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  • 来自专栏分子生物和分子模拟计算

    荧光探针分子与蛋白质的作用

    通过分子对接和分子动力学模拟,验证探针分子与蛋白的作用形式和结合位置,解释荧光发光的机理。

    45630发布于 2018-07-03
  • 来自专栏DrugOne

    Nature | 全新设计的跨膜荧光激活蛋白

    这些 tmFAPs 能够特异性激活目标荧光配体 (HBC599),显示出 中纳摩尔亲和力,并且 亮度和量子产率 显著高于 增强型绿色荧光蛋白 (EGFP)。 研究目标 通过结合深度学习 (AlphaFold 2, ColabDesign) 和能量优化 (Rosetta),设计具有 高活性和高特异性 的 荧光激活跨膜蛋白 (tmFAP); 验证设计蛋白在 细菌和真核细胞膜中 的 荧光激活功能和结构稳定性; 证明 人工化学物质 (HBC599) 与跨膜蛋白在膜环境中 的 非共价相互作用 可以被 精准设计。 研究方法 本研究采用 两步设计协议: 水溶性荧光激活蛋白 (wFAP) 的设计 利用 四螺旋束 (four-helix bundle) 背骨,构建 中心口袋,以 氰基苯乙腈 (HBC599) 作为目标荧光配体 实验验证与结构解析 荧光激活实验 体外荧光激活实验:在 E. coli 和 CHO 细胞 中表达后显示出 强烈的荧光激活; 配体结合亲和力 (Kd) 测定:通过 荧光滴定实验 计算 HBC599 的 Kd

    27310编辑于 2025-02-20
  • 来自专栏生命科学

    细胞转染、重组蛋白荧光素酶检测试剂盒实验 | MedChemExpress

    载体构建过程中,合适的标签蛋白可直接影响后续蛋白的表达与纯化,本心法主要针对 Flag 标签蛋白! 知己知彼,才能百战百胜。 要想成功的将 Flag 标签蛋白纯化下来,肯定需要了解Flag 标签蛋白是什么啦 Flag 标签蛋白为编码 8 个氨基酸的亲水性多肽 (DYKDDDDK),可通过基因工程技术加到目的蛋白末端。 “六合心法”第三式 ■ 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 (Renilla-Firefly Luciferase Dual Assay Kit) 荧光素酶是自然界中能够产生生物荧光的酶的总称,可催化荧光素氧化成氧化荧光素 ,并在此过程中发出生物荧光,可用荧光测定仪测定。 目前最常见的荧光素酶是萤火虫荧光素酶 (Firefly luciferase) 和海肾荧光素酶 (Renilla luciferase),前者用于荧光素酶报告基因的检测,后者则作为内参,消除细胞生长状态

    47310编辑于 2023-03-03
  • 来自专栏聊点学术

    如何降低荧光实验的自发荧光

    但是接触过的人都明白,免疫荧光标记存在一个很大的问题,即自发荧光。这将极大地降低实验图片的可用性和美观性。 自发荧光类似于传统IHC的背景性染色。如下图中的大片绿色荧光,几乎都是自发性荧光。 ? 紫外和紫光区域激发的有色氨酸类、吲哚胺类、纤维蛋白原、二聚体、胶原等,蓝光区域激发主要是NADH、脂褐素、吲哚胺类、二聚体、核黄素等等。 3 — 自发荧光消除原则 3.1 标本固定 标本常规采用中性的多聚甲醛固定,而醛类固定剂会与胺和蛋白反应生成荧光产物,是造成自发荧光的重要因素之一。戊二醛的影响则是更大的。 若血清质量不好,里面可能含有纤维蛋白原(正常血清是不含有纤维蛋白原的),一旦沾到组织上,基本洗不掉了,也会增强自发荧光信号。此外,低质量的血清还包含有很多其它杂质。 因为低质量的荧光二抗中往往残留较多的未标记游离荧光素,游离的荧光素未与蛋白质结合,形成了聚合物和衍化物,它们的自发荧光也是很强的。有人曾建议采用层析或者透析的方式去除,但是其实操性往往不甚理想。

    2.7K60发布于 2020-07-22
  • 来自专栏聊点学术

    【原理篇】免疫荧光染色的平均荧光强度

    一般来讲,荧光标记染色的目的有3个:①多种蛋白标记后,分析蛋白在空间上的分布特征;②免疫荧光标记后进行蛋白半定量分析,分析蛋白半定量表达量;③标记细胞核,以便分析细胞核数量,如凋亡细胞计数等。 ? 上方所述的第1条和第3条是荧光标记染色的最佳应用场景,个人并不推荐将荧光标记应用于第2条。原因在以前就讲过→【回顾:免疫荧光分析误区,别踩雷了!】 如果一定要在荧光图像上进行蛋白半定量分析呢? ---- 1、灰度的概念应用 与WB蛋白条带分析原理一致,免疫荧光分析也是围绕灰度进行分析。不同的荧光强度本质上可以理解成灰度值的差异,因为在分析时,我们是在同一通道下进行比较的。 积分灰度值即图像上目标区域所有像素点的灰度值之和,可以代表目标区域所包含蛋白的总相对表达量。 平均灰度值即目标区域积分灰度值除以目标区域面积,可以代表目标区域的平均蛋白表达量。 常做蛋白条带分析的人肯定清楚,分析之前,先对原始图像去色,然后再转换成8bit 黑白图。荧光图像的灰度分析,也是这么个道理。 4、测量 测量是很简单的。

    4.9K20发布于 2020-11-25
  • 一种基于双功能核仁素蛋白的“信号增强”型荧光纳米探针用于单细胞成像研究

    二、核心工具:BiotinylatedNucleolin/NCLHis&AviTag蛋白在探针构建中的关键作用在开发新型靶向成像探针的过程中,获得高纯度、结构完整且便于偶联的功能性靶标蛋白是验证探针性能的基石 2.高效生物素化:预生物素化的蛋白可通过其生物素(Biotin)与链霉亲和素(Streptavidin)之间高达皮摩尔级的超强非共价结合,实现与各类载体(如纳米颗粒、荧光染料、磁珠)的快速、稳固且取向可控的偶联 三、智能"信号增强"型荧光纳米探针的设计与性能基于上述工具与策略,研究团队成功构建了一种用于原位监测核仁素的智能荧光纳米探针。 其核心创新在于“信号增强”机制:当探针未结合靶标时,荧光分子因受AuNPs表面能量转移效应而处于淬灭状态(“关闭”);一旦AS1411与细胞表面或内部的核仁素结合,探针构象发生改变或与靶标蛋白的距离拉近 ,能量转移被阻断,荧光信号显著恢复(“开启”),从而实现高信噪比的检测。

    9610编辑于 2026-01-29
  • 来自专栏Youngxj

    canvas荧光表源码分享

    无聊看了一下网页制作从入门到放弃的书,看到一个canvas表盘案例觉得不错,就搞出来美化了一下,就是这个鸟样子 <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charse

    78130发布于 2018-06-07
  • 来自专栏聊点学术

    免疫荧光分析误区,别踩雷了!

    问题3:蛋白免疫荧光适合半定量分析吗? 答:不适合。免疫荧光染色的关键是荧光二抗,之后在荧光场下进行拍照,留取照片。 同样一张切片、细胞爬片,采用国产荧光二抗和进口荧光二抗,效果上存在非常大的差异,用过的都知道。此时,我们难道就能仅仅凭借荧光强度和分布范围就说蛋白表达水平不同吗?显然不行。 变量②:荧光拍摄条件。 变量这么多,你还敢对免疫荧光染色进行半定量分析吗? ? 问题4:为什么WB蛋白条带可以半定量分析,而蛋白免疫荧光却不行呢? 尽管也存在信号衰减的问题,但是此时所有孔代表蛋白荧光衰减程度是一致的。 荧光染色就不一样了,它的图像采集时间更长,且你不可能同时对拍摄所有的切片。 、胞核)进行评价,通过采用半定量分析法分析蛋白表达水平,巩固Western Blot半定量分析的结果; ④采用免疫荧光的方法,对目标蛋白的空间分布进行再评估,以巩固免疫化学染色时对蛋白空间分布的评估,

    3.5K20发布于 2020-07-21
  • 来自专栏聊点学术

    【分析篇】荧光共定位的散点图解析!

    聊点学术 上期推文中,我强调了荧光共定位定量分析的三大要点。→【操作篇】荧光共定位的定量分析! 说明:蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系,但蛋白A荧光强度高于蛋白B。 ? ● 形态2: 总体呈直棒形状,线性分布,对角分布。 说明:蛋白A和蛋白B存在很强的共定位关系,且蛋白A荧光强度与蛋白B基本相当。 ? ● 形态3: 总体呈棒槌状,基本线性分布,靠近X轴(红色通道)。 说明:蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系,但蛋白B荧光强度高于蛋白A。 (2.2)如果蛋白A(红色通道)和蛋白B(绿色通道)的共定位关系很弱,那么散点图中的散点分布会呈现以下内凹形态,这。 ? (2.3)散点图中4代表的是共定位荧光图像中的背景荧光,该区域内散点越多,说明背景荧光越强,散点图中会呈现以下形态。 ? 下期预告:单通道荧光的散点图获取 往期推荐阅读: 各种细胞器典型标记物。

    3.7K30发布于 2020-09-04
  • 【免疫学实验】抗体标记与显微成像技术全解析

    一、 免疫荧光显微成像 利用荧光染料(荧光色素或荧光团)标记抗体本身,或用于检测抗体的抗免疫球蛋白抗体,再用显微镜检测,这种技术称为免疫荧光显微成像。 1. 间接法: 先使用未标记的一抗结合抗原,再利用荧光标记的二抗(抗免疫球蛋白)进行检测。 3. 常用荧光染料荧光染料被特定波长的光(通常是蓝光或绿光)激发后,会发出不同波长的可见光。 最常用的包括: 发出绿光: 荧光黄 发出红光: 德州红、多甲藻素-叶绿素-蛋白质复合物(PerCP) 发出橙色/红色光: 罗丹明、藻红蛋白(PE) 通过将不同染料附着到不同抗体上,我们可以在同一细胞或组织切片中 优势: 提供亚微米级的高分辨率,图像比传统荧光显微镜更清晰,并能建立三维图像。 应用: 可用于研究固定细胞或表达荧光蛋白(如GFP、RFP等)的活细胞。 在免疫学中,延时双光子荧光成像具有特别重要的意义。它可以在完整淋巴器官和淋巴组织中,实时跟踪荧光蛋白标记的T细胞和B细胞,以及它们相互作用的具体位置。

    23010编辑于 2025-12-29
  • 来自专栏量子化学

    荧光光谱的理论计算

    如果周围介质碰撞不足以吸收电子激发能,分子从S1的ν=0能级降至S0的某些ν>0能级便产生荧光,可用如下简化的Jablonski能级图表示。简言之,从S1到S0的电磁辐射,即为荧光荧光光谱有如下特征: (1) Stokes位移 荧光发射波长总是比相应的吸收光谱的波长长,称为Stokes位移,如下图所示。 ? 知道了荧光产生的原理,便可知道荧光的计算方法,一般来说有以下两种方法。第一种方法步骤少,原理不是十分严格,但结果一般都可以使用;第二种方法比较严格,但计算比较复杂,结果比较准确。 以下以环己烷溶液中的香豆素153分子为例,说明荧光的两种计算方法。分子结构如下: ? ,严格符合荧光的定义,结果为2.73 eV。

    7.2K30发布于 2020-07-27
  • 来自专栏聊点学术

    【操作篇】荧光共定位的定量分析!

    聊点学术 荧光共定位是很常见的实验方法,一般用来验证2种或3种蛋白是否存在共定位关系。在常规Protocol的指导下进行实验操作,很容易得到双荧光或多重荧光染色图像。 ? 这种图像,一般由红色通道(代表蛋白A)和绿色通道(代表蛋白B)两种图像merge后得到。 ? (红色通道:蛋白A) ? (绿色通道:蛋白B) 仅仅通过肉眼和语言描述是很难说清楚蛋白A和蛋白B的共定位程度到底如何。因此,我们需要对这种共定位关系进行定量分析。 7.总结一下,操作后我们得到红绿通道散点图、皮尔逊相关系数以及重叠系数,这三个要素是报告荧光共定位分析的最重要的数据,必须在论文中报告。 什么是荧光原位杂交(FISH)? 如何降低荧光实验的自发荧光? Co-IP免疫共沉淀 【长文】—染色质免疫共沉淀(ChIP)原理及注意事项 Ending

    5.2K30发布于 2020-09-04
  • 来自专栏智药邦

    Nature|前Meta科学家推出蛋白质AI设计巨型模型

    后来的工作--这一发现获得了诺贝尔奖--显示了GFP如何标记显微镜下观察到的其他蛋白质,解释了GFP发出荧光的分子基础,并开发了这种蛋白质的合成版本,使其发出的荧光更亮、颜色更多。 此后,研究人员又发现了其他形状类似的荧光蛋白,它们都有一个吸光和发光的“发色团”核心,周围环绕着桶状骨架。 大多数都不起作用,但有一种设计与已知的荧光蛋白不同,能发出微弱的荧光--其强度约为天然GFP的1/50。研究人员以这种分子的序列为起点,让ESM3改进其工作。 当研究人员制作出大约100个这样的蛋白时,其中几种的亮度与天然GFP相当,尽管它们仍然比实验室工程化变体暗得多。 ESM3设计的最亮的蛋白质之一被称为esmGFP,其结构与天然荧光蛋白相似。 然而,其氨基酸序列却大相径庭,与训练数据集中最密切相关的荧光蛋白的序列匹配度不到60%。

    43310编辑于 2024-07-16
  • 来自专栏LN生物笔记

    分子生物学实验技术——荧光素酶实验

    荧光素酶报告基因的优点 蛋白不需要翻译后加工,所以一旦翻译立即产生报告活性。 在所有的化学发光反应中,它的光产物具有最高的量子效率,因而非常灵敏。另外,在宿主细胞及检测试剂中均检测不到背景发光。 与绿色荧光蛋白(GFP)不同,它们的发光检测不需要激发光激发,且发光穿透力更强,这使其具备可定量、高灵敏度及低背景等特点 海肾荧光素酶催化的发光反应需要腔肠素和O2的参与,发光颜色为蓝色。 引入一个内参报告基因,以此来标定检测用报告基因的测量结果,从而达到有效地减少实验误差的目的 三、绿色荧光蛋白(Green fluorescent protein, GFP),是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质 2008年10月8日,日本科学家下村修、美国科学家马丁·查尔菲和钱永健因为发现和改造绿色荧光蛋白而获得了当年的诺贝尔化学奖。 纯化:GFP可作为蛋白质纯化的一般表位标记,并可获得大量的GFP商业抗体。

    1.8K30编辑于 2023-02-23
  • 来自专栏大数据文摘

    用训练BERT的方法解码蛋白质,我们能读懂生物界的语言吗?

    GFP蛋白系列的部分序列对齐。水母Aequorea victoria并不是唯一产生绿色荧光蛋白的有机体。上图给出了其他物种的荧光解决方案,如海面、柳叶草和马铃薯真菌。 作为一个案例,我们将设计一种更亮的荧光蛋白。绿色荧光蛋白(GFP)由于其独特的化学组分而在可见光谱中显现出荧光。这使得绿色荧光蛋白(GFP)乃至其他荧光蛋白在作为体外传感器时特别有效。 生物学家可以用绿色荧光蛋白标记其他感兴趣的蛋白质,然后观察它们如何在细胞中分布,或者量化它们在不同条件下的数量。 改变其氨基酸组成(即,改变氨基酸序列中的一个字母)(注:即替换蛋白质中的一个氨基酸)会改变蛋白质的荧光性质。大多数的修饰都会破坏荧光,而且和原序列差距越大,就越不可能维持原蛋白功能。 当移除原绿色荧光蛋白(GFP)序列中的一个氨基酸后,观测到荧光蛋白质的概率急剧下降,在训练集和测试集上呈现剧烈的分布变化。 当允许更多的修改时,蛋白质变体的可能性组合数量会出现爆炸性增长。

    1.8K40发布于 2019-12-04
  • 来自专栏生命科学

    Cyanine 染料 | MedChemExpress

    Cy3-N3555/580Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。可以用 530nm-561nm 的激光束激发后用 TRITC 的滤片观察。 Cy 3 Non-Sulfonated555/580Cy3-N3 是 Cy3 叠氮化物荧光染料,用于多肽、蛋白和寡核苷酸中的氨基。 Cy5659/670Cy5 是明亮的红色荧光染料,用于标记肽,蛋白质,寡核苷酸的氨基基团的反应染料。 Cy5.5673/707Cy5.5 (Sulfo-Cyanine5.5) 是用于标记生物分子的近红外荧光染料,可用于小动物体内成像,也常常适用于对背景荧光干扰的实验。 Cy7-SE720/790CY7-SE (Sulfo-Cyanine7 Succinimidyl Ester) 是一种近红外荧光标记试剂,常用于小动物体内成像,也用来标记核酸,蛋白,多肽,纳米粒,多聚物等

    29620编辑于 2023-01-10
  • 来自专栏流式抗体推文

    目的细胞少信号弱?Elab Fluor® Violet 450 标记抗小鼠 Ig light chain κ 抗体[187.1],精准捕获目标信号不遗漏!

    荧光特性:偶联 Elab Fluor® Violet 450 荧光素,经 405 nm violet 激光激发,可通过 450/45 nm 带通滤光片检测。 背景介绍187.1单克隆抗体与小鼠免疫球蛋白轻链的kappa链反应。κ链是构成免疫球蛋白轻链的两种多肽亚基之一。典型的抗体由两条免疫球蛋白重链和两条免疫球蛋白轻链组成。 这些基因经过V(D)J重组产生多种免疫球蛋白。 450 荧光素在 405 nm 激光激发下,会发射出峰值约 450 nm 的荧光信号。 荧光性能优异:荧光素偶联稳定,激发与发射光谱匹配度高,信号强度佳,易被检测。稳定性好:2-8℃冷藏可长期保存,无需冷冻,避免反复冻融导致的活性下降。

    15510编辑于 2025-11-20
  • 一种高效、稳定的氨基反应性荧光标记染料

    该官能团可在温和的生理pH条件(pH7.0-9.0)下,特异性地与目标生物分子(如蛋白质、多肽、抗体或氨基修饰的寡核苷酸)表面的伯氨基发生高效的亲核取代反应,形成稳定的酰胺键,从而实现荧光标记物的共价、 5.多样的荧光颜色与偶联选择:该系列提供多种不同激发/发射波长的染料,便于进行多色标记实验、荧光共振能量转移分析或与多种仪器平台(如流式细胞仪、荧光显微镜、酶标仪)兼容。 三、主要应用领域1.蛋白质标记与示踪:广泛用于标记抗体、酶、受体蛋白等,制备荧光探针用于WesternBlot、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、免疫沉淀及活细胞成像等,以研究蛋白质的表达、定位、相互作用及动态变化 2.细胞标记与示踪:可用于标记细胞膜蛋白或通过显微注射、电穿孔等方式标记胞内蛋白质,进行细胞迁移、增殖、细胞间相互作用及细胞器动态的长时程活细胞成像研究。 -温度:通常在4°C至室温下进行,低温有助于维持蛋白质稳定性。

    9910编辑于 2026-02-03
  • pHAb Thiol Reactive Dye:精准高效的巯基反应性荧光标记工具

    一、化学原理与反应特性pHAbThiolReactiveDye是一类专用于与生物分子中巯基(-SH)进行特异性共价偶联的荧光标记试剂。 2.优异的荧光性能:该系列染料采用高性能荧光团,具备高摩尔消光系数、高量子产率及强光稳定性,能够提供明亮、稳定且抗漂白的荧光信号,适用于长时间或高灵敏度的检测。 4.良好的生物相容性:标记反应条件温和,通常在近中性缓冲液中进行,对蛋白质构象和生物活性的影响较小,适用于制备功能性荧光探针。 三、主要应用领域1.蛋白质标记与功能研究:-用于特异性标记抗体、酶、受体等蛋白质,制备高特异性荧光探针。-应用于蛋白质-蛋白质相互作用研究、细胞表面受体动态追踪、活细胞内蛋白质定位与转运分析。 3.细胞标记与成像:-标记细胞膜蛋白,用于细胞示踪、细胞间相互作用及细胞功能研究。-通过显微注射或电穿孔标记细胞内含半胱氨酸的蛋白质,进行活细胞动态成像。

    15410编辑于 2026-02-03
  • 来自专栏聊点学术

    什么是荧光原位杂交(FISH)?

    01 — 什么是FISH FISH:采用了已知序列的、特异性的单链核酸作为探针,标记了生物素或荧光素,在一定的温度和离子浓度下通过碱基互补配对法则,使得DNA-DNA原位杂交,采用荧光法显示,最终将DNA 每一次荧光显微镜的观察都会淬灭一部分信号,因此一定要快速观察和采集图像。有条件的话,小编推荐大家尽量选用共聚焦显微镜采集图像,荧光显微镜备选。 ? (2)对于石蜡切片来说,采用蛋白酶K作为消化液是更优的选择。消化条件20g/L蛋白酶K在50℃下消化20min。胃蛋白酶是极易失活的,失活了就没法充分消化,消化过度又会使细胞核变模糊。 (2)37℃蛋白酶K消化20min,37℃漂洗液充分洗去蛋白酶K。 (3)滴加探针,加盖玻片,避光、湿盒、37℃过夜孵育。 免疫荧光标记+FISH,这里面更为复杂,小编才疏学浅,溜了溜了。 The end.

    1.5K20发布于 2020-07-22
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