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如何从零开始在
cbmpy
中建立基因组尺度代谢模型?
我曾使用Matlab和COBRA工具箱,但最近改为Python和
cbmpy
工具箱。我知道如何通过COBRA在Matlab中创建模型结构,但不知道如何使用
cbmpy
在python中创建模型结构。输入
cbmpy
作为
cbmpy
= cbm.CBRead.readSBML3FBC('example.xml'),用于mod.getSpeciesIds():mod.deleteSpecies( ri,also_delete将
cbmpy
输入为
cbmpy
= cbm.CBModel.Mo
浏览 5
修改于2020-02-08
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1
回答
如何将流量比设置为约束?
我怎么能在
CBMPy
上做到这一点?import
cbmpy
ecoli =
cbmpy
.CBRead.readSBML3FBCecoli.setReactionBounds('R_EX_pyr_e', 1.0, 1000.0) ecoli.setReactionB
浏览 0
提问于2018-05-16
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1
回答
增加与探地雷达的新反应
我找到了函数addReaction,但在使用它时总是会出现错误: cmod.addReaction
浏览 3
修改于2020-02-08
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1
回答
通量变化分析仅适用于舱室间的输运反应?
我知道我可以像这样在selected_reactions中使用doFVA: mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml.gz
浏览 2
修改于2020-02-08
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