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然后，每个转录本都具有在外显子计数中指定的设定数量的外显子(例如，8)。较大转录本中每个外显子的开始和结束由exonStarts和exonEnds列表中的匹配值指定。例如，本例中的第一个外显子的范围是134212702到134213049。内含子位于外显子之间，因此第一个外显子从134213050到134221528。现在我想使用从TxStart -2000到TxStart + 2000的启动子定义来重做这个分析。然而，似乎在使用此代码的外显子和启动子
浏览 1修改于2013-07-03得票数 0
然而，我的程序不应该阅读用英语写的文本，而是包含DNA序列的文本，其中一个基因的所有外显子都用大写字母写，所有内含子都用小写写。简单地说，我的程序应该把DNA序列作为输入(作为.txt文件)，然后告诉我外显子与内含子相邻的所有位置。因此，对于上面显示的测试input.txt，它将输出：
这个程序的目的是在我作为.txt文件提供的任何基因中找到所有所谓的‘剪接供体位点’，然后进一步分析它们(技术术语:剪接供体位点是一个mRNA转录子的外显子/内含子边界上的9个碱基的序
浏览 2提问于2017-08-11得票数 0
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第一个文本有两个外显子，第一个被称为MSTRG.1.1_1_30，长度为30个字母。第二个外显子(片段)有20个字母。相反，另一个转录本有三个外显子，每个外显子有30，10和15个字母。，所以对于转录本1，因为有两个外显子，所以只有一个合并的序列是由外显子1和2组合产生的。对于转录本2，如果存在更多的外显子，结果将是两个组合，外显子1和2，以及外显子2和3，依此类推，从而得到n-1个组合，其中n是外显子的数量。除此之
浏览 13提问于2019-07-04得票数 1
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我有一个文件，它有一个文本条目，然后下面的几行是相关的外显子。有时这可能是一个外显子，因此是一个后续行，有时有'n‘个外显子，所以'n’后续行如下所示：2 Cufflinks exon 8259370 8259803
只有当抄本后面有两个外显子时，我才会打印出抄本和相关的外显子行。对
浏览 0修改于2017-08-02得票数 1
我想为人类基因中所有可能的外显子创建一个文库。这不能通过Ensembl中提供的gtf文件来实现。因为我想要创建所有可能的外显子组合以及外显子和内含子的mRNA。
浏览 21提问于2021-02-08得票数 0
程序将从输入file中顺序读取DNA数据，当它遇到外显子和内含子时，它会将它们写出到单独的file中。发现的第一个fi外显子将写入exon1.txt，发现的第二个外显子将写入exon2.txt，依此类推...类似地，发现的第一个fi内含子将被写入到intron1.txt中，发现的第二个内含子将被写入到intron2.txt中，依此类推……
外显子是一个密码子序列，总是以密码子ATG开始，以以下密码子之一结束: TAA、TGA或TAG。任何不以这些密码子开始或终止的序列都是一个内含子.While，它扫描数据中的外显子</em
浏览 1修改于2013-04-13得票数 0
我有一个包含所有外显子和外显子所属基因的数据框架。当前的外显子名称并不代表它们的顺序。我已经根据起始基因组位置对它们进行了排序，所以现在我只需要生成一个列，根据基因给它们一个序号。数据帧顶部的示例：GENE1，"789"，GENE1，"102"，GENE3，"542"，这就是我想要的数据框的样子：
基因<
浏览 18提问于2021-05-01得票数 0
基本上，我所做的是取一个mRNA序列，并剪接出序列中的外显子。我给函数一个序列和外显子的位置，然后它必须将它们拼接出来并返回mRNA的字符串。作业的重点是我们不应该使用列表理解、拆分或连接方法。newseq += seq[i] return newseq
与现在一样，我的代码返回的mRNA序列中只有第一个外显子拼接出来，而没有外显子位置列表中的任何其他外显子。
浏览 1修改于2016-04-09得票数 0
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我正在尝试根据包含外显子所属基因信息的另一个文件，从一个文件中折叠外显子。Exon1 Gene4Exon3 Gene8另一个文件是包含外显子名称和序列的快速文件，例如：ACGTCGATTTCGATCAACGTCGATTTCGATCAACGTAAACGTCGATTTCAGCGGATCACCCACGTCGATTTCGATCAACGTAA
因此，我的目
浏览 1修改于2017-03-26得票数 2
我正在分析RNAseq数据，为了实现规范化，我需要使用读计数除以列表中每个基因的外显子长度之和(以千字节为单位)。
外显子长度。正如您所看到的，我列表中的每个基因都有不同的外显子号，因此geneID将被列在不同的行中，但我想在最后得到的结果如下：ENSG00000000003
浏览 0修改于2018-04-20得票数 1
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每个外显子有多个条目，每个外显子与不同的探针之间的距离。有什么想法吗？编辑：宾果！通过使用group和下面的代码，我已经找到了我想要的东西。每个外显子具有所有正确信息的最小距离：
浏览 1修改于2013-10-02得票数 2
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例如，我有大量的基因列表，对于每一个感兴趣的基因，我都有所有外显子的坐标。1200 1350
如您所见，geneA有两个外显子，geneB有三个外显子。我希望执行如下命令，以返回外显子坐标内DB中所有元素的计数。(有些基因可能包含数十个外显子)，在执行总体命令之前，我需要为每个外显子附加一个附加的“和位置在exon_end和exon_start之间”的条件语句。，这就好了，但是我如何处理可能非常长的外显子列表呢？
浏览 4提问于2014-03-06得票数 0
$featurestart{$start} = $start;我需要找到外显子的长度，使用我从regex生成的散列。= $type; } }
GTF文件的每一行为:1未知外显子外显子在不同的行之间不同，它可以是外显子，或者cds等，每行只有一个外显子，所以计数外显子这个词的出现次
浏览 6修改于2014-04-09得票数 1
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“我加载了一个从Gencode创建的TxDb对象，并对其外显子进行了查询，然后使用lapply从每个具有>1个外显子的记录中获取所有的最后外显子：Gencode <- loadDb或者，我如何才能以避免这个问题的方式获得每个转录本的最终外显子呢？
浏览 7修改于2021-12-13得票数 0
我有关于哪些核苷酸位置是内含子和哪些是外显子的数据。我想要创建第三列，并能够指定哪些区域是内含子(作为“内含子”)和哪些是外显子(作为“外显子”)。作为一个例子，假设在核苷酸位置1-70000，我想指定10000-10200,17800-21000,43000-54000作为内含子，并保留作为外显子在另一列(假设的数据)。
浏览 4修改于2018-02-01得票数 2
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第三列包含一个外显子号。每个基因由多个外显子组成。第四列包含每个外显子的长度。这意味着，当每个基因(列基因)有多个转录本(列转录本)时，我需要将该基因的所有外显子的长度列中的值之和。我以前使用过散列，所以我想把“gene”和“transcript”作为两个不同的键存储：
#!
浏览 4修改于2015-04-25得票数 0
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注:由于也有外显子变异，没有氨基酸变化，我想过滤外显子变异，其氨基酸变化提到了第13栏。例如，可以同时将变体定义为外显子、UTR和内含子(基于所使用的不同数据库)。
我要过滤真正的外显子变体，因为一些外显子变体没有氨基酸变化(p.*)。
浏览 0修改于2022-01-19得票数 -5
relates each line of the data to a specific number in the index print exon_test
我得到了一堆不包含“外显子”的线条，而对于“外显子”，它们给了我“外显子”。因此，我知道我可以使用re.
浏览 1提问于2012-09-23得票数 0
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这些子子在这里被定义为外显子。我不希望我的外显子重叠(真正的序列比这里的样本长得多)。我希望在M和< STOP >之间至少有两个字符。MFPQRKFT', 'MRNGTLLERG']", "['MEKGYADAE', 'MTVRAGCCGI']"但是现在我只得到了一个有几个外显子的列表，在每一个<em
浏览 3修改于2021-05-11得票数 2
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