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我目前正在尝试进行全基因组分析，我真的想知道我是否使用了正确的结构格式。我在网上找不到关于如何以及在哪里存储数据以提高效率的真实信息。'TGTCT00CTGA'],]
其中第一个字符串是第一个染色体分析
浏览 2提问于2016-12-07得票数 0
我只需要从NCBI (GenBank(full)格式)下载完整的基因组序列。我对“全基因组”而不是“全基因组”感兴趣。gatunek, property='complete genome' )#title='complete genome[title]')结果我只得到了基因组的小片段我知道如何通过NCBI网站手动操作，但这非常耗时，我在那里使用的查询：
escherichia[orgn]
浏览 4修改于2013-08-27得票数 3
下面是一个FASTA文件的示例：(注意，序列之间有一条额外的行，在原始fasta文件中不是这样)
全基因组NC_001501.1肠杆菌噬菌体phiX184 sensu
全基因组
浏览 2修改于2017-06-28得票数 4
我正在使用一个全基因组关联研究数据集，p值从1E-30到1。我有一个R数据框架“数据”，其中包括p值的变量"p“。我需要执行p值的基因组校正，这是我使用以下代码所做的：有办法绕过这件事吗？
浏览 2提问于2014-06-16得票数 0
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是的，这是DNA，来自全基因组。我从包含不同脚手架的fasta文件中提取了这段DNA (在本例中是10和11 )。编辑:问题继续在这里：使用gff2而不是bash脚本从全基因组中提取部分DNA序列.
浏览 0修改于2017-04-13得票数 4
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我目前正在使用(用python和Scala编写的基因组分析库)运行基因组分析管道。最近，Apache 3发布，它支持GPU的使用。
我尝试了库，用gpu节点启动了一个前提下的slurm集群。
浏览 7提问于2021-09-21得票数 2
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在我的基因组分析的最后一部分，我必须制作一个与基因功能相关的饼图。我有一个excel电子表格，上面有基因功能和相应的字母类别(COG字母栏D在屏幕截图中)，为了制作饼形图，我需要按C列过滤，这样我就可以根据我在分析的某些部分看到的基因组数量来调整基因组的数量，然后计算这个字母在大约
浏览 3提问于2021-06-21得票数 0
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我试图在一个类似于这样的文件中替换头部：蜜蜂 NC_037638.1 DH4连锁群LG1 Amel_HAv3.1全基因组猎枪序列
LG1
*LG1 is just an example, depending on
浏览 7提问于2022-11-19得票数 1
我正在使用scikit--学习做一项全基因组的关联研究，其特征向量约为100 SNPs。我的目标是告诉生物学家哪种SNP是“有趣的”。
浏览 0修改于2016-03-05得票数 7
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该函数还采用两个基因组，它们是具有5行10列的numpy 2d阵列的形式。基因组中每个位置的值要么是没有发生突变的地方的5个零，要么是对应于突变发生的点的突变列表的值。下面是一个基因组的例子，该基因组在位置0还没有突变，但在位置1已经有了突变。
[ [0, 0, 0 , 0, 0], [5, 2, 5 , 7, 8] ...]我试图完成的是高效地(我有一种有效的方法，但它是缓慢的)从我的两个基因组中生成子基因组，这是一个numpy数组和两个父基因组的随机组合(也
浏览 0修改于2014-03-17得票数 0
我正在处理大约1800个非典型肺炎冠状病毒2的全基因组序列，我只想保留"EPI_ISL_NC045512“模式，它在两个"|”之间。
浏览 1修改于2021-11-08得票数 0
我有基因组文件，我希望每个用户都能上传他们自己的基因组文件，但是他们只能有一个。我希望这样，如果他们试图上传另一个，那么他们将只是替换基因组和形成数据为他们的最后一个条目。我正在使用他们的条目，以及使用这个站点的n个人(每人也有一个条目)作为样本，根据这个人的基因组进行分析，所以我想要保存一个模型文件，里面装满了基因组，名字，性别等等。但每个用户只有一个。render(request, 'Upload.html', {
'form&#
浏览 5提问于2022-01-27得票数 0
我有一个基因组数据文件，大约有500万行长，应该只有A，T，C和G的字符。问题是，我知道这个文件应该有多大，但它比这个稍微大一些。这意味着，某种分析出了问题，或者有一些线条包含了基因组数据以外的其他东西。
有没有办法找出除了A、T、C或G之外的任何线？由于文件的性质，任何其他字母、空格、数字、符号都不应该出现。
浏览 0修改于2018-08-31得票数 7
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我的想法是执行RNAseq分析(9个样本配对，18个fastQ文件)，主要是执行FastQC和映射尝试不同的比对。下载Bam文件，然后在家中继续使用我的计算机。然后我转到基因组学API，出现了第一个错误：我怎样才能进步呢？在试用期内可以做我想做的事情吗？
向您致敬，Fer
浏览 6提问于2018-10-24得票数 0
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