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我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。这是很重要的，因为许多蛋白质和相互作用是没有标记的，因此，如果某个特定的标记蛋白在一个簇中，就可以推断它们的功能。如果在一个代谢过程中有大量的蛋白质参与，人们可以
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我目前有一个蛋白质，这是我研究的重点(.pse文件)和几个配体(.pdb文件)，我希望与这个蛋白质结合，以查看它们在哪里以及如何结合。然而，对于给定的分子没有生物序列，所以我想知道我需要什么命令来一次将配体分子绑定到主要蛋白1。
当我从主蛋白质文件中打开配体文件时，我可以看到配体分子，但这是否显示了它们实际结合的位置的准确表示？
浏览 48提问于2021-03-10得票数 1
我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
我希望有两个文件，其中一个
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
我目前正在研究蛋白质的二元分类问题。目的是弄清楚突变是否会改变蛋白质的功能，使其从活性变为非活性。这种突变可以发生在组成蛋白质的氨基酸链中的4个不同但固定的位置。
浏览 7提问于2020-06-02得票数 0
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我正在做一个实验，测量网络中蛋白质对之间的相互作用。我也有一个积极和消极的对照，以显示“最少”和“最多”的相互作用量，蛋白质可能有可能。例如，如果阳性对照有"50“和负控制"5”(我使用Miller单位)，那么如何使用颜色梯度来显示我正在研究的蛋白质-蛋白质相互作用的强度。
这个链接“在网络上可视化表达式数据”会是一个合适的协议吗？
浏览 4提问于2022-07-11得票数 0
详细信息：，这是我正在研究的一个问题，在这个问题中，我试图确定蛋白质中的空洞。我得到了组成蛋白质的原子列表((x，y，z)坐标和半径)。空隙是一种空间，可以导致蛋白质的外部或外部。空腔是由蛋白质原子完全包围的空隙。这是我们正在研究的样本“蛋白质”的图像。它可以在三维中看到。在蛋白质中心附近有一个空洞，你所看到的穿过蛋白质的隧道将被认为是一个空空间，因为它不是完全被原子包围的。可以假定这个腔被四面八方的蛋白
浏览 1修改于2012-05-01得票数 6
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列？我希望我能在NC
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
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(例如，阿里-> @PROG$)背景(未指定)：我们先前的研究表明@PROG$ (ALI)和C-反应蛋白(CRP)是可手术性非小细胞肺癌(NSCLC)患者独立的重要预后因素。输出
背景(未指定)：我们先前的研究表明，@PROG$ @PROG$和C-反应性蛋白(CRP)是可手术性非小细胞肺癌(NSCLC)患者独立的重要预后因素。
浏览 3修改于2020-12-21得票数 2
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我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，这是我从blastp搜索得到的。从这些序列中，我需要有蛋白质名称、有机体、Uniprot ID，如果可能的话，还要有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息构建一个表。
有没有什么办法可以用python做到这一点？一些与Uniprot通信功能？如何解析fasta报头中的信息？
浏览 2提问于2013-02-13得票数 1
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我正在寻找工具/软件，以执行蛋白质折叠存在的RNA伙伴。我的部分蛋白质是无序的，我怀疑它会在与它的RNA伙伴相互作用时占据结构。如果有人见过任何文献或做过这样的研究，你能帮我如何继续吗？
谢谢你，多莉
浏览 0提问于2017-04-05得票数 4
具体来说，我需要代表一些关于蛋白质的信息，我需要包含的信息是与它们的功能相关的术语。例如，这些值包含在相同的属性“Function”上：而这些术语的多样化程度也很大。
浏览 2提问于2013-05-20得票数 2
我试图比较两组病人(对照组和干预组)进行多项研究访问。例如:血红蛋白、肌钙蛋白、肌红蛋白、肌酐、C反应蛋白(CRP)
这意味着我希望在不同的访问中看到这些群体之间的差异，例如干预组在第2次访问时的CRP低于对照组。
浏览 5修改于2022-01-24得票数 0
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我有一个不同短语的数组，如“蛋白质”、“蛋白激酶”、“功能蛋白”、“功能性蛋白”、"sox5“、”IL6“，现在如果我给出一个句子作为输入，”功能性蛋白激酶和il-6和sox5"，它必须提供输出为"{functional
浏览 6修改于2013-02-04得票数 1
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我正在开发一个函数，用于在线下载蛋白质.pdb文件，作为我正在创建的代码体的一部分，用于停靠由我们的AIBind机器学习模型生成的蛋白质和配体。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。谢天谢地，在字母折叠网站上有一个搜索功能，通过使用HGNC ID进行搜索，我收到了一个条目列表(其中最上面的条目是我正在寻找的蛋白质的99% )，如下所示；一旦我有了uniprot (在本例中显示为Q7K0E6)，
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
我的项目是基于MD模拟分析一个包含水盒和含有水通道蛋白的脂质双层的体系。在该系统上进行了150 ns时间步长的模拟，以研究水在脂质双层中的渗透和流动分析。我的工作分析之一要求计算通过这种嵌入蛋白的每个通道的水渗透事件(这种蛋白质包含形成四个水通道的四个单体)。我正在使用VMD执行我的分析。
我从网上拿到这个脚本冲浪。
浏览 6修改于2020-07-03得票数 0
我试图想象荧光蛋白可以有效地从一种能量转移到另一种蛋白质的范围。在这个过程中，一个非常重要的因素是两个蛋白质之间的距离。因此，我想绘制能量转移的理论图，作为这些蛋白质顶部距离的函数。我想要一个2D强度图，我可以用它来融入我的蛋白质模型。描述有效能量转移的函数是：E=能量转移效率R=荧光蛋白之间的实际距离
R的低值导致E的高值，这意味着有效的能量转移->绿色的高到目前为止，我尝试了网格+冲浪<e
浏览 7修改于2014-06-25得票数 0
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