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新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以新加坡团队做这方面科研探索是情理之中。 不同注释软件的比较（上）：安装及使用 （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件 （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 肿瘤外显子队列和拷贝数芯片的突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在 6个通路容易发生突变，包括点突变和拷贝数变异，所以一个全景图就足以展示了： 鼻咽癌在6个通路容易发生突变 文献在附件也给出来了这些突变位点， 当然了如果有服务器也可以自行下载这个肿瘤外显子队列的fastq
65120编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
NPC的突变特性（逆向收费读文献2019-13）
当中，因鼻咽癌病发逝世的男性，占所有因癌症病逝的男性当中的4.6%，女性方面则是1.7%。 在新加坡的三大种族当中，华族的鼻咽癌病发率最高，之后是马来族，印族则鲜少患上鼻咽癌。 在新加坡，男性患上鼻咽癌的几率比女性高出三倍。 虽然鼻咽癌的确切导因至今未找出，但EBV人类疱疹病毒感染被发现是诱发鼻咽癌的重要原因。 一些导致鼻咽癌的风险因素，包括从小开始大量吃咸鱼、吃很多防腐腌制或发酵食物以及抽烟。家族中若有近亲患有鼻咽癌，患上鼻咽癌的几率会比家族中没人患上鼻咽癌的人高。 不过，里面的确是有鼻咽癌数据的，如果要做鼻咽癌的整合分析，这个数据集，仍然是可以使用起来。 NPC的一些其它研究 药物处理比较 Gene expression profiles of nasopharyngeal carcinoma cell line HNE2 following TP53
1.6K31发布于 2019-07-05 - 来自专栏生信技能树
中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以中山大学团队做这方面科研探索是情理之中。 主要是因为前面已经有了新加坡和香港的鼻咽癌肿瘤外显子队列做了一些描述性研究，所以本文只能是落脚在预后才有可能异军突起。 详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 本次要分享的中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列这个研究的肿瘤外显子队列是 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 这两个队列都是很容易下载fastq测序数据，走fastq数据文件的找变异流程。 肿瘤somatic突变全景图 因为前面已经是有3个鼻咽癌肿瘤外显子队列秀了全景图， 所以本次文章并没有在全景图方面过多描述，仅仅是一个点突变瀑布图： 点突变瀑布图 也有拷贝数变异的全景图。
64840编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路
肿瘤外显子这个技术随着TCGA大计划的名声鹊起，基本上它已经很快就被应用于各个癌症队列，鼻咽癌虽然小众，但是也有了两个队列，详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 各种分组比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱，同样的也纳入了在它前面发表的两个鼻咽癌肿瘤外显子队列 ： 比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱 可以看到： 肿瘤突变负荷较高的鼻咽癌病人生存会比较差 NPC Recurrent mutations in PI3K/MAPK pathway activators or regulators (PIK3CA, PTEN, ERBB3, BRAF1, NF1, FGFR2, FGFR3) and chromatin modifying enzymes (KMT2D, KMT2C, EP300, KDM5A) were also observed, but infrequently , in agreement with a previous study.这两个队列详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
63130编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以香港大学团队做这方面科研探索是情理之中。 不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 文章的《肿瘤外显子》数据分析策略其实比较旧了，毕竟是2016年发表的，如下所示： 数据分析策略 肿瘤somatic突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在
41040编辑于 2022-07-26 - 来自专栏用户7627119的专栏
Cell research | 单细胞测序技术高逼格研究思路
[Fig2] Fig2.研究思路及流程 主要分析工具：数据基本分析：Seurat R package； 轨迹分析：Monocle 2 ； 转录调控分析：pySCENIC package； 细胞互作分析 鼻咽癌免疫微环境的单细胞表达图谱及细胞类型注释 2.恶性细胞瘤内转录异质性特征识别 恶性细胞的聚类分群显示出肿瘤间异质性。 交叉启动抗肿瘤CD8+ T细胞的关键DC亚型，在抗肿瘤免疫中起关键作用；DC2优先表达了传统2型DCs (cDC2)的经典标记基因，包括CD1E、FCER1A和CLEC10A；DC3表达的标记，如CCR7 ，T细胞中耗竭性的标记基因LAG3和HAVCR2与细胞毒性标记物的表达高度相关，LAG-3 +和HAVCR2 + CD8 + T在细胞瘤内显著高表达，且代表好的生存。 DC1表达了相对高水平的XCR1，而XCR1配体(XCL1和XCL2)在NK细胞中过表达，表明NK细胞和DC1之间存在功能相互作用，可能NK细胞介导DC1进入鼻咽癌TME。[Fig8] Fig8.
1.5K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
基于肿瘤外显子数据看复发鼻咽癌的特异性突变
GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 普通的肿瘤外显子队列在这个鼻咽癌领域既然已经被相继发表了，后面的类似的肿瘤外显子研究就必然加入全新元素 ，比如聚集到生存意义： 2017， NATURE COMMUNICATIONS ; 杂志，中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2019， Cancer Medicine 杂志，肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路 如果做第一人当然简单，第2,3,4也可以尽可能的加入一些小创新。 复发的鼻咽癌队列肿瘤突变负荷大 这里结合了两个鼻咽癌的肿瘤外显子队列： Singapore (n = 55) ，SRA035573 Hong Kong (n = 49) ，SRA288429 这两个队列详见 这里作者也是拿这些基因的突变与否，去跟比较原发肿瘤和复发鼻咽癌的突变差异。
73620编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
鼻咽癌患者肿瘤部位和外周血的单细胞组成差异
Nat Commun 2021 Feb 2;12(1):741. library(ggplot2) library(clustree) library(cowplot) library(dplyr) rm(list=ls()) ###### step2:QC质控 "cycle_details.pdf" ) # S.Score较高的为S期，G2M.Score较高的为G2M期，都比较低的为G1期 质量控制的各个阈值都可以浮动调整的。 ='CD8T' celltype[celltype$ClusterID %in% c(1,10,11),2]='NKT' celltype[celltype$ClusterID %in% c(2),2] ='NK' celltype[celltype$ClusterID %in% c(3,4,6),2]='Tcells' celltype[celltype$ClusterID %in% c(5,8),2
1.2K40发布于 2021-04-29 - 来自专栏AI掘金志
Live 回顾 | 柏视医疗创始人：从 AI 入手，如何解决鼻咽癌放疗靶区勾画的临床痛点？
1月9日，2019年首场【大咖Live】第 31 期AI医疗·放疗靶区勾画专场首期，雷锋网AI掘金志邀请到柏视医疗创始人陆遥博士详细解析“鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用”。 鼻咽癌放疗靶区勾画背景情况、鼻咽癌的定义及2018年全球及中国鼻炎癌发病率情况； 目前主要的治疗手段、放疗中靶区的定义，以及柏视在鼻咽癌放疗靶区勾画方面的技术方案（GTV分割和CTV预测）； 基于小样本的 以下为本场分享部分PPT： 会员问答 为更深入的解决听众在鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用方面的困惑，「Live」在分享结束后开设问答环节，陆遥博士对雷锋网旗下会员组织「AI投研邦」会员疑问进行了一一解答 中山大学学生：除了鼻咽癌，还有哪些癌症的AI放疗靶区勾画是发展前景比较好的？ 陆遥：除了鼻咽癌，放疗科肿瘤的AI放疗靶区勾画均是发展前景，例如肺、乳腺、结直肠、宫颈、前列腺，目前放疗科的应用越来越多了。在癌症中，鼻咽癌是技术难度最高的，因其在头颈部位，解剖结构也最复杂。
72320发布于 2019-08-29 【免疫笔记】肿瘤特异性 T 细胞免疫治疗：技术发展与临床应用
四、临床应用：鼻咽癌早诊新指标 “T-score” 通过上述技术筛选出鼻咽癌特异性 TCR，建成 “鼻咽癌 TCR 库”（对应的 T 细胞具有强肿瘤杀伤能力）；基于这些 TCR 的特征图谱，构建早诊指标 “T-score”： 检测方式：外周血 TCR 测序； 优势：比现有方法提前发现鼻咽癌，为早诊提供新策略
42110编辑于 2025-12-24文献分享--单细胞与空间转录组学揭示复发性鼻咽癌中放疗抵抗及免疫逃逸的机制
放疗抵抗是 NPC 局部复发的主要原因放疗是鼻咽癌最核心的治疗手段。然而，在 NPC 患者中，约 10%–20% 的患者在接受根治性放疗后仍出现局部复发，且复发性鼻咽癌（rNPC）患者的生存结局较差。 结果3、MCAM+ mCAFs促进复发鼻咽癌（rNPC）细胞的放射抗性肿瘤微环境（TME）也可能促进rNPC恶性细胞放射抗性的发展。 结果4、MCAM+ mCAFs通过COL4–ITGA2–FAK–AKT轴促进放射抗性对MCAM+ mCAFs中差异表达基因（DEGs）进行网络分析，发现关键枢纽基因包括ACTA2、COL4A2、ITGA1 配体-受体分析表明，恶性细胞与MCAM+ mCAFs通过COL4A1/2–ITGA2_ITGB1和COL4A1/2–ITGA3_ITGB1轴增强互作，空间通讯推断同样支持该结果。 ，间质细胞中COL4A1的表达与多种癌症的免疫抑制性肿瘤微环境（TME）相关结果7、ZNF683+ CD8+ T细胞在复发鼻咽癌（rNPC）中呈现弱细胞毒性特征对原发（PT）与复发（RT）鼻咽癌的肿瘤微环境
39720编辑于 2025-08-19- 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组学揭示了与鼻咽癌预后相关的免疫细胞多样性及免疫亚型的调控因子
acc=GSE150430 背景知识 鼻咽癌是一种恶性肿瘤，通常发生在鼻咽部位，也称为喉鼻咽癌。这种癌症通常起源于鼻咽部的黏膜上皮细胞，并可能扩散至其他部位，如颈部淋巴结、肺部和骨骼等。 样本信息 15个原发鼻咽癌样本，1个正常样本 大群注释 主图： b: 利用经典的marker，对大群进行注释。从tsne图可以推断，没有去除样本间的批次效应。 这篇NPC论文的方法，具体如下： step1: 提取全部的上皮细胞，包括肿瘤 和 正常样本； step2: 对每个样本单独做inferCNV分析，正常样本的上皮细胞做reference step3: 将该肿瘤样本和 髓系细胞分群，注释 主图： a/b/c：将髓系细胞分成 cDC1, cDC2, LAMP3+DC, pDC, Monocle, Macrophage. d: 6个细胞类型做GSVA分析，These results h: 免疫检查点HAVCR2 (TIM3) 共表达的基因，top20中，有很多都是 杀伤相关基因 i: SCENIC分子，用使用验证了 EOMES, RUNX3, XBP1 转录因子在T NK中的作用。
66110编辑于 2023-12-04 - 来自专栏科研菌
血液标志物预后模型这样能发8+分！
作者利用液体活检技术对鼻咽癌患者与健康人的血浆蛋白进行了测定和对比，筛选出了与肿瘤转移相关的蛋白signature，并证明其可用于诱导化疗获益的预测。 接下来，作者在226个局部晚期鼻咽癌(LA-NPC)病人中基于这50个蛋白进行了“低通量”蛋白检测，其中8个蛋白在超过一半的病人中因为浓度太低无法检出而被排除。 图1A.50个在治疗前后患者血浆中存在浓度差异的蛋白 2.PSDM的构建以及其与预后的关系 作者选择了上述18个蛋白中17个表达上调的蛋白来构建PSDM。 但当病人被TNM或者单独被N分期或T分期分层之后，PSDM依然在除了T1和T2的所有分组之中与患者预后存在显著相关。多变量分析结果进一步提示了PSDM可作为一个有力的独立预后预测因子(图2)。 ? 图2.多因素Cox回归分析结果 3.比较PSDM与单独蛋白和临床因子的效能 为进一步评估PSDM的预测效能，作者做了时间依赖性的ROC分析，结果提示PSDM比其中5个蛋白单独用作预测的效果都要好
58510发布于 2020-12-22 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【LncRNA+X】2020国自然研究热点中标摘要参考
LncRNA+糖酵解-2* Warburg效应与化疗敏感性相关，近期发现多激酶抑制剂能上调肝癌Warburg效应。 ；NDRG2可以抑制糖酵解途径关键因子果糖磷酸激酶1的表达。 然而，lncRNA在鼻咽癌转移和铁死亡中的作用目前仍很不清楚。 我们将利用鼻咽癌靶向的新型小环载体系统，特异性表达shRNA，以下调LncRNA-Rxxxx，进而抑制鼻咽癌转移、促进铁死亡。 本项目将阐明LncRNA-Rxxxx / Cxxxx / Hxxxx1轴调控鼻咽癌转移和铁死亡的作用和机制，为鼻咽癌的治疗提供新的候选药物。
44610编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
药物处理细胞系前后转录组数据该如何分析出花来？
这个留言恰好回答了最近学员的一个疑问：在转录组大行其道的今天，简单的药物处理细胞系前后转录组数据分析结果如何玩出新意呢，毕竟一般来说就2个分组，6个样本，看起来的确是只能走差异分析策略。 鼻咽癌细胞系 Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is one of the most highly invasive and metastatic head and neck Nasopharyngeal Carcinoma Cell Line (C666-1) Consistently Harbouring Epstein-Barr Virus，原来那个年代，在实验室成功培养一个鼻咽癌细胞系 我在：https://www.covance.com/industry-solutions/oncology/preclinical/complete-cell-line-list.html 查到的鼻咽癌细胞系很少 既然已经是十年前的策略了，并没有什么新意，值得一提的反而是鼻咽癌领域的研究，因为这个癌症好发于中国大陆的两广地区，所以国内外研究鼻咽癌的实验室并不多！
1.6K30发布于 2020-06-09 - 来自专栏最新医学影像技术
SegRap 2023——用于放疗计划的高危器官和肿瘤的分割
在这个挑战中，提供鼻咽癌 (NPC) 患者的 CT 扫描数据集，其中分割目标将包括 OAR、鼻咽总目标体积 (GTVnx) 和淋巴结总目标体积 (GTVnd) . 该数据集由鼻咽癌患者治疗前临床所需的对比和非对比头颈部 CT 图像组成。 训练数据将包括来自 120 名鼻咽癌患者的 CT 图像以及相应的标签图，该标签图被手动分割为 45 个 OAR 和 2 个 GTV：大脑、脑干、交叉、左侧耳蜗、右侧耳蜗、食道、左侧咽鼓管、右侧咽鼓管、左眼 验证和测试数据将包括分别来自 20 名和 60 名鼻咽癌患者的 CT 图像。 分割指标：骰子相似系数 (DSC) 和归一化表面骰子 (NSD)。 2、分析ROI图像，得到图像平均大小是360x390x108，因此将图像缩放到固定大小256x256x128。
54130编辑于 2023-08-17 - 来自专栏分析工具
CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(Anaconda/Aspera/Edge turbo）
目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据 如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa-human/HRA003340 /home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/ > download.log 2> &1 & # check一下 tail -f download.log2.使用Edge turbo下载数据目前对于该平台中的数据，专门有一个软件进行下载，这个软件是Edge turbo。 edgeturbo psedgeturbo# 设置本地下载目录edgeturbo set /home/lnjoying/mydownload# 查看帮助edgeturbo help开始下载突然发现这个鼻咽癌的数据集没有
1.4K00编辑于 2024-11-25 AbMole丨AZD8055：mTOR抑制剂及其在动物实验中的研究应用
Thr308）、S6K1、4E-BP1等下游分子的磷酸化水平，并可激活ERK1/2与p38 MAPK通路[1]。 AZD8055在鼻咽癌CNE1与CNE2细胞中的IC50分别为60与100 nM，该浓度下可延长G2/M期阻滞并促进细胞凋亡与自噬[2]；AZD8055在膀胱癌T24、UMUC3、5637、J82四种细胞系中抑制细胞增殖 动物实验方面，AZD8055（CAS No.：1009298-09-2）在BALB/c nude小鼠鼻咽癌异种移植模型中，以5、10、20 mg/kg/d的剂量显著增强了小鼠体内肿瘤对放射的敏感性，诱导肿瘤组织凋亡与自噬 ，且5-20 mg/kg/d的剂量均未引起肝肾细胞的凋亡或者坏死[2]。 Cell death & disease 2018, 9 (2), 137.
12210编辑于 2026-03-13- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
此外，5个基因(BGN、RCN3、TAGLN、MYL9和TPM2)被确定为结直肠癌预后较差的成纤维细胞特异性生物标志物。该研究为CRC中TME间质细胞的普遍基因组改变提供了证据和功能相关性。 单细胞测序技术在鼻咽癌肿瘤研究中的应用 题目：Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific 然而，基于大体积RNA测序的最新进展仍不足以构建鼻咽癌浸润基质细胞的深入图景。该研究对14名患者的66627个细胞进行单细胞RNA测序，并结合T细胞和B细胞克隆型鉴定。 作者的这些研究数据有助于人们理解鼻咽癌患者的基质景观和免疫动力学，并为TME中预后生物标志物和治疗靶点的开发提供了更深入的认识。 通过对来自7个原发性、2个复发性和2个肺转移性骨肉瘤病变的100,987个单个细胞的RNA测序，基于基因表达谱和典型标记的无偏聚类，鉴定出11个主要细胞簇。
1.3K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
几乎不提供任何有用信息的肿瘤外显子你还做吗
aspera从ebi的ena数据库下载，prefetch从ncbi的sra数据库下载，自己测序） fastqc+trim-galore 质量控制 baw的比对 GATK工具套件一站式处理 mutect2看配对样品的 somatic突变 CNVkit2看配对样品的拷贝数变异 其它 如果仅仅是为了得到队列的somatic突变信息，包括SNV和CNV，如果是样品数量太少了， 很难得到可以讲故事的点，课题就搁浅了。。。。 比如新加坡团队的2023发表的鼻咽癌文章：《Clinical efficacy and biomarker analysis of dual PD-1/CTLA-4 blockade in recurrent 因为早期已经是有了七八个鼻咽癌的肿瘤外显子队列文章，这样的话，他们的这个数据分析得到的结论基本上没有什么新颖之处： mutational landscape of these tumors was generally
41910编辑于 2023-09-04
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