如何使用perl镜像基因序列

Question

因此，我的问题是如何在perl中镜像基因序列？基本上，我有一段代码，如下所示：

 m/(([ACGT]{4})\2)/

这与连续四个字母中的任何一个匹配4次*2次...例如: CGAG CGAG (不带空格)。如何让这段代码打印出CGAG，后面跟着GAGC，而不是CGAG (第二个的镜像？任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

pff，true-regexp方法是：

m/(([ACGT]{4})\s*(??{ my $b = reverse $2; $b }))/

perl -E 'warn "CGAG GAGC" =~ m/(([ACGT]{4})\s*(??{ my $b = reverse $2; $b }))/'
CGAG GAGCCGAG at -e line 1.

但这还只是一个实验性的特征...

你可以像这样做smth

my $str = "CGAGGAGC";
index($str, $1 . reverse($1)) != -1 && print "$1" . reverse($1) . " at " . (pos($str) - 4) while $str =~ m/([ACGT]{4})/g;

Answer 2

使用reverse和split：

$ perl -le 'print reverse split //, "GAGC"'
CGAG

Answer 3

如果我没记错的话，您想找一个palindromic secuence.。

在您的情况下，您可以这样做。

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use 5.014;

my $dna = "TGCACGAGGAGCTTAC";

my ($match) = $dna =~ m/(([ACGT])([ACGT])([ACGT])([ACGT])\5\4\3\2)/;

say $match
#CGAGGAGC