​生信星球--生信入门DAY1

R 语言与 C 语言都是贝尔实验室的研究成果，但两者有不同的侧重领域，R 语言是一种解释型的面向数学理论研究工作者的语言，而 C 语言是为计算机软件工程师设计的。

生信入门（一）

session（交互式会话），restartR将R重启（快捷键：ctrl+shift+F10），解决R90%的问题

生信星球——生信入门DAY7:测序

今天的笔记是自己记的Goodnotes，字比较丑请见谅…………关于测序的入门，零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1，讲的很清晰，可以对二代测序有一个最基本的了解。

生信星球——生信入门DAY4:R语言

rnorm(n,mean,sd)函数用于从具有特定均值和标准差的正态分布生成n个随机值。

生信星球——生信入门DAY5:数据结构

有几个问题，如果数据没处理完，或者a还没被赋值的时候，save a 会报错，提示找不到a；最后的plot，即是以R内置的iris数据中的两列数据作散点图，出现一个最基础的、x轴y轴一一对应的图像。

生信星球——生信入门DAY6:学习R包

（library() : library(package)将加载名为package的命名空间，并添加到包的搜索列表中。加载前对搜索列表进行检查并更新，如果package不存在则报错，如果之前已加载package，则不会重复加载。如没有参数package即library()，则列出lib.loc指定的库中的所有可用包。library(help=package)将返回package的基本信息。

生信与临床入门简介

No.1 生物信息学 生物信息学（Bioinformatics），简称生信，是一门在人类全基因组测序工程和计算机工程基础上迅速发展起来的新兴交叉学科，目前主要定位于精准医疗，适用于复杂性状的基因定位 欢迎大家入门生信与临床，今后我将会和大家经常分享一些生信和临床知识！

生信入门day7—测序入门

Day2 生信入门——linux入门

cat 接文本文件的名字，查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat，是摁一下q。否则下面的命令都没办法运行

生信入门第1课

我就是分享一些生信基础的生信分析技能，以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话，大家需要给你自己以定位，自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路，或者文章中添加一些生信内容。 如果你是做纯生信，那也是分档次和研究方向的，如果只是分析别人的数据，比如预后模型这种，属于比较低端的水平。有的做开发，比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具，又或者是建数据库，这些属于开发类。 这里按照我个人的学习经历和总结，让刚刚入门的你，能快速学习一些基础的生信技能，学到高水平我也做不到，因为我自己也觉得自己很菜的，但有一些经验可以分享给大家。 1.首先给自己一个定位，你学生信为了干什么？ 如果你不是纯生信的，比如做一些药理，分子生物学等相关以实验为主，那么你学习生信主要还是做一个辅助，你可能注重的还是一些基础分析。 对于其他的书籍可以参考之前的文章：这才是生信入门的书籍清单。

生信入门 第三天

This is my day 3 homework of BIC by 生信星球.Content for today is software installation in Linux OS.1.

生信入门DAY5-6

DAY5 本篇内容引自生信技能树 六、R语言作图 1、作图分三类 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text iris, x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species") 2、ggplot2 （1）入门级绘图设置 color = change))+ scale_color_manual(values = c("darkgreen","grey","red")) library(ggplot2) #1.入门级绘图模板 5、画图扩展部分 （1）STHDA网站 （2）工作目录里有扩展学习的代码 （3）小洁老师语雀画图合集 DAY6 七、R语言的综合运用 引自生信技能树 1、玩转字符串 引自生信技能树 rm(list =

生信入门 第六天

An R package is a set of R functions. Using dplyr as an example to learn R packages.

生信入门 第四天

This is my day 4 homework of BIC by 生信星球.The content for today is the introduction of R and R studio.1

生信入门环境搭建

ggplot2)library(ggpubr)library(hgu133plus2.db)library(limma)library(org.Hs.eg.db)library(pheatmap)以上均来自生信技能树生信技能树专辑

生信入门DAY7-9

本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。

生信入门DAY2—分野

生信入门Day3-4

引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix 与向量长度相等且一一对应df1$gene[df1$score>0]（2）删除变量# 删除 #赋了一个值发现它没有用，然后把它删掉rm(x)rm(df1,df2)rm(list = ls()) ctrl+l#清空控制台引自生信技能树 10,mean=0,sd=18)，用向量取子集的方法，取出其中小于-2的值z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18)zz[z< -2]z[z<(-2)]四、函数与R包1、函数与参数引自生信技能树 #<-之间要有空格或打个括号，不然会被当成赋值符号2、R包介绍3、R包镜像引自生信技能书使用镜像，加快R包的下载，不用从大洋彼岸去下载4、R包的安装与来源（1）CRAN网站（2）Bioconductor sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1#

生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件

今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令

生信入门——Day1-2

Day1引自生信技能树一、R与Rstudio1、什么是R编程语言；环境2、什么是Rstuio集成开发环境3、如何在Rstuio中新建项目project引自生信技能树4、新建脚本script引自生信技能树 5、Rstuio介绍引自生信技能树6、面板显示和字号设置引自生信技能树引自生信技能树7、与R语言交互（1）控制台窗口（2）脚本编辑器（逐行运行ctrl+enter；选中运行ctrl+A）（3）使用“#” （2）数学计算（3）连接（4）交集、并集、差集引自生信技能树引自生信技能树老师提问：若两边的y各增加一个元素2，那么两边产生的逻辑值的个数分别为5和4。 4、向量取子集（1）按照逻辑值取（2）按照位置取引自生信技能树#####2.4.向量筛选(取子集)--看ppt#####x <- 8:12#根据逻辑值取子集x[x == 10]x[x < 12]x[x