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这是我的问题:我有一个代表环状肽的序列，我试图创建一个函数来生成所有可能的子肽。当两个氨基酸之间的键被破坏时，就会产生一个亚肽。例如，肽'ABCD‘的亚肽为'A’、'B‘、'C’、'D‘、'AB’、'BC‘、'CD’、'DA‘、'ABC’、'BCD‘、'CDA’、民建联。因此，从长度为n的肽中可能产生的亚肽的数量总是n*(n-1)。请注意，并非所有这些
浏览 5修改于2013-11-01得票数 3
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我有非常长的字符串向量(肽)。SLSGQCHHHGENLR" "HSSGQDKPHETYR" 我想看看在这个载体中是否是由另外两个肽所产生的肽如果很难验证是否存在"AHMESDK" = "AHME" + "SDK"，最好至少知道载体中是否含有其他肽(例如"HISE
浏览 0修改于2020-06-20得票数 1
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我有一长串的肽序列，我想在公共资源/数据库中以批处理的方式查找，看看这些肽是否在特定组织(血浆、尿液等)中被鉴定为生物标志物。问题是，肽是使用胰蛋白酶摘要生成的，这意味着我并不总是获得精确匹配，还需要通过查找具有不规则消化裂解的案例来查找与我的肽查询不精确的匹配。我发现的唯一可以处理酶消化问题的R包处理的是光谱而不是肽序列。
浏览 1修改于2015-12-11得票数 1
我想以fasta格式下载NCBI蛋白质数据库中的所有肽序列(即>和肽名，后面跟着肽序列)，我看到了一个描述肽是的网状术语，但我想不出如何将它合并。
浏览 2提问于2019-12-10得票数 1
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我现在正在试验肽序列和自然语言处理，并试图使用word2vec嵌入肽序列。这些肽是以长字符串格式出现的(例如：'KCNTATCATQRLANFLVRSSNNLGPVLPPTNVGSNTY')，所以我将这些肽序列拆分成三文法。recent call last) 6 ----> 8
浏览 43提问于2021-11-03得票数 0
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我有一个大的数据框架(完整的数据框架有25列，几百万行)，包含肽光谱库的信息(参见下面的示例)。我正在通过将它们的缩写(UniMod:XXX)写入肽序列(PeptideSequence)来向基库中引入修改。我所剩下的就是根据我的修饰和电荷(PrecursorCharge)的发生来更新肽质量(PrecursorCharge)。因此，对于每个"(UniMod:259)“部分字符串，我必须将相应的质量增加8 (UniMod:267)，除以电荷(电荷并不总是3，对不起)。
浏览 1提问于2020-05-05得票数 0
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我目前正在编写一个程序，它接受许多不同的氨基酸序列(字符串)，用酶将它们切割，然后返回结果肽(许多更小的字符串)。 我已经编写了程序，它可以工作，尽管我在将输出写入文本文件时遇到了问题。例如，输入应该是这样的： ‘’ 输出应该是这样的： 肽1 ‘'ABCDE’ 肽2 ‘'FGHIJKLMNOP’ 肽3 ‘'QRSTUVWXYZ’ 我如何将其写入到文本(fasta)文件中，因为转换为字符串只是将它们捆绑在一起，而不是在新行上用肽编号和序列分隔它们？
浏览 30提问于2020-11-28得票数 0
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我有一个短的单字母肽序列的txt文件，我正在尝试将氨基酸的质量分配给每个肽中的每个单独的氨基酸。然后我想要每个肽的每个氨基酸的质量总和，加上18的加法，然后我想把这个作为肽质量的列表返回。
浏览 1修改于2014-04-09得票数 0
我有一个评分矩阵作为数据框架，如下所示： 1 2 3 4 5 6 7 8 9我也有一个由许多肽组成的df，表明了肽的每个位置上的氨基酸。C L W5 W S F7 F S W11 S C F
12 C F
浏览 19提问于2020-10-18得票数 1
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我已经编写了一个函数，它返回一个Pandas数据帧(作为行的样本和作为列的描述符)，并将输入作为肽的列表(作为字符串数据的生物序列)。"它迭代来自pep_list的每个肽序列，计算描述符，并将所有数据组合为pandas数据帧并返回df：通过一些阅读，我能够写出一个代码，它按照我的期望工作，如1.没有并行的情况下，10肽序列2.两次处理12肽3. 4次处理12肽需要4秒
fro
浏览 1修改于2015-08-20得票数 0
我目前正在处理肽数据，并试图从肽数据集中提取原子对指纹，用于机器学习分类器中。
我已经将我的肽序列设置为一个列表(所有这些序列都转换为微笑字符串)，现在我正在遍历列表，为每个肽创建一个指纹。
浏览 4提问于2021-11-07得票数 0
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例如，假设您正在计算一个80个残基肽中所有相同的残基，当该残基发生在另一个肽中的同一位置时，就会发生匹配。但问题是，水平的数量可能不一样，因为一些字母as代表的肽将出现在一个肽，而不是在下一个。为了简单起见，假设我们在所有三个肽中寻找完全相同的残基(字母在同一位置匹配)，所以答案是布尔真假语句，其中TRUE是如果它们都匹配的，FALSE是不匹配的。replace = TRUE, 80))
> peptide_z <- as.factor(sample(LETTERS[1:26], replac
浏览 3修改于2017-03-19得票数 1
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我把它们转换成肽序列，然后用EMBOSS Needle程序对它们进行比对。
我希望能为程序/代码(从Python中调用)提供建议，这些程序/代码可以将排列的肽序列对之间的间隙转移到相应的核苷酸序列对的密码子上。
浏览 6修改于2013-12-30得票数 2
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我有一个肽序列列表，我想把它映射到任何开放数据库中的正确的蛋白质名称，比如Uniprot，也就是属于蛋白质的肽。能否有人指导如何找到蛋白质名称并绘制它们的地图，谢谢。
浏览 5修改于2022-11-10得票数 -3
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我有如下所示的数据，第一列蛋白质ID第二列肽序列和第三列--我创建了一个Django模型来存储这些数据。A0A075B6K4 SYELTQPPSVTAR 2A0A075B6S5 DIQMTQSPSGDR 10 ordering = ['sequence']正如我们在表中看到的那样，一个单一的蛋白质ID可以容纳多个肽
浏览 2修改于2020-05-31得票数 0
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假设我有一个字符串S，表示电话中的一个3乘3的数字类型，也就是说，如果S是"918726534"，那么它将是：7 2 6然后给出一串数字，称之为D，输入D所需的移动次数是多少假设：9 1 8
浏览 6修改于2022-11-23得票数 0
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str_count(df$peptide_sequence)
这些数据基本上描述了不同肽在较大蛋白质中的位置例如，我希望第一个肽序列"YKYTGFTG“计数到位置5:12，如开始和结束位置所示。
翻译这些数据的一种方法是，基本上每个肽的每个位置都有一行。MNALHHPPCS", "MNALHHPPCS", "MNALHHPPCS", "MN
浏览 0修改于2020-09-24得票数 1
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