征表现为肿瘤病变周围和内部的免疫细胞高度浸润，该特殊的微环境特征表明免疫治疗在鼻咽癌中具有极好的应用潜力。 事实上，以免疫检查点抑制剂为代表的免疫治疗已在鼻咽癌患者中取得了不错的临床受益。 然而即使如此，鼻咽癌患者对于抗PD-1疗法的反应率也只有20%~30%，这表明我们需要加深对鼻咽癌肿瘤微环境的理解，从而探索更多有效治疗靶点，促进其精准治疗的发展。 提示这些特征可作为鼻咽癌的潜在预后标志物! [图9] Fig9.
1.5K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏AI掘金志
Live 回顾 | 柏视医疗创始人：从 AI 入手，如何解决鼻咽癌放疗靶区勾画的临床痛点？
1月9日，2019年首场【大咖Live】第 31 期AI医疗·放疗靶区勾画专场首期，雷锋网AI掘金志邀请到柏视医疗创始人陆遥博士详细解析“鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用”。 鼻咽癌放疗靶区勾画背景情况、鼻咽癌的定义及2018年全球及中国鼻炎癌发病率情况； 目前主要的治疗手段、放疗中靶区的定义，以及柏视在鼻咽癌放疗靶区勾画方面的技术方案（GTV分割和CTV预测）； 基于小样本的 以下为本场分享部分PPT： 会员问答 为更深入的解决听众在鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用方面的困惑，「Live」在分享结束后开设问答环节，陆遥博士对雷锋网旗下会员组织「AI投研邦」会员疑问进行了一一解答 中山大学学生：除了鼻咽癌，还有哪些癌症的AI放疗靶区勾画是发展前景比较好的？ 陆遥：除了鼻咽癌，放疗科肿瘤的AI放疗靶区勾画均是发展前景，例如肺、乳腺、结直肠、宫颈、前列腺，目前放疗科的应用越来越多了。在癌症中，鼻咽癌是技术难度最高的，因其在头颈部位，解剖结构也最复杂。
72320发布于 2019-08-29 【免疫笔记】肿瘤特异性 T 细胞免疫治疗：技术发展与临床应用
四、临床应用：鼻咽癌早诊新指标 “T-score” 通过上述技术筛选出鼻咽癌特异性 TCR，建成 “鼻咽癌 TCR 库”（对应的 T 细胞具有强肿瘤杀伤能力）；基于这些 TCR 的特征图谱，构建早诊指标 “T-score”： 检测方式：外周血 TCR 测序； 优势：比现有方法提前发现鼻咽癌，为早诊提供新策略
38110编辑于 2025-12-24文献分享--单细胞与空间转录组学揭示复发性鼻咽癌中放疗抵抗及免疫逃逸的机制
知识积累病理特征与肿瘤微环境（TME）的复杂性鼻咽癌（NPC）在病理学上的典型特征是肿瘤病灶周围及内部存在大量免疫细胞浸润，表明其肿瘤微环境（TME）具有高度复杂性。 放疗抵抗是 NPC 局部复发的主要原因放疗是鼻咽癌最核心的治疗手段。然而，在 NPC 患者中，约 10%–20% 的患者在接受根治性放疗后仍出现局部复发，且复发性鼻咽癌（rNPC）患者的生存结局较差。 呈现独特的免疫生态特征：• B细胞比例降低• 成纤维细胞、中性粒细胞及内皮细胞比例升高非免疫细胞特征主要由内皮细胞、成纤维细胞和恶性细胞构成病灶内非免疫细胞以恶性细胞为主结果2、放射抗性与免疫逃逸是复发鼻咽癌 结果3、MCAM+ mCAFs促进复发鼻咽癌（rNPC）细胞的放射抗性肿瘤微环境（TME）也可能促进rNPC恶性细胞放射抗性的发展。 ，间质细胞中COL4A1的表达与多种癌症的免疫抑制性肿瘤微环境（TME）相关结果7、ZNF683+ CD8+ T细胞在复发鼻咽癌（rNPC）中呈现弱细胞毒性特征对原发（PT）与复发（RT）鼻咽癌的肿瘤微环境
39420编辑于 2025-08-19- 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组学揭示了与鼻咽癌预后相关的免疫细胞多样性及免疫亚型的调控因子
associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma 期刊：Cell Research (IF:48) 发表时间：2020 单位：中山大学 组织类型：鼻咽癌 acc=GSE150430 背景知识 鼻咽癌是一种恶性肿瘤，通常发生在鼻咽部位，也称为喉鼻咽癌。这种癌症通常起源于鼻咽部的黏膜上皮细胞，并可能扩散至其他部位，如颈部淋巴结、肺部和骨骼等。 样本信息 15个原发鼻咽癌样本，1个正常样本 大群注释 主图： b: 利用经典的marker，对大群进行注释。从tsne图可以推断，没有去除样本间的批次效应。
65210编辑于 2023-12-04 - 来自专栏科研菌
血液标志物预后模型这样能发8+分！
作者利用液体活检技术对鼻咽癌患者与健康人的血浆蛋白进行了测定和对比，筛选出了与肿瘤转移相关的蛋白signature，并证明其可用于诱导化疗获益的预测。 distant metastasis and induction chemotherapy benefit in Nasopharyngeal Carcinoma基于血浆蛋白signature可预测鼻咽癌的远处转移和诱导化疗获益 一、研究背景 鼻咽癌(NPC)是一种在中国南方有较高发病率的肿瘤，目前常用TMN分期以及EB病毒感染情况来预测肿瘤的转移概率，但预测准确度尚有提升空间。 而基于患者血液的液体活检技术的发展为癌症相关检查提供了新的思路，已有研究报道NPC患者的血液中某些蛋白的浓度与健康人存在差异，作者希望基于此进一步研究，以期找到可用于预测鼻咽癌的转移和化疗疗效的蛋白signature 接下来，作者在226个局部晚期鼻咽癌(LA-NPC)病人中基于这50个蛋白进行了“低通量”蛋白检测，其中8个蛋白在超过一半的病人中因为浓度太低无法检出而被排除。
58410发布于 2020-12-22 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【LncRNA+X】2020国自然研究热点中标摘要参考
然而，lncRNA在鼻咽癌转移和铁死亡中的作用目前仍很不清楚。 我们的前期研究发现，新长链非编码RNA LncRNA-Rxxxx（LncRNA Regulated by Pxxx）是鼻咽癌转移和铁死亡的重要调控分子。 本研究将深层次解析LncRNA-Rxxxx促进转移、抑制铁死亡的分子机制，证明其通过激活Cxxxx / Hxxxx轴而起作用，可以作为鼻咽癌的预后预测指标及治疗的新靶点。 我们将利用鼻咽癌靶向的新型小环载体系统，特异性表达shRNA，以下调LncRNA-Rxxxx，进而抑制鼻咽癌转移、促进铁死亡。 本项目将阐明LncRNA-Rxxxx / Cxxxx / Hxxxx1轴调控鼻咽癌转移和铁死亡的作用和机制，为鼻咽癌的治疗提供新的候选药物。
44510编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
药物处理细胞系前后转录组数据该如何分析出花来？
鼻咽癌细胞系 Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is one of the most highly invasive and metastatic head and neck Nasopharyngeal Carcinoma Cell Line (C666-1) Consistently Harbouring Epstein-Barr Virus，原来那个年代，在实验室成功培养一个鼻咽癌细胞系 我在：https://www.covance.com/industry-solutions/oncology/preclinical/complete-cell-line-list.html 查到的鼻咽癌细胞系很少 既然已经是十年前的策略了，并没有什么新意，值得一提的反而是鼻咽癌领域的研究，因为这个癌症好发于中国大陆的两广地区，所以国内外研究鼻咽癌的实验室并不多！
1.6K30发布于 2020-06-09 - 来自专栏最新医学影像技术
SegRap 2023——用于放疗计划的高危器官和肿瘤的分割
在这个挑战中，提供鼻咽癌 (NPC) 患者的 CT 扫描数据集，其中分割目标将包括 OAR、鼻咽总目标体积 (GTVnx) 和淋巴结总目标体积 (GTVnd) . 该数据集由鼻咽癌患者治疗前临床所需的对比和非对比头颈部 CT 图像组成。 训练数据将包括来自 120 名鼻咽癌患者的 CT 图像以及相应的标签图，该标签图被手动分割为 45 个 OAR 和 2 个 GTV：大脑、脑干、交叉、左侧耳蜗、右侧耳蜗、食道、左侧咽鼓管、右侧咽鼓管、左眼 验证和测试数据将包括分别来自 20 名和 60 名鼻咽癌患者的 CT 图像。 分割指标：骰子相似系数 (DSC) 和归一化表面骰子 (NSD)。
53530编辑于 2023-08-17 - 来自专栏分析工具
CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(Anaconda/Aspera/Edge turbo）
目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据 如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget edgeturbo psedgeturbo# 设置本地下载目录edgeturbo set /home/lnjoying/mydownload# 查看帮助edgeturbo help开始下载突然发现这个鼻咽癌的数据集没有
1.3K00编辑于 2024-11-25 AbMole丨AZD8055：mTOR抑制剂及其在动物实验中的研究应用
AZD8055在鼻咽癌CNE1与CNE2细胞中的IC50分别为60与100 nM，该浓度下可延长G2/M期阻滞并促进细胞凋亡与自噬[2]；AZD8055在膀胱癌T24、UMUC3、5637、J82四种细胞系中抑制细胞增殖 动物实验方面，AZD8055（CAS No.：1009298-09-2）在BALB/c nude小鼠鼻咽癌异种移植模型中，以5、10、20 mg/kg/d的剂量显著增强了小鼠体内肿瘤对放射的敏感性，诱导肿瘤组织凋亡与自噬
11710编辑于 2026-03-13- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
单细胞测序技术在鼻咽癌肿瘤研究中的应用 题目：Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific carcinoma 发表期刊：Nat Commun 影响因子:12.1 Doi:https://doi.org/10.1038/s41467-021-21795-z 发表时间：2021.3.9 摘要：鼻咽癌的肿瘤微环境 然而，基于大体积RNA测序的最新进展仍不足以构建鼻咽癌浸润基质细胞的深入图景。该研究对14名患者的66627个细胞进行单细胞RNA测序，并结合T细胞和B细胞克隆型鉴定。 作者的这些研究数据有助于人们理解鼻咽癌患者的基质景观和免疫动力学，并为TME中预后生物标志物和治疗靶点的开发提供了更深入的认识。
1.3K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
几乎不提供任何有用信息的肿瘤外显子你还做吗
比如新加坡团队的2023发表的鼻咽癌文章：《Clinical efficacy and biomarker analysis of dual PD-1/CTLA-4 blockade in recurrent 因为早期已经是有了七八个鼻咽癌的肿瘤外显子队列文章，这样的话，他们的这个数据分析得到的结论基本上没有什么新颖之处： mutational landscape of these tumors was generally
41810编辑于 2023-09-04
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