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我把一个基因组序列分成了不同的基因，我想把它们写在一个文本文件中。我想在每个基因序列之前添加一个标题(基因的名称)。我已经创建了一个基因名称列表，将其添加为标题。它们需要按照列表中给出的顺序添加。= f) print("\n", file = f)
break 特征是包含基因名称的列表
浏览 23修改于2020-04-03得票数 1
我有一个基因的列表，例如: ITGB1，RELA，NFKBIAx = ['ITGB1', 'RELA', 'NFKBIA“186972394”所以：这得到了我想要的信息，其中包括序列，所以现在要问的问题是：，我如何搜索
浏览 4提问于2012-11-26得票数 3
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我有以下代码，它读取一个包含10个基因序列的FASTA文件，并将每个序列作为一个矩阵返回。然而，代码似乎在最后一个序列中丢失了，我想知道为什么？
浏览 21提问于2019-02-08得票数 2
我想使用以下格式的txt文件(dict)，第一列中有基因和序列的区域(起始位置、结束位置)ORF3a 25393 26220S 21563 25384从Genbank (GENE.fasta.txt)读取一个FASTA文件，以便输出的是基因名，然后是每个基因的起始和终止之间的序列以下是FASTA文件的开头
严重急性呼吸综合征冠状病毒2株武汉-H
浏览 10修改于2022-10-01得票数 0
我需要用混沌游戏表示来表示许多基因序列，我从Boštjan Cigan的博客(š)获得了这个python代码 pylab.show()
这段代码运行良好，但我有许多序列文件
浏览 1修改于2017-06-12得票数 0
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我有基因序列，可以在其中包含实际的字符串文本，我想用regex删除。我想尝试用regex通用的方式删除错误的文本。我想删除所有字符最多10个字符之间的任何无效字符。BADTEXTATTHEBEGINNINGATCATCGGCCCATGCATMOREBADTEXTINTHEMIDDLEGCGGGGATCGCCCCTTTAAAATHISISSOMETEXTATTHEENDIWANTREMOVED
有效的序列字符是我知道G在这个最后的序列的开头是单词开始的最后一个字符，这是字符串开头的“坏”文本。我意识到用正则表达式是不可能识别
浏览 1修改于2022-08-12得票数 0
我对编程还比较陌生，我很想得到一些关于我的代码的以下部分的反馈。 def __init__(self, gene_symbol, gene_id): # Example: 'RHO' (short for 'Rhodopsin')
# gene_id represents
浏览 0修改于2015-12-05得票数 6
我有一个DNA序列，像这样：cgtcgctgtttgtcaaagtcg....但是，例如，我只想查看字母5到200，并将字符串的这个子集定义为新对象。
浏览 0修改于2016-02-17得票数 4
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我试着创建一个程序来检查基因组序列。生物学家使用一系列字母A，C，T和G来模拟基因组。
基因是基因组的一个子串，起始于三胞胎ATG，结束于三胞胎标记TAA或TGA。此外，基因串的长度是3的倍数，该基因不包含任何三胞胎ATG、TAG、TAA和TGA。
浏览 8修改于2020-05-14得票数 0
我可以使用什么正则表达式来删除下面记录中的数字和空格？ 61 ttctctggcc cctggtcctg tcctgttctc cagcatggtg tgtctgaagc tccctggagg 181 tggggacacc cgacgtaagt gcacattgcg ggtgctgagc tactat
浏览 3修改于2016-05-12得票数 0
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我正在尝试使用Python正则表达式从基因组数据库中提取基因组序列；我已经粘贴了下面数据库的一个片段。CTTTCCTTTGCAAGGACGACACTCCTTATTCCGACGGCACCGGAAACCCTGATTCTGGAGATGACTACAGTGCCGCACCA GACATCGACCACATCAACCCACGGGTTCAGCAAGAGCTAA
我要做的是获得GSVIV01031740001 (中间序列)的基因组(ACGT)序列，而不是其他序列。
浏览 6修改于2015-03-19得票数 2
我有一个基因in的列表，以及它们在R中的序列。ATGCGGGCGGGGGTCGTCGA"
[1]"ATGCGGCGCGCGCGCTATATACGC"
[1]"ATGCGGCGCCTCTCATCGCGGGGG"
我想将R中那个列表中具有相同基因in的序列组合起来。
浏览 5修改于2016-05-12得票数 2
我正在尝试使用bioconductor的getBM()函数来检索某些基因的序列。
浏览 195提问于2020-06-04得票数 0
如何使用Python高效获取基因组序列？例如，从.fa文件或其他容易获得的格式？我基本上想要一个接口fetch_seq(铬，链，开始，结束)，它将返回序列开始，结束在指定的链上的给定染色体上。
浏览 0提问于2010-07-07得票数 5
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我想写一些在FASTA文件中读取的代码，其中一个热编码序列必然会保存到一个文件中。FASTA文件是生物信息学中常用的基于文本的文件格式。下面是一个例子：ACGTCTCGTGCACGTTGGGGGGAGGGTCTGGGT它有一个带有>的头字符串，然后是一些遗传序列这个序列中的每个字符都代表一个核苷酸。例如，"A“代表腺嘌呤，"N”代表未知。序列中可能的字符数量是有限的，但是有一些编码允许不同的表示。但这对我来
浏览 0修改于2021-12-29得票数 5
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我的目标是从NCBI下载完整的后生动物基因组序列。我有一张我需要的基因组序列的唯一ID号的列表。
浏览 3修改于2016-05-30得票数 1
我编写了一个脚本，它使用GenBank文件和Biopython从GBK文件的序列部分获取给定基因的序列，我的同事在他们的工作中使用该序列。我们现在在一个新的数据集上遇到了一些问题，结果是下载的GBK文件没有包含序列(从NCBI的GenBank网站下载时很容易发生这种情况)。Biopython没有抛出错误，而是在使用record.seq[start:end]时返回很长的Ns序列。从一开始就抓住这个问题的最简单的方法是用错误消息停止脚本吗？
浏览 4修改于2014-08-28得票数 0
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我只需要从NCBI (GenBank(full)格式)下载完整的基因组序列。我对“全基因组”而不是“全基因组”感兴趣。gatunek, property='complete genome' )#title='complete genome[title]')结果我只得到了基因组的小片段我知道如何通过NCBI网站手动操作，但这非常耗时，我在那里使用的查询：
escherichia[orgn] AND compl
浏览 4修改于2013-08-27得票数 3
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