对于R中的小p值，Z-分数四舍五入为无穷大

Question

我正在使用一个全基因组关联研究数据集，p值从1E-30到1。我有一个R数据框架“数据”，其中包括p值的变量"p“。

我需要执行p值的基因组校正，这是我使用以下代码所做的：

    p=data$p

    Zsq = qchisq(1-p, 1)

    lambda = median(Zsq)/0.456

    newZsq = Zsq/lambda

    Newp = 1-pchisq(newZsq, 1)

在第二行的命令中，我使用qchisq函数将p值转换为z分数，p值< 1E-16的z分数被四舍五入到无穷大。这意味着我最重要的数据点的p值在基因组校正后四舍五入为0，而我就失去了它们的排名。

有办法绕过这件事吗？

Answer 1

读help(".Machine")。然后设置lower.tail=FALSE并避免使用1的差异：

p <- 1e-17

Zsq = qchisq(p, 1, lower.tail=FALSE)

lambda = median(Zsq)/0.456

newZsq = Zsq/lambda

Newp = pchisq(newZsq, 1, lower.tail=FALSE)
#[1] 0.4994993