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我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的变化模式是否与第一个参考基因相关。这对每个单独的基因都是重复的。因此，以一个数据
浏览 16修改于2019-01-27得票数 0
我想进行一个方差分析来识别差异表达的基因。在寻找差异表达的基因之前，我应该使用分位数归一化或中位数绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过RMA获得的数据应用方差分析？
提前谢谢你
浏览 3提问于2011-03-02得票数 1
我正在在线学习这篇教程，以分析细胞类型之间的RNA-seq数据。https://combine-australia.github.io/RNAseq-R/06-rnaseq-day1.html 我已经能够使用我自己的数据来执行其中的大部分，但我现在正在尝试执行路径丰富分析然而，我遇到了问题，因为我不能标记我的初始重新计数矩阵的行，因为它考虑到了基因ID。 我尝试简单地使用Gene创建一个新列，但是这会将矩阵更改为数据帧，并阻止我使用DGEList。
浏览 63修改于2020-01-03得票数 0
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我有一个包含患者数据/存活率和基因表达数据的数据帧，如下所示library(dplyr); library(survival) coxph( Surv(time, event) ~ group, data=datafr
浏览 5修改于2016-12-29得票数 0
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基因数不同的单细胞数据如何整合进行后续分析？
r 语言、生物基因、数据分析、数据
我下载的单细胞数据集中，每个单细胞数据的基因数彼此都不相同，这种数据集该用什么方法进行整合？？上面几个数据中 每个数据中的基因数都在2万个左右 但是基因数不一致 那么这四个数据该如何整合起来做后续分析？用harmoy吗？具体如何操作？
浏览 111提问于2025-12-15
我已经进行了阿弗莱米特里克斯数据分析与橄榄和角膜缘。现在我需要对上调和下调的基因进行基因富集分析(在EnrichR上，通过搜索基因符号)。然而，当我注释我的数据(使用clariomshumantranscriptcluster.db库，因为我100%确信数据属于人类细胞)并为每个探针ID找到相应的基因符号时，许多ID都给出了"NA“值。在Affymetrix.com上读到这篇文章后，我非常困惑：“以"TC”开头的注
浏览 7提问于2022-03-24得票数 0
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我有一个.csv格式的数据帧。该数据帧包括34500行。在此文件中，显示了RNAseq分析结果的列表。这里的问题是一些基因有多个结果，我应该为每个基因选择一个条目，这个条目应该具有最大的p值。我编辑了我的数据，我只有“基因符号”和“p值”信息。提前谢谢。
浏览 6修改于2019-08-05得票数 1
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我在mongoDB中有一组东西(基因)。我正在做一项分析，看看每个基因和另一个基因有多相似，我想把这些信息存储在数据库中。目前，我在数据库中有不同的文档，其中包含每个基因的信息，比如该基因来自什么物种以及DNA序列。当然，每一个都有一个唯一的标识符_id。我的问题是，存储这些关系的最佳数据模型是什么，以便我可以检索它们以供进一步分析？换句话说，有时我会想抓取perc_identity > 95中的所有对。其他时
浏览 4修改于2017-09-22得票数 1
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我正在研究一个由大约24000行(基因)和1100个列(样本)组成的RNA数据集，该数据集是由制表符分开的。为了进行分析，我需要选择一个特定的基因。如果有一种基于行号的行提取方法，这将是非常有帮助的？那样对我来说比用基因的名字容易多了。下面是数据(4X4)的一个示例-
A1BGAURKB
我也在上询问过。
浏览 0修改于2020-06-20得票数 0
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我有两个数据集，每个数据集的形式如下：Gene2Name, 445...这两个数据集的基因名称是相同的。第二列上的数字是对应基因的表达计数。
我想对这些数据进行差异基因表达分析。为此，我使用了一个库。
浏览 18修改于2019-05-15得票数 0
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我是编程新手，正在做一些基因表达分析。我有一个非常天真的问题。我有几个基因表达数据框，以基因名称为行，以细胞名称为列Example gene exp. data frame。我想对数据进行对数转换，但是把log2和log+1搞混了。如何对R中的数据帧执行log2+1 ( log (x + 1))转换？它和log2转换是一样的吗？我应该做t=log(v+1)吗？
浏览 29提问于2021-10-12得票数 0
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我是这个网站的新手，也是聚类分析的新手，所以如果我违反了约定，我很抱歉。
我一直在使用Cluster3.0来执行具有欧几里德距离和平均链接的层次聚类分析。Cluster3.0输出一个.gtr文件，其中包含一个连接基因的节点及其相似度得分。我注意到，.gtr文件中的第一行总是将一个基因与另一个基因链接在一起，后面跟着相似度分数。在我的数据集中，我有8个基因，并创建了一个距离矩阵，其中d_{ij}包含基因i和基因j之间的欧几里得距离。然后
浏览 1提问于2013-05-12得票数 0
我有两个数据帧：df2 (需要分析的基因列表--每个基因都是一个列名，没有任何额外的数据)df1 <- data.frame(matrix(ncol = 4, nrow = 0))
x1 <- c("na
浏览 1修改于2020-03-24得票数 1
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R语言进行生信分析，GO分析goplot()反复报错？
r 语言、函数、脚本、可视化、数据
**R语言生信GO分析报错**自己运行时反复报错library(dplyr)library(stringr)
#(1)输入数据：上调和下调
浏览 304提问于2024-10-19
事实上，我正在研究一个包含16000个基因的载体。我试图编写一个for循环，在每次迭代时，应该从数据集中删除100个基因并进行聚类分析(对16000个基因进行聚类，用15900个基因进行聚类，用15800个基因进行聚类，等等)。我的想法是从向量中列出一个列表，其中每一个元素都是一个基因向量，增加100个基因(第一个元素100个，第二个元素200个，第三个元素300个，第160个元素，总共16000个基因)。
浏览 5提问于2022-06-20得票数 -1
我目前正在处理如下生物数据： public String getChromosome(); publicSet<String> getGenes();(变异体在基因组中的位置可能与某些基因重叠)。我已经写了一些
浏览 0修改于2017-10-11得票数 0
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我在R中有一个数据框架，其中包含拟南芥中类似基因的基因ids，如下所示：AT1 AT2AT1 AT2AT2 AT1
与基因名称对应的“ATx”。现在，对于下游分析，我只想继续使用唯一的对。有些对只是简单的重复，在使用duplicated()函数时可以很容易地删除。然而，上面人工数据帧中的第五行也是重复的，但顺序相反，不会被duplicated()或unique()函数捕获
浏览 1修改于2019-05-25得票数 13
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