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我已经在我的Ubuntu16.04LTS上安装了Genymotion和VirtualBox。我可以从破折号中访问VirtualBox并运行它。在安装Genymotion期间(在执行.bin文件之后)，终端消息还指示存在一个有效的VirtualBox，在安装过程中，我在终端上得到了以下输出：- Extracting files ........................
浏览 0修改于2020-09-25得票数 0
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我有两个大的基因组区域列表，以两个床文件的形式，有很多工具帮助我检查这两个列表的重叠。
任何给定的区域(一个来自列表A，另一个来自列表B)，只要它们在任何坐标中重叠，它们就称为重叠。
浏览 3修改于2015-07-09得票数 2
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我有一个脚本，目的是检测沿着染色体的基因之间的差距，这些间隙的坐标，并为这个缺口指定一个类别。当输入数据按start排序时，下面的输入无法正确工作，因此它无法检测到第三个基因重叠于第一个基因，只有当基因2和3重叠时才进行检查。2899 -chrII 5790 6125 +期望的输出是系统检测基因1-3相互重叠，从而忽略它们-
浏览 4修改于2015-06-17得票数 1
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我有一个大型数据集，其中包含一列基因名称和四列检测方法(在本例中，我将它们称为X1、X2、X3和X4)。我想选择至少通过两种检测方法选择基因的行。1 0 0 11 E 0 0 1 0 总之，我想选择行1,2,3 (方法X1，X2和X3检测到基因A)和行7,8,9，其中方法X2和X3检测到基因D。
浏览 16提问于2020-12-01得票数 2
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我有一个含有基因名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量，指示检测到基因的样本。基因必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。也就是说，这个矩阵中的所有基因都出现在4个或4个以上的样本中。编辑:这个问题源于尝试重新创建这个：
离群点分析是基于这样的假设，即同一类型的样本(细胞)也有一组共同表达的基因。离群点算法迭代地对表达文件中的低表达基因进行修剪，直到95%的剩余基因的表达超过了为一半样本设定的检测极限
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
我想做一个闪亮的应用程序，用户可以选择基因。然后他会看到那些基因的所有情节。),
uiOutput('out1')) ) })seurat_genes是使用Seurat进行分析的数据，这是一个用于单细胞RNA-seq数据的库.因此，用户指定要查看哪些基因FeaturePlot是Seurat的
浏览 1修改于2020-05-13得票数 1
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我有一个基因列表，我需要识别列表中的基因是否存在于‘文章标题’中，如果存在，请找到句子中基因的开始和结束位置。 开发的代码确实识别了基因，并检测了基因在句子中的位置。然而，我需要帮助找到基因的起始位置和结束位置。
浏览 33修改于2019-01-05得票数 0
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对每个个体进行了30000个基因检测。与B组相比，我们期望A组个体相对没有压力，因此，我们寻找在B组中高表达但在A组中低表达的基因簇，确定这组基因是有用的，因为这些基因可以解释对压力的生物学反应。A组中的一些个体与B组有一些基因被上调，但A组中的一两个个体也有这种上调。是否有一种策略来发现A组中的所有个人都具有相同属性，并且与B组中的所有个人都不同，同时知道这两个组应该是不同的。
浏览 3修改于2016-01-17得票数 0
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我最近获得了MinION的USB基因组(DNA)测序器，令我失望的是，它似乎没有在Ubuntu中正常工作。我要附上这个过程的截图。任何帮助都将不胜感激！
📷
浏览 0修改于2012-06-11得票数 11
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我想要检索一系列区域内的基因。MIR1221 23436575 25436656 MIR488
我想得到属于这些区域的基因我尝试过使用biomaRt和bedtools相交，但是我得到的输出是一个对应于所有区域的基因列表，而不是一个一个的，因为我想要得到的输出是每一行中的基因，而是在单独的行中，如果我一次做一个查询区域。基本上，我想知道哪些基因属于每个区域，但仍然能够识别哪些基因属于哪个区
浏览 2修改于2018-05-03得票数 2
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在我工作的研究组中，我们必须每天解决以下问题--数百次，甚至数千次:给出一组假定的基因名称(通常是几百个)，标记那些不在我们(MySQL)数据库中的基因名称。当然，最简单的方法是迭代基因名称列表(当然，在删除任何重复的基因名称之后)，对于每个基因名称，执行如下的操作或
SELECT * FROM gene WHERE genename = 'GENENAME
浏览 0修改于2015-11-21得票数 0
我正在分析基因组数据，寻找一种快速从噪声中解析出重要峰值的方法，以获得一系列跨染色体的统计指标(例如Tajima's D)。有没有人知道实现Garvilov和Adler (2011)中描述的峰值检测协议的脚本，多次测试本地最大值以检测1D中的峰值。
浏览 2提问于2013-10-12得票数 0
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当像我们一样处理简单优势时，一个简单的谱系图就足以找出每个人的等位基因，或者他们所拥有的基因的版本。在简单的支配地位中，拥有显性等位基因(用大写字母表示)的人将始终具有该版本所代表的特征，而不管其他等位基因如何。需要两个隐性等位基因(用小写字母表示)才能表达该版本。其表型为A或a，A为显性等位基因，a为隐性等位基因。同一世代的联系是婚姻，在不同的世代是子女和父母。你必须尽可能多地找出每个人的基因型。
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浏览 0修改于2015-06-12得票数 22
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我正在写一个分析序列等位基因的程序。我已经编写了读取文件并创建头数组和序列数组的代码。代码的下一部分将检测等位基因序列是完整的还是不完整的。如果>DQB1 1序列中有4个以上的断裂，则一个等位基因被确定为“不完全”。(休息以“-”表示)。例如，上面的序列被破坏了，因为有五个中断。我正在编写代码，如果检测到一个不完整的等位基因，程序将创建一个新的数组，其中只有>GENDX和>OMIXON报头和序列。
如何制作不包括>DQB1 1的数组？
浏览 17修改于2016-08-08得票数 1
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我有一个关于OTUs和基因之间的相关性的data.frame。这些相关性将使我能够构建基因组。这个data.frame有1105854行。g<-graph.data.frame(df) 然后，我想提取这个图的组成部分来构建基因组:我的意思是，一个组成部分将对应于一个基因组。，这要归功于我的OTUs表和EMBL-EBI基因数据库。我可以确定每个重建的基因组是否有意义。我还查看了文档，我发现了许多其他的社区检测方法:边缘中间，卢瓦恩，多层次...我想知道我使用的命令行
浏览 18提问于2019-06-12得票数 0
基于这个应用程序，我正在考虑用它来存储来自单细胞基因组学实验的计数数据--假设i和c都是整数。这对i,c意味着在一个特定的生物细胞中，基因i被检测到c次数。如果在给定的细胞中观察到n个不同的基因，那么这就占用了O(n)空间。解释说，为了存储n个不同基因的计数，计数-min草图也占用O(n)空间。(基因的标识符作为字符串数组单独存储。)
浏览 2修改于2020-10-16得票数 4
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