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我有一个数据矩阵，其中包含100,000行的值，这些值对应于几种细胞类型的甲基化值。我想在集群热图中直观地显示甲基化的变化。为了使数据更易于管理，我正在考虑每10行左右创建一个新的数据矩阵。
浏览 0修改于2013-06-11得票数 0
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这是infileH,0,648,99.2,+,0,0,250I648M2220I,10-2,c4204,1S,1,2488,*,0,*,*,*,10-2,c17,4
H,1,798,97.4,+,0,0,1407I798M283I,10-2,c232,2H,1,796,98,+,0,0,628I796M1064I,10-2,c67
浏览 6修改于2017-07-10得票数 1
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我有一个数据表，列名为单元格类型(20种细胞类型)，然后是每种细胞类型的23000个基因的行名及其甲基化值(介于0到1之间)。确定甲基化值在以下范围内的基因数目: 0-0.0999，0.1-0.1999，0.2-0.29999等，每种细胞类型的甲基化值为0.9-1。我还想对整个数据表进行类似的分析(即甲基化值在上述范围内的基因数目)。
浏览 1修改于2017-09-10得票数 2
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start_end.append(date) start_end.append(date)['4-1', '10-2', '10-20', '10-4', '9-3']['4-1', '10-2', '10-2', '10-2', '
浏览 0提问于2019-06-04得票数 0
我有两个数据，一个是病人样本的协变量，另一个是样本的甲基化数据。我需要做t检验来比较按性别划分的甲基化数据。caucasiansample6 p6 1 caucasian甲基化因此，如果我想对前8个样本的甲基化数据和性别进行一系列的t检验，我是否可以指定：t.test(t(methylation[,1:8]) ~ covariates$sex)？
浏览 0修改于2018-10-17得票数 0
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例如，对于表达式"10-2^2^0.5"："10-(2^2) ^0.5"= 8或"10-2^ (2^0.5)" = 7.33485585731
浏览 19提问于2021-04-09得票数 0
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Matrix Expr包含每个基因和样本的基因表达；Matrix Methyl包含每个样本的这些基因的甲基化状态。是否有可能同时基于表达和甲基化信息对基因和/或样本进行聚类？
浏览 3修改于2016-05-27得票数 0
-\s(00-9|10-2):(00-9|1-59\d):(00-9|1-59\d)\s(AM|am|PM|pm))|((013456789|1012)/.-/.-\s(00-9|10-2):(00-9|1-59\d):(00-9|1-59\d)\s(AM|am|PM|pm))|((02)/.-/.-\s(00-9|10-2):(00-9|1-59\d):(00-9|1-59\d)\s(AM|am|PM|pm))|((02)/.-/.-\s(00-9|10-2):
浏览 1提问于2015-12-21得票数 0
数据集有两列-一列用于染色体上的位置(数字，整数)，另一列用于甲基化值(也是数字，双精度)，许多甲基化值缺失。这个想法是，距离应该基于染色体上的位置。我还有其他几个功能，但我选择不包括这些功能)。
浏览 66提问于2016-03-27得票数 3
\\)*(1-4*(3^2))*10/5+(10-2)现在的匹配是-第一个：(1-4*(3^2))和(10-2)。我想实现以下匹配：(1-4*(3^2))和(3^2)，(10-2)和，而不是，以捕捉2+4/2。我需要这个来计算雾化部件并替换为原始的类似：(1-4*9)有任何方法来做这个吗？
浏览 0提问于2018-06-14得票数 0
我正在用一种方法来找到甲基化调控的基因。该方法首先计算样品中每个基因甲基化与表达数据之间的相关系数。我应用这个第一个过滤器，我得到了418个基因的子集，其相关系数为显著(小于-0,3)。下一步是找出甲基化和每个基因表达的b样条三次回归系数。
浏览 1提问于2015-06-24得票数 1
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以下是一个例子-
CIMP - CpG岛甲基化表型
问题是，我已经能够使用re.findall('(\(.*?
浏览 2修改于2020-06-20得票数 1
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我有一个β甲基化值矩阵，维度如下:485577x894。
我想确定哪些β甲基化值> 0.5，这样我就可以从进一步的分析中排除它们。在这样做的时候，我需要数据保持矩阵格式。
浏览 2提问于2014-01-24得票数 0
错误：[cvc-模式-有效:值‘2021-06-30T06:30:00.000+02:00“对模式'(((((01-9)|(10-2))-((01-9)|(1\d)|(20-9)))|((((013578)|(102))-31)|(((01,3-9)|(10-2))-30)))|(((19|20)((02468)|(无效13579))-02-29))|((200-9)|(190-9))-((((01-9)|(10-2))-((01-9)|(1\d)|(20-8)))|((((013578)|(102))-31)|(((01,3-9
浏览 7提问于2021-05-27得票数 2
我在人类样本上进行了450K Illumina甲基化芯片，并想要寻找连续变量和β之间的关联，并对其他协变量进行了调整。为此，我使用了R中的CpGassoc包。我还想根据重要的CpG站点搜索差异甲基化区域。然而，Champ软件包和其他用于450K DMR分析的软件包中的探头套索函数总是假设需要找到DMR的2组。我没有两组，而是这个连续变量。
浏览 2提问于2015-09-25得票数 0
pd.DataFrame(['2018/10/02, 10/2', '02/20/18', '10-31/2018', '1111-0-1000000', '2018/10/11/2019/9999', '1002/20/183 1111-0-1000000
4 2018&#
浏览 25提问于2018-08-25得票数 5
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