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靶向测序的CNV分析简介
目的区域靶向测序更加的经济高效，可以实现500到1000X， 甚至更高的测序深度，有助于发现罕见变异，挖掘疾病相关基因，在临床研究中应用广泛。 目前通过靶向测序挖掘CNV的相关工具相对而言比较少，一篇发表在ScienceDirect上的文章对相关工具进行了测评，文章链接如下 https://www.sciencedirect.com/science 考虑到每个软件都有自己的限制，综合多款软件的结果来进行分析，不用个数的最佳软件组合汇总如下 ? 对于靶向测序而言，其测序深度分布的影响因素过多，很难有一个最佳的模型可以校正系统误差，所以采用对照样本的方式是比较主流的算法。 对于panel测序的CNV鉴别，推荐使用这3款软件。
2.2K31发布于 2019-12-19 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第3部分，直接接着第1、2部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）6.代谢组学KEGG背景基因集构建我想使用“clusterprofiler 以小鼠物种为例，人类物种遇到了再处理吧，累了累了这段代码可以用于构建本地 KEGG 代谢通路信息数据库（小鼠 物种），适合用于本地化富集分析或绘图使用。 你所用的 massdatabase 包配合 metpath 或metID 系列分析流程是目前 代谢组富集分析推荐做法之一library(massdatabase) download_kegg_pathway KEGG富集分析K_C = inf$`KEGG Compound ID`[inf$Metabolite%in%rownames(deg1[deg1$Change!
2K14编辑于 2025-07-04 - 来自专栏图形化开放式生信分析系统开发
靶向分析流程(Pipeline)中的数据质控
# 本文是对靶向测序Pipeline中数据质控的升级，顺便做一个记录## 此前Pipeline中数据质控来源于几个软件：- fastp： ```bash fastp -w ${threads ]') print(''' 根据fastp,bamdst,gatk CollectInsertSizeMetrics(picard) 输出质控分析结果文件 t输出处理结果文件') print('--sample-fastp=\t\tfastp 处理后的输出文件') print('--sample-bamdst=\tbamdst分析
1K00编辑于 2022-09-24 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。 NEG)# 将正负模式分别写入一个Excel文件（多个工作表,可选）T3 = createWorkbook()addWorksheet(T3,'正离子模式')writeData(T3, "正离子模式" , POS) # 正模式代谢物数据addWorksheet(T3,'负离子模式')writeData(T3, "负离子模式", NEG) # 负模式代谢物数据saveWorkbook(T3, "Figures PCA、PLS-DA和OPLS-DAPCA 主成分分析函数library(ropls) # 提供PCA, PLS-DA, OPLS-DA功能PCA = function(dataMatrix, group_list OGD_R.png')即每种分析各出3张图，即总体分组、AB组、BC组
3.2K34编辑于 2025-06-30 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）
非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。 这里是第2部分，直接接着第1部分运行即可，详情见非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）4 差异代谢物分析使用limma包对疾病模型与正常组，治疗组与模型组的代谢物进行差异分析DEG_limma(. 差异分析函数，对代谢物表达矩阵进行 差异表达分析 + 火山图绘制 + VIP筛选# 加载所需包library(ggplot2)library(rlang)library(limma)# 定义差异分析函数 DEG_limma(dataMatrix[, 1:12], group_list[1:12], "OGD_R-Normal", output_path = 'data/3_ OGD_R", h = 12, l = 0, lr = 3, markers = "", VIP = VIP2)对于调用的函数各项参数解释DEG矩阵：绘制的火山图：5
3.1K13编辑于 2025-06-30 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—基础知识3（测序报告解读）
非靶向代谢组学—基础知识3（测序报告解读）最近重新看了某测序公司的非靶向代谢组学的分析报告，感觉收获很大。这次就对非靶向代谢组学的常规下游分析内容进行一个整理，并不涉及代码，主要对基础概念的解读。 从检测方式上，代谢组学主要分为非靶向分析(untargeted)和靶向分析(targeted)两类。 其中，非靶向分析模式通常是建立在高分辨质谱仪上（triple TOF 或 QE 系列等），依赖其强大的高分辨率质量分析器，能够对样本中的各类代谢物进行无偏向、大规模、系统性的检测，提供的是"航拍"的视角 2 级或 3 级为假定的注释结果，通常仅基于一个或两个性质，依赖于与不同实验室收集的或用不同分析方法获得的数据进行比较，而不是在相同分析条件下与真实的化学标准进行直接比较。 在后续的PCA、OPLS-DA、差异分析火山图中都需要分为正负离子模式后续得到的差异代谢物需要合并在一起进行富集分析3.
7.3K35编辑于 2025-04-25 - 来自专栏单细胞天地
单细胞分析揭示结肠癌髓系靶向治疗机制
定义了相当数量的髓系细胞在小鼠肿瘤里，保证捕获他们对髓系靶向，免疫治疗的反应。 我们之所以可以发展出髓系靶向治疗有关的策略是依赖于我们对肿瘤中髓系细胞异质性的综合理解，以及在肿瘤微环境中这些治疗对免疫细胞功能的影响。 对小鼠TAM亚群进行与人类TAM集群相似的通路分析(图3B)，我们发现小鼠TAM种群也根据其血管生成、缺氧和T细胞相互作用基因信号分群(图4A)。 我们的人类细胞-细胞相互作用分析预测了batf3 +cDC1群体与耗尽的CD8+T细胞以及bhlhe40 + th1样细胞的不同群体之间的未被预测的相互作用。 靶向细胞缺失研究将有助于进一步明确肿瘤内细胞相互作用(包括40激动剂介导的反应)的精确作用。
1.8K11发布于 2020-12-11 - 来自专栏用户7627119的专栏
miRNA 靶向预测软件targetscan
01 Targetscan靶向预测思想 TargetScan 基于序列互补原则，找到比对到靶 3'UTR 的保守性 8 mer、7 mer 或 6 mer 位点（seed match 序列），进一步根据热力学稳定性筛选得到 主要包括如下几部分： Site Type 8 mer > 7 mer-m8 > 7 mer-1a； 3' pairing contribution：除了与 miRNA seed 区域配对，与 miRNA12 miRNA 的 ID Site Type：配对类型（8mer、7 mer-m8、7 mer-1a） UTR start：UTR 起始位置 UTR end：UTR 终止位置（起始和终止的长度大概是 6nt） 3' pairing contribution : 3' 端配对的贡献值 local AU contribution : AU rich 区域的贡献值 position contribution : 结合位点的贡献值
6.7K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏单细胞天地
CeleScope 教程 || FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变数据分析
当您打开这个文档，说明您已经获得单细胞肺癌靶向分析数据，开启了单细胞数据分析之旅。在您正式使用CeleScope分析新格元单细胞数据之前，我们希望向您介绍celescope软件的一些基本过程。 您可以快速阅读文档，并在您的服务器上完成FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测的下机数据到肺癌靶向基因的单细胞表达量信息分析。 肺癌靶向捕获区域覆盖EGFR、BRAF、KRAS、NRAS、HRAS、PIK3CA基因的热点突变区段。 二、原理 采用独特性的分子标签磁珠设计，在寡核苷酸序列上加入了靶向目标位点区域3’端的特异性探针，继而实现对目标区域信息的高效获取，同时通过特异性引物进行多重PCR扩增富集，进一步提高对目标区域进行的测序分析 质控报告的样本和软件的基本信息 数据质控信息 基因组比对信息 细胞与基因定量情况 靶向基因的突变信息 好啦，以上就是一个完整的新格元单细胞肺癌靶向基因突变检测分析过程，接下来就可以进行肺癌基因突变的分析啦
1K40编辑于 2022-06-13 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）
非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）继续开始代谢组学的学习路程，昨天晚上看了B站联川生物出的解读非靶向代谢组学的生信报告，讲的很好。 里面一些代谢组学和和其他组学联合分析的思路对我的启发挺大，这里记录下，只是宏观的描述视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV16R4y157A5/? spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=7e83cb2510516bdff59ccf808d022aa01.非靶向代谢组学和转录组最为常见的是与转录组联合分析 ，通过KEGG通路进行差异基因和差异代谢物的关联与chatGPT的对话2.非靶向代谢组学和蛋白组类似于和转录组的联合分析与chatGPT的对话3.非靶向代谢组学和微生物非靶向代谢组学和微生物联合分析也是非常常见的多组学联合分析
96512编辑于 2025-04-03 - 来自专栏生命科学
靶向 EGFR 的 PROTAC 盘点 - MedChemExperss
目前靶向 EGFR 的 PROTAC 由于体内药效学和药代动力学数据的缺乏而未能进入临床试验，但同样是抗癌药物的 ARV-110 和 ARV-471 等 PROTAC 分子的临床研究也为这种治疗方法的开发带来曙光 下面，就让我们按照时间顺序盘点一下目前为止具有不错研究价值的靶向 EGFR 的 PROTAC 分子。 该结构发表于 2020 年 3 月，Zhang 等通过将其课题组早期 EGFR 抑制剂 EGFR-IN-5[6]与 linker-E3 (VHL) 配体连接构建了 PROTAC EGFR degrader PROTAC EGFR degrader 4PROTAC EGFR degrader 4 是一种有效的 PROTAC 靶向突变 EGFR。 PROTAC EGFR degrader 3PROTAC EGFR degrader 3 是一种有效的 PROTAC EGFR 降解剂。
62120编辑于 2023-01-03 - 来自专栏生命科学
靶向 TGF-β 信号通路 | MedChemExpress
■ 靶向 TGF-β 通路 TGF-β 是一种普遍存在的多功能细胞因子，被认为是肿瘤发生发展的核心途径。因此，TGF-β 是一个非常理想的靶标。 此外，除了直接靶向 TGF-β 及其受体之外，还有间接控制 TGF-β 信号通路的方法，如靶向 miRNA、lncRNA，靶向去泛素化酶 (DUB)、干扰细胞内蛋白质-蛋白质相互作用。 小 M 相信随着技术的日益发展，如 PROTAC 等技术都将为靶向 TGF-β 信号通路提供更多的机会！ 图 7. Nature. 2000;404(6776):411-414. 3. Heldin CH, Moustakas A. Int J Oncol. 2015; 46(3):933-943. 14. Huang CY, Chen CL, et al.
98120编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
MCE | Hippo 途径与靶向策略
3 蛋白保留在细胞质中或通过 β-Trcp E3 连接酶介导降解，抑制 YAP/TAZ 的核输入 → 下调下游靶标。 因此，靶向 Hippo 途径极具吸引力。 1、靶向 YAP/TAZ-TEAD 复合物 由于 YAP 和 TAZ 特殊的结构性质，直接靶向 YAP/TAZ 蛋白并不容易。 3、靶向上游信号 上面列出了 Hippo 途径受到多重上游信号的激活，因此也可以靶向上游分子。 如靶向细胞表面受体 (如 GPCRs、EGFR)，靶向细胞内激酶(如 PI3K、MEK)，肌动蛋白(Actin)调节以及能量应激调节。 靶向上游信号 Wortmannin 不可逆的，选择性 PI3K 抑制剂；可以阻止 YAP 进入细胞核。 LY294002 广谱 PI3K 抑制剂；可以阻止 YAP 进入细胞核。
70320编辑于 2023-03-16 - 来自专栏生命科学
PROTAC 技术靶向降解 BTK | MedChemExpress
PROTAC（Proteolysis-targeting chimera）是新兴的利用化合物降解靶向蛋白的方法 [2]。 细胞内结构或功能异常的蛋白通过一系列酶（泛素化酶 E1，E2，E3）的作用，被标记上多泛素化，随之被转移到蛋白酶体里进行降解 [3]。 他们设计的靶向降解 BTK 的 PROTAC 分子结构如图 2 所示，该 PROTAC 由结合 BTK 的配体、连接子（linker）和结合 CRBN（cereblon，E3 连接酶的重要组分，介导 E3 此外，PROTAC 技术可以很好地解决很多不可成药（undruggable）的靶点如转录因子等的靶向降解问题，在以后的靶向治疗中将会发挥重要作用。 参考文献 [1] Davis, R. 相关产品 E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates 系列产品： 一种合成化合物，包含 E3 泛素连接酶配体与 PROTAC 连接物，可以将靶蛋白与泛素化机制结合起来。
42720编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信开发者
靶向测序的终极解决方案
测序仪层面的捕获，大概是基于kmer分析的思路吧，如果测到的是感兴趣的序列就保留，不是感兴趣的，就从纳米孔退出去。生物信息实时计算 与 纳米技术 仪器芯片设计的高度融合。 真是靶向测序的终极解决方案啊，液相杂交捕获，多重PCR，CRISPR-cas9捕获都失去意义了
29020发布于 2021-02-02 - 来自专栏单细胞天地
单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征
图 2 1 药物服用后的数据分析 研究者的数据指出了几个潜在的治疗靶点:(1)细胞增殖途径，(2)趋化因子受体，(3)HHV6b和(4)JAK-STAT途径。 虽然在HHV6b感染中使用的是膦甲酸、西多福韦和更昔洛韦，但这些药物都没有选择性地靶向HHV6b，考虑到环孢素引起的潜在肾脏功能障碍，这两种药物都与肾毒性有关。因此，JAK抑制是唯一可行的选择。 图 3 开始治疗2周后，流式细胞术检测PBMCs，发现CCR4+CCR10+CD4+和CD8+ T细胞显著减少(图3b和扩展数据图3)。 ? 在scRNA-seq分析时单核细胞的减少(图3d)是短暂的，不太可能与tofacitinib直接相关。 1 实验数据分析 研究者们分析的慢性阶段可能并不反映早期的DiHS/DRESS事件。 为了测试靶向病毒是否会对T细胞增殖产生影响，在LTT中对更昔洛韦和青蒿琥酯进行了测试。青蒿琥酯是一种具有抗hhv6活性的抗疟药。
1.1K30发布于 2020-04-27 - 来自专栏生命科学
MCE | LYTAC 与靶向蛋白降解技术
■PROTAC 与 PhotoPROTAC：PROTAC 一直是靶向蛋白降解家族的代表。1、由三部分组成的双功能杂交化合物：靶蛋白配体+Linker+E3 泛素连接酶配体 (图 2)。 2、通过泛素-蛋白酶体系统靶向降解蛋白：PROTAC 可以与 E3 泛素连接酶和靶蛋白结合，诱导形成三元复合物，导致多聚泛素化并随后降解靶蛋白。PROTAC 可以回收继续利用 (图 2)。 3、不仅具有靶向“不可成药”蛋白的潜力，并且能够在低浓度下有效诱导蛋白质降解。PROTAC 还能靶向突变蛋白，克服小分子抑制剂耐药性的问题。 同样的，纽约大学的研究团队开发的靶向 BET 蛋白 (BRD2/3/4)或 FKBP12 的光开关 PHOTAC分子，也证明了光控的精准时空激活的有效性(图 4)。 除上述提及到的靶向蛋白降解技术外，另外还有 BioPROTAC 靶向蛋白降解技术，它基于基因编码直接将肽或抗体模拟物与 E3 连接酶融合，通过肽或蛋白识别域结合并降解目标蛋白。
87820编辑于 2023-03-16 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience Foxp3 流式抗体：精准靶向核内 Foxp3，助力肿瘤免疫、自身免疫病研究
如今，Elabscience 推出的 APC 抗小鼠 Foxp3 抗体（3G3，货号：E-AB-F1238E）正以硬核性能打破僵局，成为顶刊级研究的标配工具。 高特异性：精准识别无干扰采用明星克隆号 3G3，靶向小鼠 Foxp3 蛋白的特异性位点，经严格验证可有效避免交叉反应。 更可搭配 Elabscience 的 CD4/CD25 抗体、Foxp3 专用染色试剂盒等产品，构建从样本处理到检测分析的完整实验体系。 聚焦科研热点：解锁多领域研究新可能Elabscience Foxp3抗体的应用场景已全面覆盖当前免疫研究的核心领域，成为科研人员的得力助手：肿瘤免疫微环境分析：精准量化肿瘤组织中 Foxp3+Treg 免疫治疗开发：为 Treg 靶向药物筛选提供可靠检测工具，某团队利用其验证 STING 激动剂对 Treg 的调控作用，相关成果发表于《J Control Release》。
13200编辑于 2025-11-10 - 来自专栏老齐教室
回归分析（3）
注：本文是回归分析专题的第三部分，此专题是对即将于2021年5月出版的《机器学习数学基础》的补充和提升资料。 并且，只要插入的公式多点，在微信的编辑器中就不能保存。所以，发布的文章中，就很少有公式了。 在时间序列分析中通常很重要 Cond. No 多重共线性检验（如果与多个参数拟合，则参数彼此相关） 如此，即可实现统计中的线性回归模型构建。
1.7K20发布于 2021-03-11 - 来自专栏生命科学
靶向抗体偶联药物 (ADC)——抗肿瘤 | MedChemExpress
细胞毒性药物的靶向递送，可以增加药物到达肿瘤细胞的百分比，从而降低了最小有效剂量，提高了最大耐受剂量。 IgGs 可分为四个亚型：IgG1、IgG2、IgG3 和 IgG4 (如图 5)。 总结： ADC 作为一种新型靶向的抗癌药物，拥有巨大的市场前景和发展空间。 MCE 能够提供 ADC 相关产品的设计、合成、分析、纯化、优化、检测和评估等一站式服务。 The Royal Society of Chemistry, 2019. 3.
1.2K20编辑于 2023-03-07
腾讯云开发者
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