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新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以新加坡团队做这方面科研探索是情理之中。 本次研究纳入了128个NPC患者，涉及3种技术，包括：whole-exome and targeted deep sequencing, as well as SNP array，详情如下： 肿瘤外显子 不同注释软件的比较（上）：安装及使用 （八）不同注释软件的比较（中）：注释后转成maf文件 （八）不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 肿瘤外显子队列和拷贝数芯片的突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在 6个通路容易发生突变，包括点突变和拷贝数变异，所以一个全景图就足以展示了： 鼻咽癌在6个通路容易发生突变 文献在附件也给出来了这些突变位点， 当然了如果有服务器也可以自行下载这个肿瘤外显子队列的fastq 信号通路重要性 同理，聚焦ERBB-PI3K信号通路，并且可视化凸显这个通路上面的大量基因都有突变，而且通路突变的病人预后更差： ERBB-PI3K信号通路重要性
65220编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
NPC的突变特性（逆向收费读文献2019-13）
本次更新的《NPC的突变特性》为2019 第十三周分享 本周尝试一种新的文献解读方式，就是一次性解读3篇文献，总结他们的异同点，整体把握该领域发展情况。 一些导致鼻咽癌的风险因素，包括从小开始大量吃咸鱼、吃很多防腐腌制或发酵食物以及抽烟。家族中若有近亲患有鼻咽癌，患上鼻咽癌的几率会比家族中没人患上鼻咽癌的人高。 不过作者给出的全景图仍然是不那么好理解，好在研究团队的生物学背景足够，找到了能够把生物学故事写下去的通路，就是ERBB-PI3K 信号通路： ? Controls were obtained from 3 patients with no evidence of malignancy. J Pathol 2009 Feb;217(3):345-52.
1.6K31发布于 2019-07-05 - 来自专栏生信技能树
中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以中山大学团队做这方面科研探索是情理之中。 主要是因为前面已经有了新加坡和香港的鼻咽癌肿瘤外显子队列做了一些描述性研究，所以本文只能是落脚在预后才有可能异军突起。 详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 本次要分享的中山大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列这个研究的肿瘤外显子队列是 肿瘤somatic突变全景图 因为前面已经是有3个鼻咽癌肿瘤外显子队列秀了全景图， 所以本次文章并没有在全景图方面过多描述，仅仅是一个点突变瀑布图： 点突变瀑布图 也有拷贝数变异的全景图。 /PI3K/AKT subgroup 同样是全景图很容易看到3个突变的分子分型差异： 3个突变的分子分型差异 有预后作用 可以看到这个突变角度的3分子分型不仅仅是在作者自己的82个病人队列有生存意义
64840编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
肿瘤外显子结合全基因组结合看鼻咽癌的突变激活通路
肿瘤外显子这个技术随着TCGA大计划的名声鹊起，基本上它已经很快就被应用于各个癌症队列，鼻咽癌虽然小众，但是也有了两个队列，详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 各种分组比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱，同样的也纳入了在它前面发表的两个鼻咽癌肿瘤外显子队列 ： 比较肿瘤突变负荷，以及肿瘤突变频谱 可以看到： 肿瘤突变负荷较高的鼻咽癌病人生存会比较差 NPC 但是文章在附件给出来了全部的病人的somatic突变详情，可以看到： 肿瘤突变全景图 显著突变的通路 仍然是跟前面的研究类似，聚焦于通路层面来探讨： Recurrent mutations in PI3K /MAPK pathway activators or regulators (PIK3CA, PTEN, ERBB3, BRAF1, NF1, FGFR2, FGFR3) and chromatin 2016,PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 如下所示的 PI3K/MAPK 和 chromatin modifying 通路： PI3K/MAPK 和 chromatin
63130编辑于 2022-07-26 - 来自专栏用户7627119的专栏
Cell research | 单细胞测序技术高逼格研究思路
[Fig3] Fig3. 鼻咽癌免疫微环境的单细胞表达图谱及细胞类型注释 2.恶性细胞瘤内转录异质性特征识别 恶性细胞的聚类分群显示出肿瘤间异质性。 细胞周期特征预测鼻咽癌生存 3.NR1H3和TFEC促进单核细胞衍生的巨噬细胞的分化和成熟并与NPC患者预后改善之间存在关联 作者将髓系细胞分为了6个亚群，DC1表达了许多传统1型DCs (cDC1)的经典标记 [Fig6] Fig6.NR1H3和TFEC促进单核细胞衍生的巨噬细胞的分化和成熟 4.T/NK细胞表型提示鼻咽癌中有调节抗肿瘤免疫反应的调节因子 同样的分析步骤在T/NK细胞中进行，在这里，有趣的是 ，T细胞中耗竭性的标记基因LAG3和HAVCR2与细胞毒性标记物的表达高度相关，LAG-3 +和HAVCR2 + CD8 + T在细胞瘤内显著高表达，且代表好的生存。 在巨噬细胞，DC1，DC2和DC3中，尤其是在巨噬细胞和DC3中，检测到趋化因子高表达，表明它们在募集各种类型的免疫细胞中起重要作用。
1.5K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列
鼻咽癌主要是在中国南方以及东南亚地区，所以香港大学团队做这方面科研探索是情理之中。 本次研究纳入了NPC患者的原位肿瘤和转移瘤样品： 51 primary tumors （肿瘤外显子） 8 recurrent tumors, 3 of which had matching lymph 不同注释软件的比较（下）：可视化比较maf文件 文章的《肿瘤外显子》数据分析策略其实比较旧了，毕竟是2016年发表的，如下所示： 数据分析策略 肿瘤somatic突变全景图 文章最重要的图就是显示鼻咽癌在 infection, viral carcinogenesis, the canonical NF-κB pathway 其中 NF-κB pathway-negative regulators, 是最显著的，包括3个基因 ： NFKBIA, CYLD lysine 63 deubiquitinase (CYLD), TNF alpha-induced protein 3 (TNFAIP3).
41040编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
基于肿瘤外显子数据看复发鼻咽癌的特异性突变
早期的鼻咽癌肿瘤外显子队列已经是揭示了一系列导致 NPC 发展的遗传因素和遗传畸变，包括 NF-κB 途径激活突变，染色质修饰相关突变，ERBB-PI3K 信号激活突变，详见： 2014，Nature 如果做第一人当然简单，第2,3,4也可以尽可能的加入一些小创新。 重点通路仍然是PI3K-AKT 和 NF-kB 前面我们提到了 早期的鼻咽癌肿瘤外显子队列已经是揭示了一系列导致 NPC 发展的遗传因素和遗传畸变，包括 NF-κB 途径激活突变，染色质修饰相关突变， ERBB-PI3K 信号激活突变，详见： 2014，Nature GeNetics杂志的，新加坡的鼻咽癌肿瘤外显子队列 2016, PNAS杂志的，香港大学的鼻咽癌肿瘤外显子队列 所以，本文也会把这样的重点通路 PI3K-AKT 和 NF-kB 单独拧出来讨论： 重点通路仍然是PI3K-AKT 和 NF-kB 临床预后意义 上面展现了两个通路，而且有原发肿瘤和复发性癌症两个队列，所以可以做4次生存分析
73620编辑于 2022-07-26 - 来自专栏生信技能树
鼻咽癌患者肿瘤部位和外周血的单细胞组成差异
"percent_hb") p2=VlnPlot(sce.all, group.by = "orig.ident", features = feats, pt.size = 0.01, ncol = 3, scale_y_continuous(breaks=seq(0, 100, 5)) + NoLegend() ggsave(filename="Vlnplot2.pdf",plot=p2) p3= nFeature_RNA > 300) selected_f <- rownames(sce.all)[Matrix::rowSums(sce.all@assays$RNA@counts>0) > 3] ', 'CD3E','CD4', 'CD8A','FOXP3','KLRD1', ## Tcells 'CD19', 'CD79A', 'MS4A1' , # B 确实是非常感谢大家对我们的《生信技能树》的支持，希望这个栏目能在3个月内更新完毕（2021-5到8月），敬请期待哦！
1.2K40发布于 2021-04-29 - 来自专栏AI掘金志
Live 回顾 | 柏视医疗创始人：从 AI 入手，如何解决鼻咽癌放疗靶区勾画的临床痛点？
1月9日，2019年首场【大咖Live】第 31 期AI医疗·放疗靶区勾画专场首期，雷锋网AI掘金志邀请到柏视医疗创始人陆遥博士详细解析“鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用”。 鼻咽癌放疗靶区勾画背景情况、鼻咽癌的定义及2018年全球及中国鼻炎癌发病率情况； 目前主要的治疗手段、放疗中靶区的定义，以及柏视在鼻咽癌放疗靶区勾画方面的技术方案（GTV分割和CTV预测）； 基于小样本的 以下为本场分享部分PPT： 会员问答 为更深入的解决听众在鼻咽癌放疗临床靶区勾画技术与应用方面的困惑，「Live」在分享结束后开设问答环节，陆遥博士对雷锋网旗下会员组织「AI投研邦」会员疑问进行了一一解答 中山大学学生：除了鼻咽癌，还有哪些癌症的AI放疗靶区勾画是发展前景比较好的？ 陆遥：除了鼻咽癌，放疗科肿瘤的AI放疗靶区勾画均是发展前景，例如肺、乳腺、结直肠、宫颈、前列腺，目前放疗科的应用越来越多了。在癌症中，鼻咽癌是技术难度最高的，因其在头颈部位，解剖结构也最复杂。
72320发布于 2019-08-29 文献分享--单细胞与空间转录组学揭示复发性鼻咽癌中放疗抵抗及免疫逃逸的机制
放疗抵抗是 NPC 局部复发的主要原因放疗是鼻咽癌最核心的治疗手段。然而，在 NPC 患者中，约 10%–20% 的患者在接受根治性放疗后仍出现局部复发，且复发性鼻咽癌（rNPC）患者的生存结局较差。 结果3、MCAM+ mCAFs促进复发鼻咽癌（rNPC）细胞的放射抗性肿瘤微环境（TME）也可能促进rNPC恶性细胞放射抗性的发展。 配体-受体分析表明，恶性细胞与MCAM+ mCAFs通过COL4A1/2–ITGA2_ITGB1和COL4A1/2–ITGA3_ITGB1轴增强互作，空间通讯推断同样支持该结果。 多组织免疫组化（IHC）显示，ITGA2（而非ITGA3）定位于NPC细胞表面，而IV型胶原分布于肿瘤细胞周围。抑制PI3K-AKT通路可显著削弱MCAM+ mCAFs的促瘤作用。 ，间质细胞中COL4A1的表达与多种癌症的免疫抑制性肿瘤微环境（TME）相关结果7、ZNF683+ CD8+ T细胞在复发鼻咽癌（rNPC）中呈现弱细胞毒性特征对原发（PT）与复发（RT）鼻咽癌的肿瘤微环境
39720编辑于 2025-08-19- 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组学揭示了与鼻咽癌预后相关的免疫细胞多样性及免疫亚型的调控因子
associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma 期刊：Cell Research (IF:48) 发表时间：2020 单位：中山大学 组织类型：鼻咽癌 acc=GSE150430 背景知识 鼻咽癌是一种恶性肿瘤，通常发生在鼻咽部位，也称为喉鼻咽癌。这种癌症通常起源于鼻咽部的黏膜上皮细胞，并可能扩散至其他部位，如颈部淋巴结、肺部和骨骼等。 样本信息 15个原发鼻咽癌样本，1个正常样本 大群注释 主图： b: 利用经典的marker，对大群进行注释。从tsne图可以推断，没有去除样本间的批次效应。 BACH1/ RUNX1 NR1H3 /TFEC T/NK分群，注释 对T/NK进行降维聚类，用Naive markers, inhibitory receptors, cytokines & h: 免疫检查点HAVCR2 (TIM3) 共表达的基因，top20中，有很多都是 杀伤相关基因 i: SCENIC分子，用使用验证了 EOMES, RUNX3, XBP1 转录因子在T NK中的作用。
66110编辑于 2023-12-04 【免疫笔记】肿瘤特异性 T 细胞免疫治疗：技术发展与临床应用
四、临床应用：鼻咽癌早诊新指标 “T-score” 通过上述技术筛选出鼻咽癌特异性 TCR，建成 “鼻咽癌 TCR 库”（对应的 T 细胞具有强肿瘤杀伤能力）；基于这些 TCR 的特征图谱，构建早诊指标 “T-score”： 检测方式：外周血 TCR 测序； 优势：比现有方法提前发现鼻咽癌，为早诊提供新策略
42110编辑于 2025-12-24- 来自专栏科研菌
血液标志物预后模型这样能发8+分！
作者利用液体活检技术对鼻咽癌患者与健康人的血浆蛋白进行了测定和对比，筛选出了与肿瘤转移相关的蛋白signature，并证明其可用于诱导化疗获益的预测。 (图3A)。 另外，时间依赖性的ROC曲线也表明PSDM在较长时期的AUC值都较高且相对平稳(图3B)。 作者还将PSDM与一般被认为是NPC预后标志的N分期以及EBV DNA负荷在预后预测方面进行了对比，结果依然是PSDM的表现最佳(图3C，D)。 ? 图3A，B.PSDM和多个蛋白对患者预后的预测性能对比;图3C，D.PSDM与N分期以及EBV DNA负荷对患者预后的预测性能对比 4.基于EBV DNA水平的分层分析 目前已有大量证据证实
58510发布于 2020-12-22 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
【LncRNA+X】2020国自然研究热点中标摘要参考
在胃癌细胞株中沉默Hxxxxx，细胞增殖和迁移能力明显抑制，自噬负调控信号mTOR下调、自噬相关基因ATGxx、ATxxxB上调，自噬标志分子LxxxI增加、Pxx减少，表明沉默Hxxxxx自噬被诱导；应用3- LncRNA+免疫治疗-3* 肿瘤相关巨噬细胞（Tumor associated macrophage，TAMs）极化在胃癌免疫微环境及肿瘤发生、发展过程中具有重要的调控作用。 然而，lncRNA在鼻咽癌转移和铁死亡中的作用目前仍很不清楚。 我们将利用鼻咽癌靶向的新型小环载体系统，特异性表达shRNA，以下调LncRNA-Rxxxx，进而抑制鼻咽癌转移、促进铁死亡。 本项目将阐明LncRNA-Rxxxx / Cxxxx / Hxxxx1轴调控鼻咽癌转移和铁死亡的作用和机制，为鼻咽癌的治疗提供新的候选药物。
44610编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
药物处理细胞系前后转录组数据该如何分析出花来？
鼻咽癌细胞系 Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is one of the most highly invasive and metastatic head and neck 既然已经是十年前的策略了，并没有什么新意，值得一提的反而是鼻咽癌领域的研究，因为这个癌症好发于中国大陆的两广地区，所以国内外研究鼻咽癌的实验室并不多！ (MATS)软件列出5种可变剪切，分别是skipped exon (SE)外显子跳跃，alternative 5′ splice site (A5SS)第一个外显子可变剪切，alternative 3′ splice site (A3SS)最后一个外显子可变剪切，mutually exclusive exons (MXE)外显子选择性跳跃和 retained intron (RI)内含子滞留。 /5’ splice sites (A3SS, A5SS) Mutually exclusive exons (MXE) Tandem 3’ UTRs (TandemUTR) Retained introns
1.6K30发布于 2020-06-09 - 来自专栏最新医学影像技术
SegRap 2023——用于放疗计划的高危器官和肿瘤的分割
在这个挑战中，提供鼻咽癌 (NPC) 患者的 CT 扫描数据集，其中分割目标将包括 OAR、鼻咽总目标体积 (GTVnx) 和淋巴结总目标体积 (GTVnd) . 该数据集由鼻咽癌患者治疗前临床所需的对比和非对比头颈部 CT 图像组成。 验证和测试数据将包括分别来自 20 名和 60 名鼻咽癌患者的 CT 图像。 分割指标：骰子相似系数 (DSC) 和归一化表面骰子 (NSD)。 3、搭建VNet3d网络，使用AdamW优化器，学习率是0.001，batchsize是1，epoch是600，损失函数采用多分类的dice和交叉熵。 3、搭建VNet3d网络，使用AdamW优化器，学习率是0.001，batchsize是1，epoch是300，损失函数采用二值化的dice和交叉熵。
54130编辑于 2023-08-17 - 来自专栏分析工具
CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(Anaconda/Aspera/Edge turbo）
目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据 如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh# 设置执行权限chmod +x Anaconda3-2024.10 /Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh# 添加环境变量source ~/.bashrc# 设置国内的镜像源(北师大/清华/西湖 自选）conda config --add edgeturbo psedgeturbo# 设置本地下载目录edgeturbo set /home/lnjoying/mydownload# 查看帮助edgeturbo help开始下载突然发现这个鼻咽癌的数据集没有
1.4K00编辑于 2024-11-25 AbMole丨AZD8055：mTOR抑制剂及其在动物实验中的研究应用
AZD8055在鼻咽癌CNE1与CNE2细胞中的IC50分别为60与100 nM，该浓度下可延长G2/M期阻滞并促进细胞凋亡与自噬[2]；AZD8055在膀胱癌T24、UMUC3、5637、J82四种细胞系中抑制细胞增殖 动物实验方面，AZD8055（CAS No.：1009298-09-2）在BALB/c nude小鼠鼻咽癌异种移植模型中，以5、10、20 mg/kg/d的剂量显著增强了小鼠体内肿瘤对放射的敏感性，诱导肿瘤组织凋亡与自噬 AZD8055与ABT263（一种BH3模拟物）联合使用可以显著抑制TNBC细胞（如MDA-MB-231、MDA-MB-157和MDA-MB-468）的活力。 Heliyon 2023, 9 (3), e14272.[4] Xu, D. Q.; Toyoda, H.; Yuan, X. J.; et al. Anticancer research 2018, 38 (3), 1445-1454.[6] Ni, Z.; Xu, S.; Yu, Z.; et al.
12210编辑于 2026-03-13- 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞测序在肿瘤研究中的新进展，文献集锦
此外，5个基因(BGN、RCN3、TAGLN、MYL9和TPM2)被确定为结直肠癌预后较差的成纤维细胞特异性生物标志物。该研究为CRC中TME间质细胞的普遍基因组改变提供了证据和功能相关性。 单细胞测序技术在鼻咽癌肿瘤研究中的应用 题目：Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific 然而，基于大体积RNA测序的最新进展仍不足以构建鼻咽癌浸润基质细胞的深入图景。该研究对14名患者的66627个细胞进行单细胞RNA测序，并结合T细胞和B细胞克隆型鉴定。 作者的这些研究数据有助于人们理解鼻咽癌患者的基质景观和免疫动力学，并为TME中预后生物标志物和治疗靶点的开发提供了更深入的认识。 重要的是，TIGIT阻断增强了CD3+T细胞和高比例TIGIT+细胞对骨肉瘤的细胞毒性作用。作者的这些研究结果提供了单细胞图谱，探索了肿瘤内的异质性，并为骨肉瘤治疗提供了潜在的治疗靶点。
1.3K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏作图丫
分子特征筛选发18+？怎么做到的？
pLELC的总体非同义突变率明显低于LUSC（图3a）。 在8个pLELC样品中均发现了较强的C>T过渡富集(图3b)。 ）（图3b，c)。 虽然pLELC和鼻咽癌的癌变都与EBV感染有关，但作者发现pLELC的体细胞突变与EBV+-鼻咽癌有显著不同(图3e)。 CNV的缺失在pLELCs中被广泛观察到(图3g)，CNV损失最显著的是发生在3p24.1、5q12.3、11q24.3和14q11.2（图3h)。结果表明，CNV缺失可能是pLELC癌变的基础。 2个BARTs(BART5-3P和BART20-3P)频繁上调，其余3个(BART10-5P、BART20-5P和BART11-3P)的变化相对较小（图 4d)。
48140编辑于 2022-03-29
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