增加与探地雷达的新反应

Question

我有一个模型，想给它增加一个全新的途径。一些代谢物已经存在于模型中，另一些必须被创造出来。我还必须增加GPRs的反应，使用尚未在模型中存在的基因。

我找到了函数addReaction，但在使用它时总是会出现错误：

import cbmpy

cmod = cbmpy.CBRead.readSBML3FBC('model.xml')

cmod.addReaction('R_foo')

AssertionError:错误:需要一个反应对象，而不是某种类型的<type 'str'>

有什么想法吗?我怎样才能传递一个反应物，添加代谢物和探地雷达？

Answer 1

你在找createReaction。以下内容将起作用(我使用来自this question的模型)：

import cbmpy as cbm

mod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('e_coli_core.xml')

mod.createReaction('R_foo')

这个会打印出来

反应" R_foo“界限设置为：-INF <= R_foo <= INF添加cmod.createReactionReagent试剂(R_foo，代谢物，系数)

因此，在默认情况下，一个添加可逆反应(参见下面如何添加一个不可逆的反应)，它还告诉您如何添加试剂。

首先，假设您添加了一个所有试剂都已存在于模型中的反应。然后，您可以使用createReactionReagent添加试剂及其化学计量比因子，如下所示：

mod.createReactionReagent('R_foo', 'M_fum_c', -1.)
mod.createReactionReagent('R_foo', 'M_nh4_c', 5.)

我们可以检查是否正确地添加了反应：

mod.getReaction('R_foo').getStoichiometry()

会回来

[(-1.0, 'M_fum_c'), (5.0, 'M_nh4_c')]

然后，您可以使用createGeneProteinAssociation轻松地将探地雷达添加到反应中。

mod.createGeneProteinAssociation('R_foo', 'gene_1 or gene_2')

同样，检查它是否正常工作：

mod.getGPRforReaction('R_foo').getAssociationStr()

产量：

'((gene_1 or gene_2))'

如果模型中没有这些基因，它们将自动添加：

mod.getGeneIds()[-2:]

会回来

['gene_1', 'gene_2']

当你想要加入一条完整的途径时，我们现在对另一种试剂的第二反应也是这样做的，这个试剂还不是模型的一部分：

# add an irreversible reaction
mod.createReaction('R_bar', reversible=False)
mod.createReactionReagent('R_bar', 'M_succ_c', -1.5)

让我们假设，您要添加的代谢物称为A，然后

mod.createReactionReagent('R_bar', 'A', 1.0)

会失败的

AssertionError:代谢物A不存在

这意味着我们首先必须使用createSpecies创建它。

mod.createSpecies('A', name='species A', compartment='c', charge=-2, chemFormula='C1H2O3')

不需要参数name直到chemFormula。现在你可以打电话了

mod.createReactionReagent('R_bar', 'A', 1.0)

您可以检查this question如何向物种或反应添加附加注释。

然后，您还可能希望将属于该路径的所有反应添加到一个组中，这使得以后访问这些反应非常容易：

pw_reactions = ['R_foo', 'R_bar']

# create an empty group
mod.createGroup('my_new_pathway')

# we can only add objects to a group so we get the reaction object for each reaction in the pathway
reaction_objects = [mod.getReaction(ri) for ri in pw_reactions]

# add all the reaction objects to the group
new_pw.addMember(reaction_objects)

现在您可以使用以下方法访问此组的成员

mod.getGroup('my_new_pathway').getMemberIDs()
# returns ['R_foo', 'R_bar']

如果您对反应in感兴趣，或者

mod.getGroup('my_new_pathway').getMembers()

如果你对反应对象本身感兴趣。