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靶向测序的CNV分析简介
目的区域靶向测序更加的经济高效，可以实现500到1000X， 甚至更高的测序深度，有助于发现罕见变异，挖掘疾病相关基因，在临床研究中应用广泛。 目前通过靶向测序挖掘CNV的相关工具相对而言比较少，一篇发表在ScienceDirect上的文章对相关工具进行了测评，文章链接如下 https://www.sciencedirect.com/science WES也算是靶向测序的一种，所以针对WES的工具也一起进行了测评，最终进行测评的工具列表如下 ExomeCNV ExomeCopy CONTRA ExomeDepth CONIFER CANOES CODEX 考虑到每个软件都有自己的限制，综合多款软件的结果来进行分析，不用个数的最佳软件组合汇总如下 ? 对于靶向测序而言，其测序深度分布的影响因素过多，很难有一个最佳的模型可以校正系统误差，所以采用对照样本的方式是比较主流的算法。
2.2K31发布于 2019-12-19 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）继续开始代谢组学的学习路程，昨天晚上看了B站联川生物出的解读非靶向代谢组学的生信报告，讲的很好。 里面一些代谢组学和和其他组学联合分析的思路对我的启发挺大，这里记录下，只是宏观的描述视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV16R4y157A5/? spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=7e83cb2510516bdff59ccf808d022aa01.非靶向代谢组学和转录组最为常见的是与转录组联合分析 ，通过KEGG通路进行差异基因和差异代谢物的关联与chatGPT的对话2.非靶向代谢组学和蛋白组类似于和转录组的联合分析与chatGPT的对话3.非靶向代谢组学和微生物非靶向代谢组学和微生物联合分析也是非常常见的多组学联合分析
96512编辑于 2025-04-03 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
靶向分析流程(Pipeline)中的数据质控
# 本文是对靶向测序Pipeline中数据质控的升级，顺便做一个记录## 此前Pipeline中数据质控来源于几个软件：- fastp： ```bash fastp -w ${threads } \ -i ${data}/${pn}/${sn}_S*_R1_*.fastq.gz \ -I ${data}/${pn}/${sn}_S*_R2_*.fastq.gz \ [Total] Read2(rmdup) // Mate reads after remove duplications. ]') print(''' 根据fastp,bamdst,gatk CollectInsertSizeMetrics(picard) 输出质控分析结果文件 t输出处理结果文件') print('--sample-fastp=\t\tfastp 处理后的输出文件') print('--sample-bamdst=\tbamdst分析
1K00编辑于 2022-09-24 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第2部分，直接接着第1部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）4 差异代谢物分析使用limma包对疾病模型与正常组，治疗组与模型组的代谢物进行差异分析DEG_limma(. 差异分析函数，对代谢物表达矩阵进行 差异表达分析 + 火山图绘制 + VIP筛选# 加载所需包library(ggplot2)library(rlang)library(limma)# 定义差异分析函数 = 2choose_matrix[choose_matrix < -2] = -2# 绘制热图pheatmap(choose_matrix, filename = "data/3_metabolomics # 原列名为 "Gene" values_to = "Abundance" # 表达值为 "Abundance" )# 加载 ggpubr 包，用于绘制箱线图并添加统计分析
3.1K13编辑于 2025-06-30 IL-2IL-2R信号通路：免疫平衡的双重调控与靶向药物开发
一、IL-2/IL-2R信号通路的结构与功能复杂性白细胞介素-2是一种在免疫调控中发挥核心作用的细胞因子。其生物学效应的实现依赖于与细胞表面白细胞介素-2受体的精确结合。 IL-2R由三个亚基以不同组合方式构成，其结合亲和力与信号特异性因此呈现高度多样性：1.高亲和力三聚体受体：该复合物由IL-2Rα、IL-2Rβ和共同γ链组成。 IL-2首先与高表达的IL-2Rα亚基结合，随后招募IL-2Rβ和γc链，形成稳定的信号转导复合体。这种受体主要表达于活化的T细胞及调节性T细胞上，与IL-2的亲和力极高。 2.中亲和力二聚体受体：由IL-2Rβ和γc链组成，主要表达于自然杀伤细胞、静息T细胞等。IL-2可直接与该受体结合，但亲和力较低。 三、工程化IL-2策略：实现细胞选择性激活为克服天然IL-2的局限，研究者们发展出多种工程化策略。其中，通过突变改变IL-2与IL-2Rα亚基的结合亲和力是关键方向之一。
18210编辑于 2026-01-21- 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示结肠癌髓系靶向治疗机制
定义了相当数量的髓系细胞在小鼠肿瘤里，保证捕获他们对髓系靶向，免疫治疗的反应。 我们之所以可以发展出髓系靶向治疗有关的策略是依赖于我们对肿瘤中髓系细胞异质性的综合理解，以及在肿瘤微环境中这些治疗对免疫细胞功能的影响。 总的来说， 这个SMART-Seq2平台会捕获更多的基因数，允许对调控的pathways有一个更有深度的分析， 10X平台可以很有效的得到更多的种群。 治疗后不同时间点的scRNA-seq数据分析显示，抗cd40激活剂介导的ccl22 +cDC1细胞频率增强，而其他dc亚群在治疗后第2天或减少或不变(图5F)。 靶向细胞缺失研究将有助于进一步明确肿瘤内细胞相互作用(包括40激动剂介导的反应)的精确作用。
1.8K11发布于 2020-12-11 - 来自专栏用户7627119的专栏
miRNA 靶向预测软件targetscan
01 Targetscan靶向预测思想 TargetScan 基于序列互补原则，找到比对到靶 3'UTR 的保守性 8 mer、7 mer 或 6 mer 位点（seed match 序列），进一步根据热力学稳定性筛选得到 seed 序列配对主要考虑三种类型：7 mer-1a(miRNA 的第 2-7nt 与靶基因互补配对, 而且 UTR 上与 miRNA 1nt 互补配对的位置是 A）；7 mer-m8 (miRNA 2 -8nt 与靶基因完全配对)；8 mer (miRNA 2-8nt 与靶基因完 全配对,而且 UTR 上与miRNA 1nt 互补配对的位置是 A)。 step 2、将上述文件转换为 targetscan 预测需要的格式。 格式 2：包含三列，分别是：miRBase 的 ID、成熟的 miRNA 的第一到第七位的序列、物种 ID。 ? ? ?
6.7K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏单细胞天地
CeleScope 教程 || FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变数据分析
当您打开这个文档，说明您已经获得单细胞肺癌靶向分析数据，开启了单细胞数据分析之旅。在您正式使用CeleScope分析新格元单细胞数据之前，我们希望向您介绍celescope软件的一些基本过程。 您可以快速阅读文档，并在您的服务器上完成FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测的下机数据到肺癌靶向基因的单细胞表达量信息分析。 二、原理 采用独特性的分子标签磁珠设计，在寡核苷酸序列上加入了靶向目标位点区域3’端的特异性探针，继而实现对目标区域信息的高效获取，同时通过特异性引物进行多重PCR扩增富集，进一步提高对目标区域进行的测序分析 单细胞肺癌靶向基因突变检测研究在实验过程中会构建一个转录组文库和肺癌靶基因序列富集，因此数据分析也分为两个环节： (1) 单细胞转录组分析 (2) 肺癌靶基因序列富集 本篇文章内只介绍单细胞肺癌靶基因序列富集 质控报告的样本和软件的基本信息 数据质控信息 基因组比对信息 细胞与基因定量情况 靶向基因的突变信息 好啦，以上就是一个完整的新格元单细胞肺癌靶向基因突变检测分析过程，接下来就可以进行肺癌基因突变的分析啦
1K40编辑于 2022-06-13 - 来自专栏流式抗体推文
靶向人 CCL2 蛋白！Elabscience PE 标记抗人CCL2 抗体，科研数据更可靠
PE 可被 488nm（蓝色）、532nm（绿色）及 561nm（黄 - 绿色）激光激发，产生峰值约 575nm 的荧光信号，经对应滤光片（如 585/42nm 带通滤光片）捕获后，通过流式细胞仪分析荧光强度 实验中可结合 CD14 等表面标志物染色，实现特定细胞亚群的靶向分析。应用领域炎症机制研究：检测免疫细胞活化后 CCL2 的分泌水平，探究炎症反应的启动与调控。 免疫细胞功能分析：针对外周血单个核细胞（PBMC）等样本，研究单核细胞、巨噬细胞等细胞中 CCL2 的表达特征。 疾病相关研究：适用于心血管疾病、自身免疫病、肿瘤微环境等领域，分析 CCL2 在疾病发生发展中的作用。药物研发：评估候选药物对 CCL2 表达或活性的影响，筛选抗炎、抗肿瘤等潜在药物。 产品优势高特异性与活性：单克隆抗体确保靶向结合精准度，可中和天然或重组 CCL2 的生物活性。多激光适配：兼容多种常见激发激光，适配主流流式细胞仪，实验灵活性高。
18710编辑于 2025-11-11 - 来自专栏生命科学
靶向 EGFR 的 PROTAC 盘点 - MedChemExperss
目前靶向 EGFR 的 PROTAC 由于体内药效学和药代动力学数据的缺乏而未能进入临床试验，但同样是抗癌药物的 ARV-110 和 ARV-471 等 PROTAC 分子的临床研究也为这种治疗方法的开发带来曙光 下面，就让我们按照时间顺序盘点一下目前为止具有不错研究价值的靶向 EGFR 的 PROTAC 分子。 PROTAC EGFR degrader 4PROTAC EGFR degrader 4 是一种有效的 PROTAC 靶向突变 EGFR。 PROTAC EGFR degrader 2PROTAC EGFR degrader 2 是一种有效的 PROTAC EGFR 降解剂，具有良好的抗增殖活性和良好的 EGFR 降解活性，DC50 为 36.51 CA Cancer J Clin. 2018 Nov;68(6):394-424. 2. Liu X, Wang P, Zhang C, Ma Z.
62120编辑于 2023-01-03 - 来自专栏生命科学
靶向 TGF-β 信号通路 | MedChemExpress
此外，除了直接靶向 TGF-β 及其受体之外，还有间接控制 TGF-β 信号通路的方法，如靶向 miRNA、lncRNA，靶向去泛素化酶 (DUB)、干扰细胞内蛋白质-蛋白质相互作用。 小 M 相信随着技术的日益发展，如 PROTAC 等技术都将为靶向 TGF-β 信号通路提供更多的机会！ 图 7. Vactosertib 还以纳摩尔浓度抑制 ALK2 和 ALK4 (IC50 为 17.3 nM)，具有强大的抗转移活性和抗癌作用。 Nat Rev Drug Discov. 2012;11(10):790-811. 2. Lewis KA, et al. Cell. 2008;134(2):215-230. 12. Gryfe R, Kim H, Hsieh ET, et al.
98120编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
MCE | Hippo 途径与靶向策略
其中，TEAD1-4 是 YAP/TAZ 主要靶向的转录因子，YAP/TAZ-TEAD 复合物与参与细胞增殖、生长和存活的靶基因启动子结合, 包括 CYR61、CTGF、AREG、MYC、Gli2、AXL ■靶向 Hippo 途径策略 许多研究表明 Hippo 通路的几种组分与多种疾病有关，如 MST1/2 与免疫应答有关，LATS1/2 与癌症免疫力有关，而 YAP/TAZ 是人类恶性肿瘤中普遍激活的高度相关的转录调节因子 2、靶向核心激酶 靶向 MST1 和 MST2 的抑制剂如 XMU-MP-1，以及阻止 MST/LATS 磷酸化的抑制剂 C19 (EMT inhibitor-1)等。 4、靶向由 YAP/TAZ 调控的致癌蛋白 可通过靶向下游转录靶标如 BCL-xL、FOXM1、TG2 和 COX-2，对抗 YAP/TAZ 介导的致癌性。 靶向由 YAP/TAZ 调控的致癌蛋白 Celecoxib 选择性的 COX-2 抑制剂。能通过抑制 COX-2，从而对抗 YAP/TAZ 介导的致癌性。
70320编辑于 2023-03-16 - 来自专栏生命科学
PROTAC 技术靶向降解 BTK | MedChemExpress
PROTAC（Proteolysis-targeting chimera）是新兴的利用化合物降解靶向蛋白的方法 [2]。 细胞内结构或功能异常的蛋白通过一系列酶（泛素化酶 E1，E2，E3）的作用，被标记上多泛素化，随之被转移到蛋白酶体里进行降解 [3]。 他们设计的靶向降解 BTK 的 PROTAC 分子结构如图 2 所示，该 PROTAC 由结合 BTK 的配体、连接子（linker）和结合 CRBN（cereblon，E3 连接酶的重要组分，介导 E3 此外，PROTAC 技术可以很好地解决很多不可成药（undruggable）的靶点如转录因子等的靶向降解问题，在以后的靶向治疗中将会发挥重要作用。 参考文献 [1] Davis, R. Nature 463, 88–92 (2010). [2] Carmony KC, Kim KB.PROTAC-Induced Proteolytic Targeting Methods MolBiol
42720编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信开发者
靶向测序的终极解决方案
测序仪层面的捕获，大概是基于kmer分析的思路吧，如果测到的是感兴趣的序列就保留，不是感兴趣的，就从纳米孔退出去。生物信息实时计算 与 纳米技术 仪器芯片设计的高度融合。 真是靶向测序的终极解决方案啊，液相杂交捕获，多重PCR，CRISPR-cas9捕获都失去意义了
29020发布于 2021-02-02 - 来自专栏单细胞天地
单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征
1.一名病人和5名志愿者的皮肤活检组织 2.同这例病人的外周血(PBMCs ) 数据分析 1 皮肤组织的单细胞分析 在进行无监督聚类和 t-SNEt分析(图1b和扩展数据图1a)之后，通过已确定的marker 图 2 无监督分析显示，PBMC T细胞亚群中存在大量GEG，其特征是CCR4和CCR10的高表达，这些DEG具有作为皮肤归巢化因子受体的功能，而CCR7的低表达使循环T细胞得以迁移(图2c和扩展数据图 图 2 1 药物服用后的数据分析 研究者的数据指出了几个潜在的治疗靶点:(1)细胞增殖途径，(2)趋化因子受体，(3)HHV6b和(4)JAK-STAT途径。 虽然在HHV6b感染中使用的是膦甲酸、西多福韦和更昔洛韦，但这些药物都没有选择性地靶向HHV6b，考虑到环孢素引起的潜在肾脏功能障碍，这两种药物都与肾毒性有关。因此，JAK抑制是唯一可行的选择。 为了测试靶向病毒是否会对T细胞增殖产生影响，在LTT中对更昔洛韦和青蒿琥酯进行了测试。青蒿琥酯是一种具有抗hhv6活性的抗疟药。
1.1K30发布于 2020-04-27 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第3部分，直接接着第1、2部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）6.代谢组学KEGG背景基因集构建我想使用“clusterprofiler 以小鼠物种为例，人类物种遇到了再处理吧，累了累了这段代码可以用于构建本地 KEGG 代谢通路信息数据库（小鼠 物种），适合用于本地化富集分析或绘图使用。 你所用的 massdatabase 包配合 metpath 或metID 系列分析流程是目前 代谢组富集分析推荐做法之一library(massdatabase) download_kegg_pathway KEGG富集分析K_C = inf$`KEGG Compound ID`[inf$Metabolite%in%rownames(deg1[deg1$Change!
2K14编辑于 2025-07-04 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。 biocolor = c('#5a8dda', "#ECB884", '#e81a1d')dataMatrix：即整理成行名为代谢物，列为各样本表达3.PCA、PLS-DA和OPLS-DAPCA 主成分分析函数 "][1,] * 100, 1), "%)"), y = paste0("PC 2 (", round(pca@modelDF["R2X"][2,] * 100, 1), "%)") ) "][1,] * 100, 1), "%)"), y = paste0("Component 2 (", round(plsda@modelDF["R2X"][2,] * 100, 1), " OGD_R.png')即每种分析各出3张图，即总体分组、AB组、BC组
3.2K34编辑于 2025-06-30 - 来自专栏生命科学
MCE | LYTAC 与靶向蛋白降解技术
■PROTAC 与 PhotoPROTAC：PROTAC 一直是靶向蛋白降解家族的代表。1、由三部分组成的双功能杂交化合物：靶蛋白配体+Linker+E3 泛素连接酶配体 (图 2)。 2、通过泛素-蛋白酶体系统靶向降解蛋白：PROTAC 可以与 E3 泛素连接酶和靶蛋白结合，诱导形成三元复合物，导致多聚泛素化并随后降解靶蛋白。PROTAC 可以回收继续利用 (图 2)。 同样的，纽约大学的研究团队开发的靶向 BET 蛋白 (BRD2/3/4)或 FKBP12 的光开关 PHOTAC分子，也证明了光控的精准时空激活的有效性(图 4)。 PROTAC 降解剂：包括靶向 BET、STAT、MDM2、CDK、ER 、AR 等；PROTAC 组分包括 PEGs, Alkyl-Chain 和 Alkyl/ether 在内的 2000+Linker ACS Cent Sci. 2020;6(2):312.5. Luh LM, et al.
87820编辑于 2023-03-16 - 来自专栏生命科学
靶向抗体偶联药物 (ADC)——抗肿瘤 | MedChemExpress
细胞毒性药物的靶向递送，可以增加药物到达肿瘤细胞的百分比，从而降低了最小有效剂量，提高了最大耐受剂量。 总结： ADC 作为一种新型靶向的抗癌药物，拥有巨大的市场前景和发展空间。 MCE 能够提供 ADC 相关产品的设计、合成、分析、纯化、优化、检测和评估等一站式服务。 Antibody-drug Conjugate (ADC) Trastuzumab emtansine 是一种抗体偶联药物 (ADC)，其结合了 HER2 靶向的曲妥珠单抗的抗肿瘤特性以及微管抑制剂 DM1 Trastuzumab deruxtecan 是一种抗人表皮生长因子受体 2 (HER2) 抗体-药物偶联物 (ADC)。由人源化抗 HER2 抗体，酶促裂解的肽接头和拓扑异构酶 I 抑制剂组成。
1.2K20编辑于 2023-03-07 - 来自专栏生命科学
MCE 全新 ROS 探针，精准靶向特定 ROS
MCE 全新 ROS 探针全球首发，精准靶向特定 ROS，可以真正实现对特定 ROS 的特异性定性定量，高选择性、高灵敏度地检测 O2•−、 H2O2、HOCl、•OH 及 ONOO−。 在有氧呼吸中，绝大多数的氧气 (O2) 在呼吸链中被还原成了水 (H2O)。然而，约有 1% 的 O2 会发生不完全还原，生成超氧根离子 (O2•−)。 HKSOX-1m (HY-D1156) 则可特异性靶向线粒体，用于监测线粒体内 O2•−。 ProductNameFunctionEmisionColorEx/EmHKPerox-2H2O2 probeGreen480 nm/527 nmHKPerox-1H2O2 probeYellow520 HKOCl-4m (HY-D1158) 特异靶向线粒体，可用于监测线粒体内 HOCl。
90420编辑于 2023-03-22
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