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靶向测序的CNV分析简介
目的区域靶向测序更加的经济高效，可以实现500到1000X， 甚至更高的测序深度，有助于发现罕见变异，挖掘疾病相关基因，在临床研究中应用广泛。 目前通过靶向测序挖掘CNV的相关工具相对而言比较少，一篇发表在ScienceDirect上的文章对相关工具进行了测评，文章链接如下 https://www.sciencedirect.com/science WES也算是靶向测序的一种，所以针对WES的工具也一起进行了测评，最终进行测评的工具列表如下 ExomeCNV ExomeCopy CONTRA ExomeDepth CONIFER CANOES CODEX 考虑到每个软件都有自己的限制，综合多款软件的结果来进行分析，不用个数的最佳软件组合汇总如下 ? 对于靶向测序而言，其测序深度分布的影响因素过多，很难有一个最佳的模型可以校正系统误差，所以采用对照样本的方式是比较主流的算法。
2.2K31发布于 2019-12-19 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
靶向分析流程(Pipeline)中的数据质控
# 本文是对靶向测序Pipeline中数据质控的升级，顺便做一个记录## 此前Pipeline中数据质控来源于几个软件：- fastp： ```bash fastp -w ${threads ]') print(''' 根据fastp,bamdst,gatk CollectInsertSizeMetrics(picard) 输出质控分析结果文件 t输出处理结果文件') print('--sample-fastp=\t\tfastp 处理后的输出文件') print('--sample-bamdst=\tbamdst分析
98900编辑于 2022-09-24 - 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示结肠癌髓系靶向治疗机制
定义了相当数量的髓系细胞在小鼠肿瘤里，保证捕获他们对髓系靶向，免疫治疗的反应。 我们之所以可以发展出髓系靶向治疗有关的策略是依赖于我们对肿瘤中髓系细胞异质性的综合理解，以及在肿瘤微环境中这些治疗对免疫细胞功能的影响。 考虑到高spp1 +和低c1qc +TAM标记的患者预后不良，我们的研究结果表明，spp1 +TAMs的特异性缺失可能最终导致骨髓靶向免疫治疗或增强联合ICB治疗的改善。 重要的是，CD40激动剂治疗显著增加了mc38肿瘤中ccl22 +cDC1细胞的频率，而对其他骨髓亚群没有显著影响，这表明CD40激动剂优先靶向这些活化的dc以促进抗肿瘤免疫反应。 靶向细胞缺失研究将有助于进一步明确肿瘤内细胞相互作用(包括40激动剂介导的反应)的精确作用。
1.8K11发布于 2020-12-11 - 来自专栏用户7627119的专栏
miRNA 靶向预测软件targetscan
01 Targetscan靶向预测思想 TargetScan 基于序列互补原则，找到比对到靶 3'UTR 的保守性 8 mer、7 mer 或 6 mer 位点（seed match 序列），进一步根据热力学稳定性筛选得到
6.7K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏单细胞天地
CeleScope 教程 || FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变数据分析
当您打开这个文档，说明您已经获得单细胞肺癌靶向分析数据，开启了单细胞数据分析之旅。在您正式使用CeleScope分析新格元单细胞数据之前，我们希望向您介绍celescope软件的一些基本过程。 您可以快速阅读文档，并在您的服务器上完成FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测的下机数据到肺癌靶向基因的单细胞表达量信息分析。 二、原理 采用独特性的分子标签磁珠设计，在寡核苷酸序列上加入了靶向目标位点区域3’端的特异性探针，继而实现对目标区域信息的高效获取，同时通过特异性引物进行多重PCR扩增富集，进一步提高对目标区域进行的测序分析 单细胞肺癌靶向基因突变检测研究在实验过程中会构建一个转录组文库和肺癌靶基因序列富集，因此数据分析也分为两个环节： (1) 单细胞转录组分析 (2) 肺癌靶基因序列富集 本篇文章内只介绍单细胞肺癌靶基因序列富集 质控报告的样本和软件的基本信息 数据质控信息 基因组比对信息 细胞与基因定量情况 靶向基因的突变信息 好啦，以上就是一个完整的新格元单细胞肺癌靶向基因突变检测分析过程，接下来就可以进行肺癌基因突变的分析啦
1K40编辑于 2022-06-13 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）继续开始代谢组学的学习路程，昨天晚上看了B站联川生物出的解读非靶向代谢组学的生信报告，讲的很好。 里面一些代谢组学和和其他组学联合分析的思路对我的启发挺大，这里记录下，只是宏观的描述视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV16R4y157A5/? spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=7e83cb2510516bdff59ccf808d022aa01.非靶向代谢组学和转录组最为常见的是与转录组联合分析 ，通过KEGG通路进行差异基因和差异代谢物的关联与chatGPT的对话2.非靶向代谢组学和蛋白组类似于和转录组的联合分析与chatGPT的对话3.非靶向代谢组学和微生物非靶向代谢组学和微生物联合分析也是非常常见的多组学联合分析
91912编辑于 2025-04-03 - 来自专栏生命科学
靶向 TGF-β 信号通路 | MedChemExpress
小 M 之前在《靶向肿瘤微环境》中提到，TME 由多种类型的基质细胞 (如成纤维细胞、淋巴细胞、巨噬细胞)、免疫细胞 (如 T/B 细胞) 和细胞外成分 (如细胞外基质 ECM) 组成。 ■ 靶向 TGF-β 通路 TGF-β 是一种普遍存在的多功能细胞因子，被认为是肿瘤发生发展的核心途径。因此，TGF-β 是一个非常理想的靶标。 此外，除了直接靶向 TGF-β 及其受体之外，还有间接控制 TGF-β 信号通路的方法，如靶向 miRNA、lncRNA，靶向去泛素化酶 (DUB)、干扰细胞内蛋白质-蛋白质相互作用。 小 M 相信随着技术的日益发展，如 PROTAC 等技术都将为靶向 TGF-β 信号通路提供更多的机会！ 图 7. 靶向 TGFβ 信号传导[1 相关产品 LY2109761 具有口服活性，选择性的 TGF-β I/II 型受体双抑制剂，Ki 分别为 38 nM 和 300 nM。
95120编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
靶向 EGFR 的 PROTAC 盘点 - MedChemExperss
目前靶向 EGFR 的 PROTAC 由于体内药效学和药代动力学数据的缺乏而未能进入临床试验，但同样是抗癌药物的 ARV-110 和 ARV-471 等 PROTAC 分子的临床研究也为这种治疗方法的开发带来曙光 下面，就让我们按照时间顺序盘点一下目前为止具有不错研究价值的靶向 EGFR 的 PROTAC 分子。 PROTAC EGFR degrader 4PROTAC EGFR degrader 4 是一种有效的 PROTAC 靶向突变 EGFR。
61820编辑于 2023-01-03 - 来自专栏生命科学
MCE | Hippo 途径与靶向策略
因此，靶向 Hippo 途径极具吸引力。 1、靶向 YAP/TAZ-TEAD 复合物 由于 YAP 和 TAZ 特殊的结构性质，直接靶向 YAP/TAZ 蛋白并不容易。 2、靶向核心激酶 靶向 MST1 和 MST2 的抑制剂如 XMU-MP-1，以及阻止 MST/LATS 磷酸化的抑制剂 C19 (EMT inhibitor-1)等。 3、靶向上游信号 上面列出了 Hippo 途径受到多重上游信号的激活，因此也可以靶向上游分子。 如靶向细胞表面受体 (如 GPCRs、EGFR)，靶向细胞内激酶(如 PI3K、MEK)，肌动蛋白(Actin)调节以及能量应激调节。 4、靶向由 YAP/TAZ 调控的致癌蛋白 可通过靶向下游转录靶标如 BCL-xL、FOXM1、TG2 和 COX-2，对抗 YAP/TAZ 介导的致癌性。
69720编辑于 2023-03-16 - 来自专栏生命科学
PROTAC 技术靶向降解 BTK | MedChemExpress
PROTAC（Proteolysis-targeting chimera）是新兴的利用化合物降解靶向蛋白的方法 [2]。 近期，有两组科学家都利用 PROTAC 技术研制出了可以靶向降解 BTK 激酶的化合物，他们的研究成果分别发表在国际 TOP 期刊 PANS [4]和 Cell Research [5]。 他们设计的靶向降解 BTK 的 PROTAC 分子结构如图 2 所示，该 PROTAC 由结合 BTK 的配体、连接子（linker）和结合 CRBN（cereblon，E3 连接酶的重要组分，介导 E3 PROTAC 利用细胞自身的蛋白质降解机制-泛素化蛋白酶体途径来靶向降解特定的蛋白，除了上述两组科学家发表的成果，目前还在诸多其他蛋白（如BET、ER、AR等）的降解中取得了进展。 此外，PROTAC 技术可以很好地解决很多不可成药（undruggable）的靶点如转录因子等的靶向降解问题，在以后的靶向治疗中将会发挥重要作用。 参考文献 [1] Davis, R.
41920编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信开发者
靶向测序的终极解决方案
测序仪层面的捕获，大概是基于kmer分析的思路吧，如果测到的是感兴趣的序列就保留，不是感兴趣的，就从纳米孔退出去。生物信息实时计算 与 纳米技术 仪器芯片设计的高度融合。 真是靶向测序的终极解决方案啊，液相杂交捕获，多重PCR，CRISPR-cas9捕获都失去意义了
29020发布于 2021-02-02 - 来自专栏单细胞天地
单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征
1.一名病人和5名志愿者的皮肤活检组织 2.同这例病人的外周血(PBMCs ) 数据分析 1 皮肤组织的单细胞分析 在进行无监督聚类和 t-SNEt分析(图1b和扩展数据图1a)之后，通过已确定的marker 图 1 为了了解淋巴细胞簇内转录变化的生物学意义，我们使用非监督聚类分析得到的DEGs进行途径富集分析。 虽然在HHV6b感染中使用的是膦甲酸、西多福韦和更昔洛韦，但这些药物都没有选择性地靶向HHV6b，考虑到环孢素引起的潜在肾脏功能障碍，这两种药物都与肾毒性有关。因此，JAK抑制是唯一可行的选择。 在scRNA-seq分析时单核细胞的减少(图3d)是短暂的，不太可能与tofacitinib直接相关。 1 实验数据分析 研究者们分析的慢性阶段可能并不反映早期的DiHS/DRESS事件。 为了测试靶向病毒是否会对T细胞增殖产生影响，在LTT中对更昔洛韦和青蒿琥酯进行了测试。青蒿琥酯是一种具有抗hhv6活性的抗疟药。
1.1K30发布于 2020-04-27 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第3部分，直接接着第1、2部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）6.代谢组学KEGG背景基因集构建我想使用“clusterprofiler 以小鼠物种为例，人类物种遇到了再处理吧，累了累了这段代码可以用于构建本地 KEGG 代谢通路信息数据库（小鼠 物种），适合用于本地化富集分析或绘图使用。 你所用的 massdatabase 包配合 metpath 或metID 系列分析流程是目前 代谢组富集分析推荐做法之一library(massdatabase) download_kegg_pathway KEGG富集分析K_C = inf$`KEGG Compound ID`[inf$Metabolite%in%rownames(deg1[deg1$Change!
1.9K14编辑于 2025-07-04 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。 biocolor = c('#5a8dda', "#ECB884", '#e81a1d')dataMatrix：即整理成行名为代谢物，列为各样本表达3.PCA、PLS-DA和OPLS-DAPCA 主成分分析函数 OGD_R.png')即每种分析各出3张图，即总体分组、AB组、BC组
3.1K34编辑于 2025-06-30 - 来自专栏生命科学
MCE | LYTAC 与靶向蛋白降解技术
溶酶体靶向嵌合体 (LYTAC)近日，来自斯坦福大学 Bertozzi 教授的研究团队在 Nature上报道了一项靶向胞外蛋白的降解技术——溶酶体靶向嵌合体(LYTAC)。 3、不仅具有靶向“不可成药”蛋白的潜力，并且能够在低浓度下有效诱导蛋白质降解。PROTAC 还能靶向突变蛋白，克服小分子抑制剂耐药性的问题。 ■自噬介导的靶向蛋白质降解 (AUTAC)：自噬靶向嵌合体(AUTAC)，顾名思义，是一种利用自噬机制的降解剂，能够降解目标蛋白以及受损的细胞器，例如受损的线粒体。 结语靶向蛋白降解技术的前途十分光明。 但毫无疑问，靶向蛋白降解技术填补了靶向“不可药物”蛋白的空白，并提供了基于药物化学的新的治疗途径。
85120编辑于 2023-03-16 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第2部分，直接接着第1部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）4 差异代谢物分析使用limma包对疾病模型与正常组，治疗组与模型组的代谢物进行差异分析DEG_limma(. 差异分析函数，对代谢物表达矩阵进行 差异表达分析 + 火山图绘制 + VIP筛选# 加载所需包library(ggplot2)library(rlang)library(limma)# 定义差异分析函数 output_path, 'Volcano_Plot_deg_', t, '.png'), width = 7.4, height = 6.2) return(deg)}# ========== 差异分析调用 # 原列名为 "Gene" values_to = "Abundance" # 表达值为 "Abundance" )# 加载 ggpubr 包，用于绘制箱线图并添加统计分析
2.8K13编辑于 2025-06-30 - 来自专栏生命科学
靶向抗体偶联药物 (ADC)——抗肿瘤 | MedChemExpress
细胞毒性药物的靶向递送，可以增加药物到达肿瘤细胞的百分比，从而降低了最小有效剂量，提高了最大耐受剂量。 总结： ADC 作为一种新型靶向的抗癌药物，拥有巨大的市场前景和发展空间。 MCE 能够提供 ADC 相关产品的设计、合成、分析、纯化、优化、检测和评估等一站式服务。 Antibody-drug Conjugate (ADC) Trastuzumab emtansine 是一种抗体偶联药物 (ADC)，其结合了 HER2 靶向的曲妥珠单抗的抗肿瘤特性以及微管抑制剂 DM1
1.2K20编辑于 2023-03-07 - 来自专栏生命科学
MCE 全新 ROS 探针，精准靶向特定 ROS
MCE 全新 ROS 探针全球首发，精准靶向特定 ROS，可以真正实现对特定 ROS 的特异性定性定量，高选择性、高灵敏度地检测 O2•−、 H2O2、HOCl、•OH 及 ONOO−。 HKSOX-1m (HY-D1156) 则可特异性靶向线粒体，用于监测线粒体内 O2•−。 HKOCl-4m (HY-D1158) 特异靶向线粒体，可用于监测线粒体内 HOCl。
88920编辑于 2023-03-22 KRAS突变异质性对靶向治疗的影响及G13D靶向新策略
一、KRAS突变在结直肠癌靶向治疗中的复杂作用结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤，表皮生长因子受体（EGFR）的过表达是其关键驱动因素之一。 针对EGFR的单克隆抗体西妥昔单抗是晚期结直肠癌的重要靶向治疗药物。然而，临床实践表明，约40%的患者对该药物原发耐药，其核心机制与下游KRAS基因的激活突变密切相关。 1.计算模型预测：研究人员构建了涵盖RAS信号通路的数学模型，模拟并分析了不同KRAS突变体对信号网络的扰动。模型预测，KRAS突变体与NF1的相互作用强度是影响其对EGFR依赖性的关键变量。 该项研究不仅解释了KRASG13D的独特临床表型，也强调了基于特定突变亚型进行精细化分层的必要性，为优化结直肠癌靶向治疗策略提供了科学依据。 三、靶向KRASG13D的创新路径：PROTAC蛋白降解策略尽管对西妥昔单抗敏感，但KRASG13D作为明确的致癌驱动突变，其直接靶向清除仍具有重要治疗价值。
11410编辑于 2026-01-23- 来自专栏纳米药物前沿
近红外荧光纳米平台用于胶质母细胞瘤术中靶向切除和化疗靶向递送
尽管在改善多形性胶质母细胞瘤(GBM)治疗方面做出了许多努力，但GBM仍然是最致命的癌症之一。有效的基底膜治疗需要灵敏的术中肿瘤显示和有效的术后化疗。不幸的是，基底膜的弥漫性和浸润性限制了基底膜肿瘤的发现，而目前的术中可视化方法限制了肿瘤的完全切除。此外，虽然化疗经常被用来清除手术后残留的癌症组织，但大多数化疗药物并不能有效地穿越血脑屏障并进入GBM肿瘤。因此，GBM的治疗选择性有限，复发率高，需要在手术和治疗过程中提高其完全可视性的方法。
41610发布于 2021-02-04
腾讯云开发者
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