转录组GSE105789_小鼠数据下游分析注意事项

简单记录下GSE105789小鼠数据的下游分析的主要事项，与human的数据分析的主要区别是在进行id转换、kegg、go、gsea时，需要注意数据库和物种信息...

转录组—多分组的差异基因的聚类分析

这次的需求是将以下这张图（全部分组差异基因聚类），去除control组之后重新聚类。并且EGA分组改为Model+TreatA、EGB分组改为Model+Tre...

​文章复现—bulkRNA转录组结合机器学习等进行相关疾病研究01—多数据集去除批次效应后联合分析以及火山图标准绘制

《Identification of cuproptosisassociated subtypes and signature genes for diagno...

如何获得KEGG中某一条通路的全部基因？

比如说我们想看PI3K-Akt signaling pathway这条通路中包含哪些基因？首先需要访问KEGG的官网，获取其hsa编号，如PI3K-Akt si...

GSEA富集分析可视化

今天给大家介绍GSEA，基因集富集分析，的可视化！主要是带你详细了解如何自定义GSEA的经典图形。

RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行...

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行...

多组学数据可视化的高端玩法

今天给大家介绍一款发表在Nature Methods(IF=28.467)上的R包--trackViewer，可以对基因结构，SNP/突变结果，甲基化结...

单细胞测序—不同格式的单细胞测序数据读写(多样本)

读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象

单细胞测序—拟时序分析综合

拟时序分析（Pseudotime Analysis）在单细胞测序（Single-cell RNA-seq）中是一个重要的分析步骤，主要用于研究细胞在发育过程或其...

生信技能树GEO数据挖掘直播配套笔记

二代测序（RNA_seq）：如果是counts 可选择limma的voom算法或者edgeR或者DESeq2。 如果是FPKM或TPM可选择limma，注意：e...

单细胞系列教程：marker鉴定（十一）

前面我们已经确定了我们想要的簇，我们可以继续进行标记识别，这将使我们能够验证某些簇的身份并帮助推测任何未知簇的身份。

🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（从原理到代码实操）（二）

1写在前面 上期我们分享了单细胞测序（scRNA-seq）的基本概念，样品的制备以及细胞的捕获。😁 本期我们继续介绍一下转录本定量分析、实验设计、批次效应和混杂...

🤗 Seurat | 超好用的单细胞测序数据合并（3'和5'数据合并）（一）

1写在前面 随着scRNAseq技术的普及，成本的降低，大家可以在公共数据库找到越来越多的datasets，但如何合并这些datasets就成为了一个大问题🫠，...

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够

做生物信息学分析的朋友应该是对GEO数据库耳熟能详了，总会用到公共数据库的，而GEO数据库则是首选，起先只是为表达芯片数据准备的，后期纳入了各种NGS组学数据，...

高通量数据下载还能这样操作?

本文属于转录组入门系列（RAN-seq基础入门传送门 http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html ）第2部分内...

2026从单细胞多样本整合的分析细节开始

单细胞教程常见报错（原因 + 解决方法建议）完整合集---从此不怕分析“拦路虎”

数据分析中对于新手来说，最怕的就是出现报错，而且明明别人能够跑出的教程却在自己这里出错了，又无从下手，非常的打击学习的信心；其实在代码没有写错，数据没有问题的基...