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目的是在Python中编码蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割。胰蛋白酶的切割(切割)规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。这是我的正则表达式：
pattern = re.compile('[KR]?[^P].*?[KR](?!
浏览 40修改于2013-08-22得票数 2
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我可以很容易地用它们的实体类型来标记术语(蛋白质、化合物等)。例如，将“辛伐他汀诱导的细胞凋亡伴随着小窝蛋白-1表达的特异性诱导”转换为“辛伐他汀增加小窝蛋白-1的rna表达”-辛伐他汀==化合物，小窝蛋白-1 == RNA。我的期望是，如果我可以预处理输入的句子，我将需要更少的训练数据，但前提是我可以转换“诱导凋亡伴随着特定的表达诱导”，这样我就可以匹配输出中的原始实体(每种类型的一个实体很容易，但如果我有多个化合物或RNA
浏览 0提问于2019-08-27得票数 1
我正在做一个实验，测量网络中蛋白质对之间的相互作用。我也有一个积极和消极的对照，以显示“最少”和“最多”的相互作用量，蛋白质可能有可能。例如，如果阳性对照有"50“和负控制"5”(我使用Miller单位)，那么如何使用颜色梯度来显示我正在研究的蛋白质-蛋白质相互作用的强度。
这个链接“在网络上可视化表达式数据”会是一个合适的协议吗？
浏览 4提问于2022-07-11得票数 0
我试图复制本教程：，但是有一种不同的蛋白质。任何帮助都是非常感谢的！原子..。分子；复合nmols蛋白1
索尔53832
浏览 0提问于2021-09-13得票数 1
我感兴趣的是使用Spearman相关系数分析来关联两个变量，如基因表达(基因符号和折叠变化)和蛋白质表达(基因符号和折叠变化)，如图所示。A(内部J. Mol.Sci。B. ( ggplot2 :快速相关矩阵热图-R软件和数据可视化-简易指南-维基- STHDA.我需要一个热图，显示来自1个轴上的基因表达数据(var 1)和其他轴上的蛋白质表达(var 2)的变量。
浏览 76提问于2021-03-31得票数 0
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我正在尝试开发一个基于web的文档浏览系统，它可能看起来像： (然后点击“蛋白激酶:动态调节蛋白的进化”)。提前谢谢。
安迪
浏览 6修改于2011-02-19得票数 1
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我正在处理蛋白质组数据，并希望根据实际的蛋白质序列显示肽的表达。目前，它们是根据它们在量化(=随机)中的使用情况进行排序的。我想你可以使用正则表达式/ stringr&rebus (最好是)来做这件事，但是我不知道该怎么做。 这里有一个数据示例，非常感谢您的帮助！log2quant = c(21, 12, 17, 18),
order = c(4, 1, 2, 3)) 我从Uniprot复制/粘贴的序列(它是ELANE蛋白
浏览 36修改于2019-09-22得票数 1
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我如何构建一个工具来帮助这个场景：
我在一个实验室工作，我们用质粒来表达重组蛋白。我们有一个数据库，其中包含了所有的质粒标识符和它们编码的蛋白质序列。当需要一个新的蛋白质时，我希望能够输入新的所需的蛋白质序列，并在我们的数据库中搜索与该序列最接近的质粒，并获得最高的一致性评分。目的是使用该现有质粒，并将其作为新质粒的克隆模板。
浏览 2提问于2022-04-21得票数 2
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我有一个包含大量蛋白质序列的文件。每个序列都以一个初始的“蛋白质ID号”(已知的GI号)开头。我正在使用一个awk命令，它允许我在两个正则表达式之间打印。使用它，我可以在一个正则表达式字段中输入一个GI编号列表，其中每个GI编号由"|“分隔。第二个正则表达式是我在每个蛋白质之后添加的正则表达式，它允许我执行awk功能(ABC123)。在output.txt中，我需要它们出现的顺序与它们出现在第一个正则表达式字段中的顺序相同GI2
G
浏览 0修改于2014-03-31得票数 0
我尝试在Python中编写蛋白质序列的理论胰蛋白酶切割代码。胰蛋白酶的切割规则是:在R或K之后，但不在P之前(即胰蛋白酶在每个K或R之后切割蛋白质序列，除非(K或R)后面跟着一个P)。有没有更有意义地实现这个正则表达式的方法？ print peptidesMVPPPPSRGGAAKPGQ
浏览 0修改于2011-05-30得票数 7
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我有一个蛋白质名称(P1，P2，...，Pn)的列表，它们被分为三个不同的表达水平高(H)，中(M)和低(L)，在三个实验条件(Exp1，Exp2和Exp3)中测量。
我是R的新手，如果能帮上忙我会很感激。
提前感谢
浏览 2修改于2011-04-24得票数 5
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如何使用RDF/OWL表达以下内容:100克奶酪含有10克蛋白质。玛格丽塔披萨含有250克奶酪？另外，可以推断玛格丽塔披萨含有25g蛋白质吗？
浏览 5修改于2018-12-10得票数 1
使用通量平衡分析，我们正在对系统进行建模。我对我们CobraPY模型中的步骤有一个反应，本质上是这样的：C+D --> E问题是D是一种蛋白质，不可能对其创建进行建模。对于蛋白质或其他代谢物的简单引入，然后将其从系统中移除，有没有针对基团和流量平衡分析的变通方法？我假设它会产生无限的质量或者某种形式的循环。
浏览 2提问于2018-07-26得票数 1
我想比较两组患者(耐药和敏感)的蛋白质表达值(n=465蛋白)。
我有11名耐药患者和8名敏感患者。我想比较耐药组(A res到K res)和敏感组(L sens到S sens)、蛋白质2(抗性)和蛋白2(敏感)的蛋白1的表达值。作为输出，我只需要p值<0.05的蛋白质.
浏览 2修改于2014-12-08得票数 3
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我有一个产品名称的列表
最佳营养100乳清蛋白-金标(天然)香草1.9磅‘最佳营养100乳清蛋白-黄金标准巧克力花生黄油3.31磅’‘最佳营养100乳清蛋白-金盐焦糖1.81磅’
最佳营养100乳清蛋白-金标准双富巧克力1磅
浏览 5修改于2020-06-20得票数 0
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肌营养不良(DM)与蛋白激酶编码基因DMPK的( CTG )n三核苷酸重复扩增有关，该基因位于19q13染色体上。3.这种基因在病人组织中表达的特征，迄今产生了关于DMPK mRNA稳态水平的变化和在存在扩张时的最终DMPK蛋白水平的相互矛盾的数据。它们对应于预测编码同源结构域蛋白的基因的外显子。RT-PCR分析表明，该基因被称为DM位点相关同源结构域蛋白( DMAHP )，在骨骼肌、心脏和大脑等多种组织中均有表达。
浏览 0修改于2013-11-07得票数 0
记录布局包含两个字段：
R00000001，"4杯保护素，1 xTAG，8 H.粪便抗原(IgA)，9乳铁蛋白，3抗醇溶蛋白IgA，10 H.pylori小组，6粪便脂肪，11抗生素耐药性小组，2艰难梭状Tox A/ Tox B，5弹性蛋白酶，7粪便潜血，12志贺氏菌“R00000001，"4杯保护素“
R00000001，"1 L
浏览 0提问于2018-03-23得票数 0
有七个不同的蛋白质存储在一个文件中，根据它们的残基名称。每种蛋白质都有不同的序列长度。现在，我需要计算每个蛋白质的质量中心，生成一个时间序列数据，我知道如何处理单个蛋白质，但不需要多个蛋白质系统。对于单一蛋白质，我可以这样做：import numpy as np
u1 =--
1016LEU SC112660 50.7
浏览 6修改于2022-03-01得票数 2
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所以，我正在用一种酶来消化一个蛋白质序列(为了引起你的好奇心，我称之为Asp-N)，它在由B或D编码的蛋白质之前，以一个单字母编码的序列进行切割。我的实际分析使用String#scan进行捕获。我正在尝试找出为什么下面的正则表达式不能正确地消化它...其中先行(.*\b)的存在是为了捕获序列的结尾。我的正则表达式做错了什么？
浏览 3修改于2011-05-19得票数 9
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我有一个大型的蛋白质表达数据集，像这样的样本，如: rep1_0hr，rep1_16hr，rep1_24hr，rep1_48hr，rep1_72hr……对于ggplot，需要将数据作为带有单个蛋白质集群标识列的数据提供。此外，我贴出的图片显示，在任何一幅图中，彩色线条的数量都小于蛋白质的总数，这表明数据集上可能首先出现了维数减少，
浏览 3提问于2022-02-25得票数 1
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